公社群聊Q&A整理：2016.12.20 07 ~ 2016.12.22 19 Concate

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2017-3-28 12:40:26

本帖由 @978142355 整理

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2016.12.20 06:11:12
Q:
[图片] 在做IRC；出现link123 问题；怎么解决？
A:
IRC里写LQA
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2016.12.20 06:21:59
Q:
我想请教一下激发态的跃迁密度（TD）和电荷差异密度(CDD)是怎么[图片]算出来的，谢谢老师
A:
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
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2016.12.20 09:44:08
Q:
各位好，请问如何使用Multiwfn分析自由价？
A:
对开壳层体系，做Mayer键级分析就会输出
Q:
不好意思，请问对于闭壳层体系呢？一样么
A:
闭壳层体系没有自由价
Q:
那物化课本上丁二烯每个C原子的自由价和这个意义相同么？
A:
不知道那上面怎么说的。没有未配对电子就没有自由价
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2016.12.20 12:23:30
Q:
高斯算BSSE 是basis set越大BSSE越小吗？
A:
从中等大小基组开始算，是这样
----------------------------------------------------
2016.12.20 16:49:22
Q:
老师在qmmm 中molcas+tinker时，tinker形式下charmm力场的参数不全怎么办
或者你们一般在哪里找charmm力场下溶剂的参数
A:
https://cgenff.paramchem.org/
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2016.12.20 16:56:26
Q:
不懂硬件的就会觉得不错。。不然就会觉得血亏
对比了一下，*tai的报价偏贵，宝德的最偏移
A:
5W没准就买个三万多的配置
Q:
是，我也对比过，最后没有入手宝德和*tai
*tai贵，找宝德
A:
配置不错的双路服务器也就三万多
什么配置能忽悠到5万去
Q:
宝德就可以了哇？
OA:
我就是4w的 E5-2699v4 *2 + gtx 1080
刚买的淘宝组装。
宝德也贵吧
Q:
淘宝组装的不算
不同供应商差别大
政府采购。不准自己装。[表情]
OA:
E5-2600、24core，256GB,DDR4 RECC/2TB
E5-2699V4核心数有点多啊，一台双路2699顶两台双路2650了
我的2695v3，128g，4t最后4.3万
4t。硬盘别贪大，要快的
Q:
什么样的硬盘快
OA:
硬盘要弄一个m2.0的 pcie 三星950pro
sas 600GB*2， read 0
15000转
Q:
一般好像是7200转？
OA:
硬盘的速度对性能影响大吗？我给的配置都是SATA的，没有给SAS的
Q:
这还是机械盘。。转的再快也比不过固态把。。
那是普通台式机硬盘
OA:
你这个是固态的还是机械的，15000转
Q:
机械
OA:
那咋这么快
服务器硬盘最起码10000转
Q:
[图片]
组 read 0，速度容量加倍
A:
raid0只是速度加倍
Q:
容量中加倍
也
A:
raid1才是容量加倍
记错了
0是
1是起冗余
Q:
一个字节写两个盘上，速度容量都加倍
你这个是read0的
？
A:
是raid不是read
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2016.12.20 17:01:16
Q:
老师是不是把自己的分子提交，就可以产生参数文件
A:
可以
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2016.12.20 17:02:31
Q:
老师，我用Multiwfn计算Shannon entropy时，有五个结构。在五个结构的区别是配有不同的碱金属离子，即Li+、Na+、K+、Rb+、Cs+。前面三个都能正常运行，得到结果，单含有Rb+、Cs+的结构就很麻烦。算到如图所示这一步之后一会儿就自动退出，不再继续进行。[图片]
A:
如果是调用高斯算的波函数文件，去查看高斯输出文件
对Rb、Cs一般得用赝势基组，如果全电子基组得考虑标量相对论
Q:
老师，刚刚可能在太上面了。你看到没有？我用Multiwfn计算Shannon Entropy等信息量时出现问题了。
A:
已经回复了啊
你把自己算的.wfn文件放到当前目录下的atomwfn目录下。Multiwfn只能自动调用高斯产生前四周期的原子波函数文件，更靠后的只能从atomwfn目录下读取用户提供的
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2016.12.20 17:12:30
Q:
老师，请问在反应过程中涉及断键，同时自由度也会发生变化，这样的话找到的过渡态应该怎么来检验IRC路径呢？有没有可能一个过程存在两个过渡态，自由度不同？多谢老师@Sobereva
A:
什么叫自由度
Q:
不好意思，说错了，就是自选多重度
请问在反应过程中涉及断键，同时多重度会发生变化，这样的话找到的过渡态应该怎么来检验IRC路径呢？有没有可能一个过程存在两个过渡态，多重度不同？谢谢老师
A:
两个自旋多重度都找极小点、过渡态和IRC，有些反应过程中两种自旋多重度势能面会相互交错
[图片]
Q:
老师，请问最终的路径是在两个势能面交叉点前后各取能量低的部分吗？@Sobereva
A:
没这么简单，每个通道都有一定比例，不是谁低就走谁，得考虑自旋翻转速率
Q:
第一次听到自旋翻转速率的概念，可不可以请老师具体指导一下怎么算比例，或者麻烦您推荐一些参考资料，多谢[表情][表情]@Sobereva
A:
去看Acc. Chem. Res. 2000, 33, 139-145
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2016.12.20 17:25:22
Q:
老师早,出现这个错误 Error termination request processed by link 9999。怎么解决呢
A:
对于几何优化看
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
----------------------------------------------------
2016.12.20 17:41:42
Q:
老师请问如果我想得到CC2优化下的构型，可以用高斯这样命令计算吗：CC2/6-31G** opt
A:
http://sobereva.com/356
高斯不支持CC2
Q:
谢谢老师，那还有哪些软件支持CC2
在高斯中，有没有类似CC2的泛函，谢谢老师
A:
根本不是泛函
[图片]
----------------------------------------------------
2016.12.20 18:06:14
Q:
老师，您好，想问一下，在用高斯计算激发S1态的优化、频率分析、紫外可见光谱时，能加溶剂作用吗？
A:
能
----------------------------------------------------
2016.12.20 18:22:58
Q:
老师，请问NICS的值只用高斯可以计算出来吗？
A:
可
Q:
那和Multiwfn计算得到的NICS-ZZ的取值哪个有可信度度呢？
A:
意义不明
multiwfn的目的是用来得到非平面、扭曲体系的NICS_ZZ，但原始数据还是来自于高斯算的屏蔽张量
非平面、非扭曲的体系直接从高斯输出文件里读就完了，用不着multiwfn
----------------------------------------------------
2016.12.20 18:27:09
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
没有任何一个BCP的指标能够严格划分共价和非公价作用，各有各的局限性
诸如这里部分提及
AIM键临界点处电子密度拉普拉斯值符号判断相互作用类型失败原因的图形分析
http://sobereva.com/161
[图片]
----------------------------------------------------
2016.12.20 18:30:23
Q:
老师，您的意思是说如果是平面体系的话就可以直接从高斯的输出文件里读取数据了吗？用高斯计算NICS的输入文件的编辑是与用Multiwfn计算的一样吗？
A:
是
----------------------------------------------------
2016.12.20 18:36:28
Q:
做opt的话，用牛顿法好点还是共轭梯度法好点。
牛顿法的二阶导太蛋疼了
A:
用准牛顿呗
Q:
这个只需要一阶导数吗
A:
玩玩的目的写个共轭梯度法就够了
是的，用一阶导近似构建Hessian
----------------------------------------------------
2016.12.20 20:23:20
A:
在虚拟机下安装Linux系统和GROMACS等培训用到的程序的视频已经做好，请大家下载，并按照教程把这些程序都装好，以便培训期间能在笔记本上跟着练习
链接：http://pan.baidu.com/s/1cHwXAm 密码：ekqm
在“用到的程序”里面，先把里面的文本文档读了，然后看里面的视频演示。
Q:
[表情]
A:
对于Linux没经验的学员，一定要超级仔细严格按照教程里的步骤操作，保证能装上。
----------------------------------------------------
2016.12.20 20:41:00
Q:
请问老师，优化中间体的时候需要用到opt=modredundant 吗，不是直接用opt就好了吗
A:
没特殊目的就直接写opt，不懂的关键词都不许写
Q:
我看有些人优化时候喜欢把分子的一部分参数固定，说是简历刚性结构
建立
这是没有必要的是吧，就是简单找中间体
A:
不要随意效仿，除非你真正知道你究竟在做什么
Q:
好的[表情]谢谢老师
那建立刚性结构有什么用呢
计算更方便吗
A:
达到特殊目的
诸如算蛋白酶催化，把活性中心附近骨架冻住
诸如算表面吸附，把底层原子冻住
不是为了计算方便，而是在当前模型下能更好地表达真实体系的情况
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2016.12.20 20:46:12
Q:
原来是这样。。。最后一个问题，请问老师在linux系统下怎样实现批处理
A:
使用Gaussian时的几个实用脚本和命令
http://sobereva.com/258
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2016.12.20 20:47:36
Q:
谢谢老师！那如果研究表面吸附的话，就必须用这个命令吗opt=modredundant
A:
否
冻结原子直接在原子后头写-1其它写0冻结就完了
虽然内坐标下也可以冻结原子坐标
Q:
可以不冻结吗
A:
一般不可
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2016.12.20 22:10:42
Q:
大博士，这一项需要勾选吗？[图片]
A:
no
Q:
[表情]谢谢大博士
A:
严格按视频操作即可
Q:
看视频不方便，我在参考大博士写的文字，没声音讲解嘛
A:
无
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2016.12.20 23:09:48
Q:
[图片]
Sob老师，为什么按照步骤VMD做出来的图，分子间的作用都是银灰色的
恩 Range小了键就会漏出来
？
[图片]
[表情] O(∩_∩)O谢谢我试试
[图片]
老师，按步骤来的，VMD画出来颜色为什么是银灰色的，怎么改
A:
严格按照步骤操作，不行的话换个机子，或者先用教程里的苯酚二聚体的例子试一下
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2016.12.20 23:12:23
Q:
老师，请问用[图片]软件计算[图片]，如何算？
用高斯怎么算？
我不会算
你告诉我点击打开哪些页面就行了
从哪里进去，点选什么命令栏，数据文件在什么地方就行了就行了
OA:
报错可以慢慢调试，只要懂得怎么进去，是关键啊
我是边跟别人学，边自己摸索
我要算磁偶极矩
Q:
[图片]就是这个东东
A:
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355
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2016.12.21 02:28:22
Q:
下载了，该如何做？
[表情]放在哪里？
是不是需要解压？
[表情]
[表情]
OA:
3.7.1最新版的
Q:
运行./bootstrap;make;make install是什么意思
OA:
运行了./bootstrap
Q:
[表情]刚想明白，没想到大阿萌证实
[表情]
我先给大家趟一下
[图片]这个问题该怎么解决呢？
做错了，是这样的[图片]
还得重新下载？
没网真是惨
OA:
无线网，申通OS识别不出无线网卡
[图片]
Q:
我都下载了，还得重新下载
OA:
[表情]库文件应该比较全吧
Q:
[表情]太惨了，我还想试试呢
我该怎么办，没有网！
OA:
按理说没有网也应该可以啊
现在就是虚拟机
[表情]
虚拟机不识别无线网卡
我终于明白了，可能是虚拟机不能识别内置无线网卡
A:
不会不能识别的。这和你用什么网卡无关，只要主机能联网，虚拟机里一定能联网
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2016.12.21 03:29:07
Q:
Multiwfn会因为文件大而在导入过程中自动退出界面么？
那怎么解决呢？
A:
看具体情况，有一定可能
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2016.12.21 03:51:43
Q:
[图片]
sob老师，我觉得您这张图还是修改一下好，您把台湾用户单独列出来我觉得不妥
A:
不要那么敏感。本身台湾就没回归呢，非得强加意志把别人的地盘说是自己的完全莫名其妙
我不会去改成“国家和地区”
香港堂堂正正属于天朝，所以不单独列出
PS：要改成国家和地区，各个省的人用Multiwfn还得单独列出来，完全莫名其妙了
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2016.12.21 04:01:05
Q:
请问在计算Wibery键级时，用B3LYP-D3（BJ）/6-311+G**计算得到的.fch文件分析可以么？
A:
那叫Wiberg键级。如果你是用Multiwfn算的，绝对不能有弥散函数否则结果没法用
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2016.12.21 04:25:36
Q:
老师，我想请教一下我用antechamber算RESP电荷时，我所用的log文件是正常结束的，也生成了mol2文件，但还是会有如下报错[图片]，我想请问一下我该怎么修改啊
A:
字号不要超过12
人工检查是否原子类型判断合理，或者按它说的修改define.h再重新编译
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2016.12.21 04:32:35
Q:
咨询一下，我看这个是说64位的，那win32能不能照这个来安装呢？
[图片]是不是由于我是win32系统的原因呢？
呜呜呜。能不能通过360等，把32的升级为64？
需要重装吗？能不能有个升级的措施？谢谢钟老师。
我之前系统都是32为，我重装吧。4g的
A:
如果不重装64bit系统的话，那你只能网上自行下个32bit虚拟机和32bit的CentOS，但不保证gmx等程序能正常装上
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2016.12.21 06:34:46
Q:
请问sob老师，如果用M06-2X-D3方法，下面写法对吗？#p opt freq M062X/6-311+g** EmpiricalDispersion=GD3
A:
对
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2016.12.21 06:44:41
Q:
请教各位，amber需要安装python支持吗[表情]
我安装时没有选择python支持，install成功了，但是test部分，与python相关的失败了
AmberTools/test/leap模块好像有点问题，
AmberTools/test/nab模块都是passed
还在测试中
AmberTools/test/pytraj
AmberTools/test/mmpbsa_py
等模块好像都没有结果
A:
没必要做test
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2016.12.21 06:57:08
Q:
老师，请问相互作用能是负值，加上了BSSE矫正以后就变成正值了，这还有救吗，还是得换个基组啊@Sobereva
A:
没具体情况没法说
先确保结构已经在当前级别充分优化过
字号不要超过12
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2016.12.21 18:08:52
Q:
老师，我想问下初始结构相同，找能量稳定点，分别用B3LYP;CBS-QB3;M06-2X;BP86优化都正常结束，无虚频。可是输出后，B3LYP和M062X为一种结构和初始结构极为相似，CBS-QB3和BP86 为另一种结构，这是怎么回事呢？我该怎么说明初始结构这种构象的存在呢？
A:
只要M06-2X结合中等基组能验证出你想要的构象就够了，其它的不用管
----------------------------------------------------
2016.12.21 18:08:53
Q:
老师，如果出现这种警告那算出来的resp电荷是不是就有问题啊，我只需要用到算出来的电荷值，谢谢老师了
A:
未必有问题。毕竟那是对成键类型的判断，和计算RESP电荷是独立的
----------------------------------------------------
2016.12.21 18:12:21
Q:
编译ambertool真慢，快三十分钟了
A:
多编译些大程序就知道这太正常了
Q:
大博士，现在的这个虚拟机可以编译Multiwfn吗？
A:
你得装ifort才能编译
gfortran编译不了
gfortran对语法要求很变态
Q:
我们组做VASP的都用gfortran，我觉得如果虚拟机可以，就先用这个编译fortran
大博士，怎么安装ifort呢？
A:
计算化学公社程序开发版里有
解压完了按照提示装就行
Q:
安装结束
调试一下
[图片]大博士，这个就算调试成功了吧
中间的gedit我忘记修改了没有，看一下，我已经添加了source /sob[表情]ber16[表情]ber.sh
A:
y
Q:
[表情]成功了，保留一下快照
A:
恭喜通关了
Q:
[表情]一会儿装一个红帽，刷一次二周目
A:
通关的人多帮助帮助没有通关的人
Q:
大博士，红帽企业版有没有ifort？
[表情]
A:
显然不是自带的
Q:
只要有网就肯定能通关
恩恩，好的好的，谢谢
A:
是的
但有些人的理解能力实在匪夷所思
Q:
[表情]我觉得大博士的文字算是理科生里写的最为通俗易懂的了
[图片]大博士，如果在虚拟机Centos里安装ifort编译器，要下载那一个为好？
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.12.21 18:35:16
Q:
老师，您好，我想问一下高斯优化到过渡态的时候能够正常结束，但是没有虚频该什么原因哦？而且感觉输入文件和输出文件差别不大
A:
过渡态初猜不合适
----------------------------------------------------
2016.12.21 18:41:50
Q:
老师您好，为了确定是否有过渡态，[图片]我做了一次势能面扫描，发现趋势是这样的
这可以说明没有过渡态吗’
A:
看3.4附近的结构，根据实际情况和化学直觉判断，没具体信息没法说
----------------------------------------------------
2016.12.21 18:43:42
Q:
Sob老师，请问如果使用B2PLYP-D3方法计算弱相互作用团簇的时候，必须要使用月份基组吗，用6-311+g**级别可以吗？
色散作用为主的团簇
A:
6-311+g**给普通泛函用还成，给双杂化用就太low了
起码may-cc-pVTZ起步
Q:
那计算速度会比m06-2x-d3慢很多吗
A:
当然多
Q:
好的谢谢 sob老师那计算激发态的话，就只在上述方法的基础上加TD即可是吧？G09 D01的td的频率计算是解析导数吗？
A:
是，但双杂化不支持TD
不是
这里都提了
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
Q:
sob老师，刚才提到的双杂化泛函的问题，我可以在m06-2x-D3的优化的构型基础上只用双杂化计算能量用吗？
A:
可
----------------------------------------------------
2016.12.21 18:48:09
Q:
请问老师，用Multiwfn画出的DOS图，费米能级一般定在什么位置比较合适？
A:
不用管这个。这是对周期性体系而言的，分子体系不说这个
----------------------------------------------------
2016.12.21 19:10:45
Q:
请问社长大人，对 Reactant Complex 和 Product Complex 采用BSSE计算能量，反应物和产物不考虑BSSE，这样的能量拿来加减，可好？
A:
BSSE是效应，不是计算能量的方法
意义不明，考虑了BSSE定量精度更高，不考虑也不至于定性错误，除非基组很烂
Q:
嗯嗯，社长。我的意思是，因为算化学反应的反应物，TS等等，能量加减时，方法必须一样才有意义。那只对Reactant Complex 和 Product Complex 考虑 BSSE 效应，反应物和产物不考虑，可以吗
算它们的能量时[表情]
A:
什么叫反应物和产物不考虑。反应物不是反应复合物？如果你指的反应物分子单体，显然也不可能考虑
如果你要用TS能量减复合物得到势垒，不必考虑复合物的BSSE问题
Q:
社长，我之前看聊天记录，看到您说，没事甭用CCSD(T)优化和算频率。但是我看过您也说，CCSD(T)算绝大多数TS很准，您这时指的是用CCSD(T)优化至TS吗
没有那么土豪[表情]
就是看到这个话，产生了疑惑
A:
我说的是算单点
----------------------------------------------------
2016.12.21 19:11:40
Q:
[图片]
这个怎么办呢？前面应该写1的时候，写了c，写错了，不能下一步了
A:
c
按提示操作
看视频
----------------------------------------------------
2016.12.21 19:19:03
Q:
老师，想求您的一篇关于在高斯中使用显示溶剂模型博文的链接
A:
没有博文，只有隐式的
用显式直接在溶质附近点几个溶剂就完了
----------------------------------------------------
2016.12.21 19:24:14
Q:
[图片]
各位老师，这种情况如何处理啊
A:
如果刚开始装系统就这样，可能是系统的iso没下完整
Q:
是刚装系统
A:
检查大小是否和这个一样
[图片]
Q:
一模一样的
我的是老师网盘下的
A:
如果没用百度网盘客户端下，用客户端下再试
Q:
使用的是客户端
A:
那就不好说了，重建虚拟机，或者把iso挪个位置再试，实在不行在网上下个CentOS 7.3再试（https://www.centos.org/download/，但之后的安装过程是否和教程里一模一样就不确定了）
Q:
好的，谢谢老师
我有7.0的光盘，可以使用吗？
A:
只能说也许可以
概率>80%
你的iso是在我提供的网盘里下的么？
Q:
[图片]
老师我的这个装的很慢，正常么，快一个上午了
A:
只要进度还在走就行
----------------------------------------------------
2016.12.21 19:37:17
Q:
老师，我想咨询一下，计算得到的C-C键之间的Wiberg bond index键级值为1.16的时候(键长为1.404埃)，还能不能说这个键是单键！麻烦老师了
A:
算是
----------------------------------------------------
2016.12.21 19:44:04
Q:
大博士，VMD现在需要安装吗？
A:
装
Q:
怎么安装好像没有说……
A:
这都是半分钟就能装上的，不用现在说
----------------------------------------------------
2016.12.21 19:46:38
Q:
[图片]
按照CMAKE的第一步，直接出了很多这个，完全停不下来
A:
教程里说了，重启
视频也演示了
----------------------------------------------------
2016.12.21 19:53:46
Q:
老师我想问一下，要是计算基频的倍频还有组合频，是不是用anharmonic
计算红外频率
A:
是
Q:
是不是在输入文件里面就多加个关键词 freq=anharmonic
A:
y
Q:
谢谢老师，我是这样做的，但是out结果里面没有显示出来，着急啊
A:
照这样的位置
[图片]
----------------------------------------------------
2016.12.21 20:49:56
Q:
请问一下，算过渡态有个30多的小虚频，怎么消啊？
A:
tight+ultrafine
Q:
加上这两个命令就行？多谢
A:
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
----------------------------------------------------
2016.12.21 20:57:06
Q:
请教sob老师乙烯分子的激发态应该如何优化才能保证没有虚频？激发态可以算频率吗？
A:
可以
----------------------------------------------------
2016.12.21 21:30:46
Q:
sob老师
我想计算CHCH3 变成乙烯的能垒
过渡态搜索的话直接用ts可以吗我用qst2一直报错
A:
可以
所有能用QST2的情况都能用TS代替
没事甭用QST2，自找麻烦
----------------------------------------------------
2016.12.21 21:38:45
Q:
老师，请教一下ZINDO能计算带Br的分子吗？
总是报错ZDOMap failed.
A:
算各种带Br的都不行即不能
----------------------------------------------------
2016.12.21 21:45:38
Q:
sober老师请问一下对一个双分子的体系进行结构优化是分别单独优化然后放在一起还是放在一起进行优化？@Sobereva
A:
后者
----------------------------------------------------
2016.12.21 21:50:43
Q:
sob老师，我想看CHCH3变成乙烯的动画，是不是可以先ts得到CHCH3的过渡态
然后拿出过渡态的坐标跑irc呢
谢谢老师[表情]
A:
是
----------------------------------------------------
2016.12.21 22:10:21
Q:
老师，做nmr计算，# pbe1pbe/gen nmr，scf不收敛，加上了 SCF=qc 结果出现了508错误，该怎么办呢？
[图片]请老师帮忙看看
A:
甭用qc
博文里解决scf不收敛的做法一大把，qc并不优先推荐
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2016.12.21 22:30:41
Q:
请教，Gaussian中的Def2TZVPP和ORCA中的Def2-TZVPP ECP{Def2-TZVPP}在计算含过渡金属体系时是一样的基组吗？
A:
你要是不放心，算个HF单点对照一下便知
Q:
我用两个软件分别优化了PtF6，最后结果键长差约0.005埃
Gaussian的输入：
[图片]
ORCA的输入：
[图片]
请问这两个是同样级别的泛函和基组及参数吗？
A:
相同结构的单点才最有可比性
你要比基组，就别用DFT，否则没可比性
没有哪两个程序用的积分格点是相同的
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2016.12.21 22:51:52
Q:
你的根目录是/sob/吗？
A:
在gmx解压目录里输入这些
注意看视频，先解压gmx包，进去，再输入
Q:
[表情]安装后，我就把所有的/sob都改成了[图片]了
A:
别光改个目录名，有些程序产生的脚本里面也包含目录，装完了再改可能无法正常使用
Q:
我先在系统安装后直接就命名娃娃了，然后安装的软件
对了，大博士，RHEL那个版本最好，最新版如何？
A:
还行
7.3和CentOS 7.2没什么两样
Q:
是不是多什么库文件，还是有什么改进？
A:
没什么改进
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2016.12.21 22:56:49
Q:
老师，我想请问一下计算分子筛团簇吸附硫化物的过程，使用BLYP还是PBE好呢？我看文献中二者都有使用的。
或者是B3LYP呢
文献中这些都有使用的
A:
不加D3都不好，加了D3半斤八两
Q:
那我可不可以都计算一下，然后选一个我想要的结果？
A:
没必要，就用B3LYP-D3就完了
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2016.12.21 22:56:49
Q:
就是做了一个中间体的布局分析，判断键的强弱
A:
用Multiwfn算键级
做布居分析对这个毫无用处
看multiwfn手册4.9节算键级的例子
Q:
这个。。。我不太清楚额，我只是想做一个判断键强弱的程序
A:
通过键级曲线和ELF/LOL/RDG等值面动画研究化学反应过程
http://sobereva.com/200
Q:
想判断下一步进行的方向
A:
键级的简单介绍看
幻灯片：Multiwfn与波函数分析简介
http://sobereva.com/239
Q:
我看前辈有很多做布局数的啊，布局数可以用来判断下一步进行的方向吗
A:
完全不行！以讹传讹
这跟键的强度有什么关系？
顶多也就是重叠布居，对应Mulliken键级，然而Mulliken键级对键强弱反映得极烂
Q:
原来是这样，那mayer布局呢
A:
哪来的Mayer布居？听谁说的？
Q:
是 mayer键级，据说也可以判断键的强弱
A:
看我前面给你的博文、资料，写得很清楚
Q:
好的，谢谢老师
老师，Mayer键级用来判断键的强弱靠谱吗
A:
靠谱
我提出的拉普拉斯键级对非极性键更合理
Q:
区别在于用force constants 代替的是vibrational frequencies，还是仅仅只代替 frequencies，谢谢！
A:
看群共享里Bond Order Analysis Based on the Laplacian of Electron Density in Fuzzy Overlap Space
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2016.12.21 23:08:32
Q:
Sob老师，我研究的体系对称性都很好，是C3V构型，然后做分子生成密度差，并且积分。想研究π-hole区域积分值，数据差很多，有的中间三个吸引子，有的六个吸引子。为什么出现这种情况呢？
[图片]
[图片]
[图片]
A:
看我前面给你的博文、资料，写得很清楚
Q:
[图片]
A:
甭管吸引子有几个，看这没意义，就看总的积分值
Q:
是的，但是为什么那几个红色的区域积分值会差那么多
[图片]
A:
从盆、等值面的图形上考虑原因，没具体情况我没法说，我现在忙得要命也没时间仔细看
Q:
就是不太明白，困惑好长时间，前边的步骤都检查了，唯独这部分pi-hole积分值不一样，体系都是C3v对称，把pa-hole区域的积分值加和，怎么就相差这么多呢
就是按照吸引子的积分值加和的，为什么有三个、六个的呢？
A:
从等值面图上一看就明白
甭在意这个，本来那一坨区域数值就比较均匀，稍微一点数值扰动都可能出现新的吸引子
死活搞不清楚就按我之前说的，绘制密度差积分曲线，比当前这种考察方式直观清楚得多得多得多得多得多得多得多
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2016.12.21 23:21:12
Q:
sob，gromacs做蛋白和小分子作用动力学之前，需要对接吧，一般什么软件？
A:
autodock
Q:
到时候会有同源建模的相关介绍吗？
A:
没
光讲课程内的东西时间都很紧
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2016.12.21 23:23:41
Q:
[图片]
其实只要把PPT写的详细，我看自学都足够了
A:
动力学的操作步骤明显比量化多得多，过程麻烦得多，还是要认真看演示
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2016.12.21 23:25:21
Q:
小弟有个比较简单的问题想请教一下，dmol3里面计算vdw作用的时候，用ts和grimme哪个校正比较好啊
A:
grimme
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2016.12.21 23:25:27
Q:
有gromacs做QMMM这一块吗？谢谢老师
A:
以后可能用动力学高级班，介时再讲
先弄懂基本的
什么都学一把最后什么都没学明白
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2016.12.21 23:26:08
Q:
amber16需要直接解压到指定/sob目录么，还是任意目录呢
A:
按照视频操作
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2016.12.21 23:27:38
Q:
哦哦但是我用grimme算两个石墨烯层的距离时，能量最低的距离要比石墨中两层间的距离要小一些啊
A:
这种问题用高斯或ORCA，结合个好点的方法诸如M06-2X-D3，结合起码6-311G*基组再去优化，以那个结果为理论准确值当参考
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2016.12.21 23:27:40
Q:
老师您好我用高斯优化了一个平面结构输出结构不是平面的能不能指定输出是一个平面结构@Sobereva
A:
不能
一开始在gview里把结构对称化好了，并且不用弥散函数，并且DFT积分格点精度足够，通常不会自发破坏平面
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2016.12.21 23:32:27
Q:
可是高斯算不了周期边界条件的体系啊
A:
高斯能算
看PBC关键词
另外可以用有限大小的石墨烯当参照，没必要非得PBC情况作对比
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2016.12.21 23:40:16
Q:
咨询一个问题，这个分子的H和S能不能形成分子内H键呢？[图片]
[图片]这两个构型一般哪个相对稳定？谢谢指点。
A:
just算
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2016.12.21 23:45:12
Q:
老师，请教一下，15号NTO中氧的成分达到70%，是指最外层电子所占比例还是？
[图片]
A:
氧的基函数的总贡献
或者认为是氧那部分空间所占轨道的比例
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2016.12.22 00:10:38
Q:
老师，想问一下gromacs里的gro文件最后三列的速度，是如何得到的呢？比如最后一步gro文件的某个原子的z方向的速度是通过哪两个量计算得到的？
A:
做动力学每一步都会算速度，这就是最后的速度
Q:
谢谢老师的回答，老师也许我没表述清楚，我想知道这一结果是怎么计算得到的。比如我想知道相邻构象某个原子的z方向速度，是不是用z坐标之差除以dt ?
A:
你先看看基本的分子动力学的书，了解诸如leap-frog、verlet等基本动力学算法
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2016.12.22 00:24:31
Q:
话说什么情况需要算单点能而不能取信优化输出文件的总能量？假设泛函基组完全不变
A:
级别不变就没必要算单点，除非你要得到不同电子态的能量
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2016.12.22 00:28:41
Q:
[图片]安装amber最后出现的内容与教程不一样，前面加载补丁的时候没有成功，要不要重新安装呢？
A:
需要
输入make distclean，清空临时信息，然后重新弄一遍
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2016.12.22 00:32:54
Q:
[图片]老师，这种静电势等高线交叠图是怎么做出来的呢？我看multiwfn说明书，做出的是单个分子虚线和实线的图，不是彩色的。做完单个分子的彩色静电势等值面后，这种两个分子交叠的图是用ps后处理的么？
A:
等值线图绘制的后处理界面里进入等值线数值调节界面，里面能设颜色
然后把两个图在ppt里拼一下，其中一个把白色设成透明色就完了
ps里弄这种我都是用色彩选区工具把白色直接扣掉
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2016.12.22 00:44:24
Q:
请问老师，我要算一个铂原子跟一个碘离子的作用，泛函准备用bp86，但基组未能确定下来，请教用什么基组合适
就是看它俩的配位作用
A:
Pt用Lanl2TZ(f)或SDD，I用lanl08(d)
Q:
我看到有两篇文献碘用dgdzvp基组，也可以吗？
A:
甭用那个破基组
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2016.12.22 00:45:59
Q:
请问，pm3和pm6的精度相差大吗？
A:
对有机体系相差一般不大
Q:
对于那种弱相互作用比较强的过程，比如成键断键过程，PM6-DH+ 比PM6和PM3的精度改善很多吗？
A:
成键断键并没有显著的弱相互作用参与
除非你是指的氢键卤键之类弱相互作用，此时差异显著
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2016.12.22 00:49:43
Q:
我想咨询一下关于“第一届GROMACS班”的交费问题，请问有联系电话吗？
A:
发邮件到keinsci@sina.com
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2016.12.22 01:04:15
Q:
amber始终没法更新
www.ambermd.org可上
[图片]
A:
AMBERHOME环境变量没弄对
Q:
amberhome环境变量如何设置，是不是 export amberhome=/sob/amber16
A:
amberhome必须大写，就严格按我教程和视频里设
Linux对大小写是很敏感的
Q:
还是不对呀...
[图片]
变量设置没问题，网站也可以登录
A:
运行echo $AMBERHOME看显示什么
Q:
显示 /sob/amber16
A:
删了amber16目录，重新解压，从头按照视频严格一步步重新操作一遍
Q:
显示 /root/Desktop/Link to sob/amber16
A:
别用桌面的那个link进入/sob
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2016.12.22 01:19:01
Q:
老师。如果想在DMOL3中算电子差分密度图，在properties里勾选什么选项
[图片]
A:
直接得不到密度差图
dmol3能产生电子密度的.grd文件，用multiwfn的主功能13对多个.grd文件求差才能得到密度差格点数据，并进而作图
Q:
multiwfn这是什么软件
A:
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
Multiwfn波函数分析程序的意义、功能与用途
http://sobereva.com/184
群里天天的讨论都涉及multiwfn，居然不知道
Q:
啊，，不好意思
A:
连百度百科都有
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2016.12.22 01:30:29
Q:
Sob 老师，我用GAUSSVIEW 画了一个CHCH3(我想看它变成乙烯的动画[表情])
然后算了一下TS opt=(calcfc,ts,noeigen) b3lyp/6-31g(d)
从输出文件里拷出坐标后，直接 IRC(calcfc,maxpoint=30) b3lyp/6-31g(d,p)
结果只是一个H在抖，没变成乙烯[表情]
是不是过渡态找的不对啊
A:
基组都不一样
IRC必须和几何优化的级别完全一样
Q:
哦，我再试试
Sob老师 [表情]改了IRC的基组但仍然只是1个H原子在抖，并没有变成乙烯
是opt=(calcfc,ts,noeigen) b3lyp/6-31g(d)不对吗
A:
打开优化的输出文件，保存成新的输入文件，再用这些关键词
不熟练就别自己从输出文件里拷坐标省得弄错
----------------------------------------------------
2016.12.22 02:13:32
Q:
[图片]各位大神，帮忙看一下截图里的错误如何处理。
[图片] 在计算的时候出现了这样的错误，请问该怎么解决？
A:
疑似马甲，已记录，清人时候优先处理
Q:
[图片]
A:
下次再看到两个群里同时问同一个问题会踢一个
Q:
不好意思，我也是受人所托，并不知有人同时问
A:
格式不对
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2016.12.22 02:25:09
Q:
[图片][图片][图片]
Sob 老师，我照您说的改过后算出结果了（很开心了[表情]），但是产物不是乙烯，我有什么办法能得到乙烯呢
A:
调整初猜，找到正确的过渡态
你这貌似只是甲基的旋转过渡态
----------------------------------------------------
2016.12.22 02:30:23
Q:
sob老师，如果我用线性响应算光谱，老师我可以不在溶剂下优化，直接进行第二计算？
A:
病句
Q:
就是在气相优化下结果直接加溶剂算光谱？
我感觉这样意义不大，我老师说可以算。
A:
可以
Q:
这样与直接算气相优化结果区别是？
A:
隐式溶剂模型只略微增加耗时，没必要偷懒不用之
对一般体系对结构影响不大
----------------------------------------------------
2016.12.22 02:52:18
Q:
Sob 老师，我弄出来啦，我把初始结构佳绩里的一个H强行掰下来放到两个C附近，找到过渡态就算出来了
我想看能垒是不是就直接算过渡态的单点能减去CHCH3的单点能就行？[表情]
A:
是
----------------------------------------------------
2016.12.22 03:16:16
Q:
老师，我分析在一个过程前后分子中C-O键的键级，发现键级由0.482变为0.463，这样的量级大小可以确切地说在这一过程中C-O键被削弱了吗？会不会被认为这样量级的变化可以忽略？
A:
如果键级计算方式合理，可以说明
Q:
老师，我在M06-2X/6-311+G**水平下得到波函数文件，使用multiwfn计算拉普拉斯键级，这合理吗？
A:
合理
----------------------------------------------------
2016.12.22 04:09:37
Q:
sob老师，刚刚你关于键级的回答，是不是可以理解为使用multiwfn计算键级，拉普拉斯键级可以有弥散函数，而其他的键级应去掉弥散？
A:
是
Q:
嗯嗯，谢谢老师
sob老师，用Multiwfn计算Fuzzy bond order时怎么设置显示bond order>=1.00？
A:
什么意思？要把显示的阈值设这么大？
Q:
嗯嗯
计算结果显示没成键的两个原子也有键级
A:
没成键的原子间键级不可能这么大
根本不能无视
微小数值才可以忽略
Q:
[图片]
1C-6C根本不成键的
还有1C-7N等
A:
这跟1差得老远！明显很接近于0，可以忽略！
屏蔽这么点的数值干嘛吧阈值设大到1？
阈值设成1连0.9的都看不见了
自己改程序
Q:
我需要的键最小的键级为1.085，所以就想设为1
屏蔽掉不需要的
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.12.22 04:41:03
Q:
老师，我使用M06-2X/6-311+G**比较两个分子的电离势来比较氧化还原性质，结果发现两者量级均为700kJ/mol，两者的电离势相差10kJ/mol，请问老师，10kJ/mol是不是太小了，用这样的数据说明问题是否有意义？
A:
换好点的双杂化，如果也这样，能说明问题
Q:
老师，我的体系比较大，约60个原子，双杂化可能算不动。
A:
怎么可能算不动
用ORCA就连4核笔记本，算这种体系结合哪怕用def2-QZVPP都无压力
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
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2016.12.22 04:46:10
Q:
卢老师，gromacs在安装的时候出错了，想卸载重装，在linux系统下怎么卸载软件呢？@Sobereva
A:
把build目录删了重新建就完了
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2016.12.22 05:13:00
Q:
[图片]老师，怎样才能不显示坐标轴，而且把所有弧线都补全呢？或者扩大length unit的数值范围
A:
设定作图平面时加大延展距离
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2016.12.22 06:22:03
Q:
老师您好，我有几个问题：
1.都说cam-b3lyp算垂直激发能准确,但是，您的博文中cam-B3LYP除了算电荷转移激发和里德堡激发其他场合都很烂，应该包括算激发能吧？
2.说cam-b3lyp来算电荷转移激发应该是用cam-b3lyp优化基态构型加td之后看轨道贡献，那么如果我用cam-b3lyp优化构型，用其他方法算td来看轨道贡献是否可以？因为cam-b3lyp算激发能有时候蓝移太多。
3.问题2中所说的cam-B3LYP考虑电荷转移激发准确应该是opt后td垂直激发看的吧，如果我只用cam-B3LYP优化，安排好各个HOMO和LUMO轨道之后，用其他方法算td看轨道贡献？
说的有点乱，希望老师容忍。
那您的意思是td的电子跃迁贡献用cam-b3lyp更准吗？但是激发能有时候确实不准，怎么办？还有，一种跃迁的轨道贡献对应一种激发能
嗯，我懂了
就是ct激发和里德堡激发的时候用cam-b3lyp来分析就很准确了，电荷转移激发有什么意义呢？对电荷转移态有影响吗？
我看到，当考虑基态跃迁到不同激发态时可以看到不同类别的激发
A:
“1.都说cam-b3lyp算垂直激发能准确”不加条件根本没法这么说！该说的博文里都说了
什么方法算激发态，跟什么方法优化基态结构，根本不需要一样。甭指望CAM-B3LYP优化基态能有多好的结果，绝对不可能比B3LYP好
你反倒想用这个优化，用其它的算激发能，完全本末倒置！
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2016.12.22 11:43:49
Q:
用gfortran还是出现问题
Beginning the DDI compilation at Wed Dec 21 20:42:03 CET 2016
Compiling common object: soc_create.o
gcc -DLINUX -m64 -O3 -fstrict-aliasing -I./ -Dgetarg_=_gfortran_getarg_i4 -Diargc_=_gfortran_iargc -DDDI_ SOC -DUSE_SYSV -DUSE_SHMEM_SYSV -DMAX_SMP_PROCS=32 -DMAX_NODES=1024 -o soc_create.o -c soc_create.c
In file included from /usr/include/sys/param.h:26,
from mysystem.h:40,
from soc_create.c:21:
/cm/握手d/apps/intel/compilers_and_libraries_2016.1.150/闪电nux/compiler/include/闪电mits.h:36:54: error: mi ssing binary operator before token "("
In file included from /
usr/include/netinet/in.h:24,
from /usr/include/netdb.h:28,
from mysystem.h:108,
from soc_create.c:21:
/cm/握手d/apps/intel/compilers_and_libraries_2016.1.150/闪电nux/compiler/include/stdint.h:43:54: error: mi ssing binary operator before token "("
Beginning the DDI compilation at Wed Dec 21 20:42:03 CET 2016
Compiling common object: soc_create.o
gcc -DLINUX -m64 -O3 -fstrict-aliasing -I./ -Dgetarg_=_gfortran_getarg_i4 -Diargc_=_gfortran_iargc -DDDI_ SOC -DUSE_SYSV -DUSE_SHMEM_SYSV -DMAX_SMP_PROCS=32 -DMAX_NODES=1024 -o soc_create.o -c soc_create.c
In file included from /usr/include/sys/param.h:26,
from mysystem.h:40,
from soc_create.c:21:
/cm[表情]d/apps/intel/compilers_and_libraries_2016.1.150[表情]nux/compiler/include[表情]mits.h:36:54: error: mi ssing binary operator before token "("
In file included from /usr/include/netinet/in.h:24,
from /usr/include/netdb.h:28,
from mysystem.h:108,
from soc_create.c:21:
/cm[表情]d/apps/intel/compilers_and_libraries_2016.1.150[表情]nux/compiler/include/stdint.h:43:54: error: mi ssing binary operator before token "("
我怀疑是不是mkl错了
A:
如果以前的ifort版本都行唯独这个不行，如果不是最新的2016版GAMESS-US用最新的版本再试
编译器应当和程序年代相近才容易编译成功
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2016.12.22 15:51:43
Q:
请问IR spectrum with vertical axis-transparency % and horizontal axis-wavenumber 是横坐标为%transimittance的图形么？
A:
否
Q:
老师，那是什么图形啊？@Sobereva
A:
透过率怎么可能是横坐标？哪有这种图？
Q:
我从guassview中得到了纵坐标是IR intensity的红外谱图，现在审稿人让画出红外光谱，纵坐标是vertical axis-transparency %
A:
右键属性把y轴翻转
Q:
是不是就是本来纵坐标是0到100，现在调成100到0就可以了？
A:
完全不是
gview直接给你的是摩尔吸收系数，哪是0~100
图像形状对上就完了，甭管坐标单位
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2016.12.22 16:56:55
Q:
老师，我现在算出来一个过渡态跑IRC正确，可是活化能太高，解析能是负的，是我过渡态找的不对吗，可是我重新找换了好多种都没找到，我可以参考之前算的那个能量高的结构吗，在这个基础上怎样修改让能量变低呢
A:
意义不明，只要计算级别合理，活化能该多高就多高
如果和实验不符，考虑其它可能因素，诸如溶剂效应、模型的合理性等
Q:
意思是IRC正确就是我找的过渡态吗，需要找其他的原因是吗
A:
y
Q:
计算级别指的是计算方法和基组吗
A:
y
Q:
老师，还有一个问题我需要确认找原因，bsse校正对于分步机理，催化剂第一步已经和一种物质作用了，第二步和另一种物质作用吸附的bsse是Counterpoise=2吗，之前的催化剂和第一种物质看成一个片段，第二种物质看成一个片段是吗
A:
意义不明
算反应甭管BSSE问题
算相互作用能的时候才需要考虑
Q:
算完反应，算能量涉及吸附不需要加上bsse吗
A:
不要老想着BSSE，先把基本计算流程搞明白
新人总是对BSSE过度敏感
不算相互作用能就甭管BSSE，算势垒、反应能根本不需要考虑BSSE
基组带充分的弥散函数，不管破BSSE也不至于结果定量精度差多少
反倒是瞎考虑BSSE，流程弄不对，结果定性都错的
----------------------------------------------------
2016.12.22 17:10:15
Q:
[图片]
老师，我想问一下，这么低的势垒会不会过去回来，一直往返运动达到某种平衡，还是过去回来就完事了
A:
很容易回去
逆向速率很高
----------------------------------------------------
2016.12.22 17:13:18
Q:
卢老师这个X-H键怎么用来着？我画的一直和五元环不垂直/流汗
[图片]
A:
茂环就是在gview自带的片段库里，直接用就完了
非要自己建茂环，在中间加虚原子，虚原子上再加个氢，让X-H与五元环垂直，这样五元环加到别的键上就会垂直着加上去
----------------------------------------------------
2016.12.22 17:13:31
Q:
请问老师，6-311+g*基组不能用multiwfn画出PODS图，那能用别的软件画出PODS吗
A:
不能
去掉该死的弥散就完了
----------------------------------------------------
2016.12.22 17:14:22
Q:
每个优化的HF都需要加上零点能校正，吸附还需要加上bsse校正，师姐是这样和我说的[表情]，那我算活化能只需要HF吗
A:
什么HF，那叫单点能
甭信她瞎说的
考察活化能用G，哪能用U(0)
Q:
老师，对于算活化能，这些能量应该用哪个呢，还需要这些电荷和零点能校正能吗
A:
都说了，用G(T)
怎么算自由能这里写得很清楚
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
----------------------------------------------------
2016.12.22 17:19:28
Q:
虚原子加氢是用H代替X吗？
X-H一直和五元环垂直不了/流汗
A:
不是代替，是加上
仔细调二面角和键角
[图片]
Q:
哦，我调了下，发现和下面有的原子成90度了，和其他原子还不是90度，是需要多次调吗
A:
y
----------------------------------------------------
2016.12.22 17:24:29
Q:
[图片]请问我这是不是需要卸载了重新装一下，还是不用管，重复造作一遍就能覆盖，另外我解压的时候发现可能就有问题，解压了几次也没有成功，最后虽然可以继续进行了但也不知道是不是还是没有解压完全，然后到“./configure -noX11 gnu“后，没有提示输入Y的，直接到了不兼容python我选了N
A:
ambertools目录删掉，重新把ambertools包拷进去（别拖进去，否则传输容易不完整），然后解压，解压要是没报错就算拷完整了。之后步骤按视频执行
Q:
好的，3Q
其实开始我就是复制粘贴的
然后解压的，并不是拖进去的，但还是解压的时候有问题，难道是我电脑长时间没有关，有时候特别慢
现实磁盘100%
A:
你看看压缩包文件大小，是否没下完整
Q:
[图片]
A:
貌似没问题
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2016.12.22 17:28:16
Q:
大博士，你的视频算是白录了，很多人都没仔细看
A:
你一开始不也没看
Q:
[表情]我说的是仔细看
A:
录了一通宵，视频右下角的时间是0:00算的
Q:
我看录了七个多小时，实在是辛苦
第一个是四点左右，最后一个是七点左右
大博士，这套程序是不是也可以直接安装在Linux单机上？不需要修改任何的步骤？
A:
是
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2016.12.22 17:44:08
Q:
请问老师，[图片]这个多原子分子轨道是怎么命名的，看不懂，求指导
A:
不可约表示
Q:
[表情]不是回答我的问题吧？
A:
是
Q:
徐光宪量子化学
俞文海固体科学中的空间群，老师，我看这些书，里面应该解释了具体的内容吧？
A:
看科顿的群论在化学中的应用
Q:
老师，科顿的是不是也要看英文原版
A:
中文的也可以
老一辈的翻译质量还是不错的，现在大多都是瞎翻译
看这是白费功夫
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2016.12.22 17:49:46
Q:
[图片]请问这个已经报名报完了吗?/微笑
A:
y
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2016.12.22 17:52:22
Q:
其实有个ADF程序，学这个就无脑了..
打开ADF-level..什么都给你列出来..
前段时间ADF来了个博士，讲了一大套
讲ADF2016
[表情]
ADF就是太贵了..license只出租不卖..
A:
会被蒙在鼓里
ADF再怎么包装得漂亮也不可能一点化学直觉没有就能给出想要的过渡态
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2016.12.22 17:54:23
Q:
老师有没有IRAN.LEVINE的量子化学中文翻译版教材呀?
[表情]
确实买不起，不过高斯我也买不起，用盗版[表情]
A:
看第六版影印版
老的中文版早过时了，毫无用处
Q:
影印版是英文的吗？
目前在看英文原版
A:
中文版就不叫影印版了
[图片]
Q:
群论在化学中的运用，有英文版上传一下呗..
收藏..
A:
公社专用邮箱里有
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2016.12.22 18:08:19
Q:
老师，我想问下，关于一个过渡态，最后不能正常输出，出现L913的错误。这个结构是用B3LYP优化成功后的，用CBS-QB3算以得到势垒，最后的Delta值一直在正负1点多乘10的负7or负8次方震荡。不能正常输出，问下可直接算单点能再加上零点能，可做为势垒的值么？以下是输入和输出文件，谢谢老师[图片][图片]
[图片]
A:
刚说完，势垒用G
热力学组合方法不要写freq
Q:
嗯，好的，我知道势垒用G,可是这个不能正常输出，得不到G的值，所以才想问问，因为这个输出，我找不到解决的办法。
A:
甭用CBS-QB3，直接自行找过渡态，按我前面给的博文算自由能
本身CBS-QB3算过渡态就是questionable的
Q:
我是用B3LYP找到了过渡态，并且IRC 也是正确的，想得到更精确的能量，也看到了有的文章用了这个，所以再用CBS-QB3算的。
A:
甭以为文献里就是正确的
自己手算自由能也不费劲
你不自己手算根本不可能解决
y谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
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2016.12.22 18:08:19
Q:
老师，我想问下，关于一个过渡态，最后不能正常输出，出现L913的错误。这个结构是用B3LYP优化成功后的，用CBS-QB3算以得到势垒，最后的Delta值一直在正负1点多乘10的负7or负8次方震荡。不能正常输出，问下可直接算单点能再加上零点能，可做为势垒的值么？以下是输入和输出文件，谢谢老师[图片]
A:
saveNBO保存的是NBO轨道
你想让NBO干一些额外事情诸如做NCS分析、产生NBO plot文件才需要nboread从末尾$NBO段落读取传递给NBO程序的关键词
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2016.12.22 18:15:16
Q:
Sob老师，请教一个问题，如果我用您博客上的“基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格”来计算时，在文章中应该引用什么文献？谢谢！
A:
不用引，或者随便引一本物化书，诸如levine的
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2016.12.22 18:16:27
Q:
装好的虚拟机连不上网，是怎么解决的?
[图片]
说不定重启就能连上了
网上找的很多办法都试了
不知道怎么回事
小李，我看看你的虚拟机网络配置
[图片]
A:
如果是路由器自动分配IP上网的情况，改成桥接试试
Q:
VM8更改成桥接？
中国移动的家庭用户
[图片]
A:
y
之后确信已经在虚拟机里面的系统中选择了开启网络连接
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2016.12.22 18:46:59
Q:
大博士，fortran中行号之后出现C是代表什么呢？
比如，6.C ……
A:
注释本行
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