使用LASP跑大规模体系MD时升温后结构不变没有移动的问题

皮卡丘闪电链

各位老师好，我想复现李微雪老师的science文章，Pd颗粒在TiO2缺陷表面上形成包裹的MD全过程，
根据文献指出，是使用LASP软件进行的MD模拟。
所以我想初试一下这个分子动力学过程。
附件是我的LASP输入文件和输出文件以及前后的结构。
我并没有固定任何原子，所以按照理论推算，最后会高温形成球状结构，但实际并未发生，因此想求助一下看看问题是出在哪里。
优化后的结构比较大，但在MS里其实和初始结构一摸一样。如图所示。

pal

有没有切换到后面的构型，md.arc包含了一系列坐标，不切换的话显示的就是一开始的构型

皮卡丘闪电链

pal 发表于 2025-7-3 16:26
有没有切换到后面的构型，md.arc包含了一系列坐标，不切换的话显示的就是一开始的构型

老哥！救命了！ 原来我算对了，只是不知道会是你说的那样。。。我想再问下这个可以转化成轨迹文件然后算个径向分布函数吗？

pal

皮卡丘闪电链 发表于 2025-7-3 21:18
老哥！救命了！ 原来我算对了，只是不知道会是你说的那样。。。我想再问下这个可以转化成轨迹文件然后算 ...

不是很明白为什么要算径向分布函数，如果是自己写的话没什么问题，坐标都在文件里，如果是想转化成gromacs那样的轨迹文件的话找找有没有转化工具

皮卡丘闪电链

pal 发表于 2025-7-3 21:31
不是很明白为什么要算径向分布函数，如果是自己写的话没什么问题，坐标都在文件里，如果是想转化成gromac ...

谢谢大哥，后面的我会想办法解决。我没学过lasp，纯自学的，卡在这里2天了 夜不能寐。。。真救命了哈哈 再次感谢！