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[GROMACS] 知道溶剂浓度如何构建对应浓度的水盒子

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Level 4 (黑子)

各位老师好,我想研究Hgcl2和水,因为有文献有说会形成水合的Hgcl2,然后实验那边有提供了水中Hgcl2的浓度,如何使用gromacs构建对应浓度的水盒子?可以先构建一个纯水盒子,然后用gmx genion这个把一部分水替换成Hgcl2吗,以及如果这样构建完还需要加Nacl来平衡电荷吗

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Level 3 能力者

2#
发表于 Post on 2025-7-7 19:37:52 | 只看该作者 Only view this author
  1. gmx solvate -box 10 10 10 -o water.gro
  2. gmx genion -f water.gro -conc [concentration in Mol/L] -o HGCL2.gro
复制代码

HgCl2为中性,所以理论上不需要添加NaCl来平衡电荷,如果需要平衡,可在genion中额外输入-neutral。
如果是要做阴阳离子(Hg2+和Cl-,但在我看来好像没什么必要),只能使用insert-molecular -replace
CP2K VASP Gaussian LAMMPS GROMACS欢迎交流

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