该MOF怎么建一个合理的模型

wwrrhh · 发表于 Post on 2025-7-7 17:21:50

老师们，想问一下对于MOF建模的问题，该MOF是一个双核晶体，一个金属连了四个配体，和两个DMSO分子，由于比较大，全保留进行高斯优化特别困难，并且DMSO的O与金属Cd 直接键长比较大，优化好后直接就断开连接了。想请问一下这个MOF怎么建模比较合适，溶剂分子可以不要吗

18217265596 · 发表于 Post on 2025-7-7 18:46:43

金属附近的正常dft描述
金属远端的用pm7或者xtb描述呗

wwrrhh · 发表于 Post on 2025-7-7 19:22:58

18217265596 发表于 2025-7-7 18:46
金属附近的正常dft描述
金属远端的用pm7或者xtb描述呗

不好意思，我是初学者不太懂，pm7 xtb是在哪里选择的呀

PLwang · 发表于 Post on 2025-7-7 19:44:23

你在提问时候没有给出自己使用的计算级别、计算条件和计算时长。单纯从这个分子的原子数来看（100出头？）使用Gaussian进行优化其实并不是特别困难的事情，完全可以纯DFT进行描述。
but，在我印象里面，MOF似乎更多时候，会使用周期性程序（CP2K、VASP或其他）来描述？

18217265596 · 发表于 Post on 2025-7-7 19:49:51

wwrrhh 发表于 2025-7-7 19:22
不好意思，我是初学者不太懂，pm7 xtb是在哪里选择的呀

http://sobereva.com/60
g16我不确定支不支持pm7 反正pm6d3也差不多
xtb是orca支持的，比pm6/7比起来又快又好、

sobereva · 发表于 Post on 2025-7-9 05:59:34

强烈建议直接用CP2K计算，算MOF完整晶胞的速度比Gaussian用这种簇模型还快得多，还完美考虑周期性，明显更省事、更快还更严格。通过北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/KFP）学一遍很快就上手了，里面专门给了MOF、COF的计算例子。

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