pdb2gmx的-ss参数未能识别0.17 nm二硫键的问题

qmmyz · 发表于 Post on 2025-7-9 10:35:45

基本信息：蛋白pdb文件为AlphaFold预测，Pymol打开测量发现序号90和98的半胱氨酸的S原子距离为1.7埃，软件为HPC集群上gromacs2023版，预处理命令为

gmx pdb2gmx -f test_amyba.pdb -ff charmm27 -ignh -o protein.gro -p topol.top -ss

复制代码

输出特殊原子距离矩阵如下

成键信息里也没有变化

全程没有交互式选择要不要添加二硫键，topol文件里没找到二硫键
未奏效的解决办法：用notepad++打开pdb文件添加SSBOND行，仍未识别
问题：这种Alphafold预测的两个S原子很近的情况，需要识别为二硫键再跑MD吗

yuechenghua · 发表于 Post on 2025-7-9 10:49:23

是specbond.dat中的这个键吗？
CYS SG 1 CYS SG 1 0.2 CYS2 CYS2
如果是的话，你得去改一下文件中0.2这个值，pdb2gmx只能识别到距离正负10%以内的特殊键（这个例子就是0.18-0.22 nm以内的键）。

qmmyz · 发表于 Post on 2025-7-9 11:06:49

感谢，我去修改一下我pdb文件里的距离试试，因为这个是学院公用服务器上的文件（specbond.dat），我可能不太好改。

sobereva · 发表于 Post on 2025-7-9 11:15:30

qmmyz 发表于 2025-7-9 11:06
感谢，我去修改一下我pdb文件里的距离试试，因为这个是学院公用服务器上的文件（specbond.dat），我可能不 ...

在自己个人电脑上产生tpr文件，传到服务器上跑
或者在服务器上把gromacs装到自己用户目录下

qmmyz · 发表于 Post on 2025-7-9 11:22:23

感谢老师，修改原子坐标不影响其他结构对我来说还是比较困难，我还是用自己的电脑预处理蛋白吧

yuechenghua · 发表于 Post on 2025-7-9 11:37:54

qmmyz 发表于 2025-7-9 11:22
感谢老师，修改原子坐标不影响其他结构对我来说还是比较困难，我还是用自己的电脑预处理蛋白吧

你直接改你电脑上的gromacs里的specbond.dat，然后在你电脑上生成.top文件传到服务器上用就可以了。如果你的电脑没装gromacs或者不好装，你也可以在服务器上自己编译一个cpu版的gromacs放在你的文件夹下，用来生成拓扑文件，没必要去动已经做好的结构文件。

qmmyz · 发表于 Post on 2025-7-9 12:04:26

感谢三位的解答，我把gromacs复制到我自己的目录下修改环境变量和specbond.dat后问题解决了，pdb改起来还是太复杂了，谢谢

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[GROMACS] pdb2gmx的-ss参数未能识别0.17 nm二硫键的问题