cp2k输出的优化后的xyz结构失去周期性，如何添加周期性信息？

皮卡丘闪电链 · 发表于 Post on 2025-7-7 16:15:21

各位老师好，我用cp2k优化了一个大体系结构，如图所示
然后用卢老师的Multiwfn软件对他做了cif格式转换，
结果显示Pd团簇位于边角位置。
这个问题群里请教了卢老师，的确可以通过Multiwfn软件位移Pd团簇至视角中心，但问题在于底部的TiO2结构也要随之改变，这个要跟随Pd团簇的移动而移动。
因此请教各位老师，这个问题如何解决。
附件为cp2k输出的restart文件，可以通过multiwfn软件进行转换。

jonson · 发表于 Post on 2025-7-8 11:07:54

这个本质没啥区别的，就是视觉效果

qczcb2 · 发表于 Post on 2025-7-8 11:29:14

把restart导入multiwfn ，选择主功能300,7进入结构操作，然后24，enter,让所有体系居中,22，将所有原子卷回盒子内，最后输入-4输出cif即可。可见附件的log和cif

皮卡丘闪电链 · 发表于 Post on 2025-7-8 15:44:05

qczcb2 发表于 2025-7-8 11:29
把restart导入multiwfn ，选择主功能300,7进入结构操作，然后24，enter,让所有体系居中,22，将所有原子卷回 ...

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