用于大分子量的分子动力学与计算化学的计算机配置求助

Yiolet · 发表于 Post on 2025-7-9 15:35:51

本帖最后由 Yiolet 于 2025-7-9 15:35 编辑

各位老师大家好，本人目前为研一学生，想要配置一台电脑进行计算，目前常用的计算软件为Gaussian，GROMACS，未来可能还会继续学习使用CP2K与ORCA。
本人的计算任务可能会包含蛋白质的计算，大分子量的周期性体系的动力学计算，还包括一些半导体，热电材料的计算。总的来说计算的体系比较多，分子量可能也不小。
拜读了sob老师撰写的计算化学购机配置推荐博文后，由于自己购买计算机，预算有限，目前对博文中的某一配置很感兴趣（如下）
高性价比分子动力学推荐配置
CPU：Intel i5 13490F（10核，盒装，无集显，无散热器）
主板：华硕 PRIME B760M-K D4
CPU+主板套装价1530
散热器：酷冷至尊T400i简包装  80
显卡：技嘉RTX5070 风魔 12GB 5080元或微星幻影师RTX5070 12G SHADOW 3X OC  5000元
硬盘：希捷银河企业级 8TB 256MB 7200rpm SATA3 (ST8000NM017B)  1430
内存：2*金士顿 Beast野兽DDR4-3200 16GB  2*230
电源：先马黑钻850 V4  400
机箱：先马黑洞标准版  280
键盘鼠标：罗技MK200 有线键鼠套装  80
总价：约9300
本人的预算大概在10000左右，可以接受稍微超出预算（不超过5000），想要请教各位老师，该配置是否可行，或者有没有可以优化的地方，感谢各位老师。

sobereva · 发表于 Post on 2025-7-9 21:29:25

既然你经常要用纯CPU做计算，CPU建议改用强得多的9950X。当前的CPU的算力太孱弱，而且大小核设计往往妨碍纯CPU计算。

Yiolet · 发表于 Post on 2025-7-9 22:24:43

sobereva 发表于 2025-7-9 21:29
既然你经常要用纯CPU做计算，CPU建议改用强得多的9950X。当前的CPU的算力太孱弱，而且大小核设计往往妨碍纯 ...

感谢sob老师，那我的主板是不是也要更换，我刚才搜索了一下，好像需要更换为B850

sobereva · 发表于 Post on 2025-7-9 22:53:14

Yiolet 发表于 2025-7-9 22:24
感谢sob老师，那我的主板是不是也要更换，我刚才搜索了一下，好像需要更换为B850

用博文里的9950X那套配置，GPU选买得起的

Yiolet · 发表于 Post on 2025-7-9 23:03:54

sobereva 发表于 2025-7-9 22:53
用博文里的9950X那套配置，GPU选买得起的

谢谢sob老师

tonganlhy · 发表于 Post on 2025-7-10 09:01:34

本帖最后由 tonganlhy 于 2025-7-10 09:06 编辑

Yiolet 发表于 2025-7-9 23:03
谢谢sob老师

cpu可以选7950X，便宜一点。性能跟9950X差不了多少。显卡就可以选好一点的。
如果硬件方面有经验，从咸鱼买二手可以更便宜。
如果追求预算，可以用7700板U套装，就比你当前这个板U贵500左右。

Yiolet · 发表于 Post on 2025-7-10 09:43:52

本帖最后由 Yiolet 于 2025-7-10 09:45 编辑

tonganlhy 发表于 2025-7-10 09:01
cpu可以选7950X，便宜一点。性能跟9950X差不了多少。显卡就可以选好一点的。
如果硬件方面有经验，从咸 ...

谢谢老师的解答，我再去了解一下，我个人还是想配置好一点的显卡，因为算动力学可以用到GPU加速。

wbqdssl · 发表于 Post on 2025-7-10 09:54:49

给一下我的配置你可以做参考，也是自费配的，打算拿来跑GMX，Gaussian。最后总价14100。
1.CPU：AMD Ryzen 9 9950X（16核，散片，集显）
2.主板：技嘉B650M AORUS PRO AX
3.散热器：酷里奥倚天P60T 黑色
4.显卡:索泰 RTX4070SUPER 12G 双风扇
5.硬盘：希捷银河企业级 8TB 256MB 7200rpm SATA3 (ST8000NM017B)
6.内存：宏碁掠夺者冰刃系列 96G 6000 48G*2 RGB 石曜黑 C28/海力士3GB M-Die
7.电源：追风者AMP GH1000W 白金全模
8.机箱：先马黑洞 PRO

按这篇帖子（http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=33296）的脚本和测试文件测了一下GMX的速度，系统是RockyLinux9.4, Cuda是12.8，gmx2024.5，个人感觉速度还不错。CPU满载60度，GPU满载80度。下面是测试结果。

perf.log (3.03 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

Yiolet · 发表于 Post on 2025-7-10 09:57:58

wbqdssl 发表于 2025-7-10 09:54
给一下我的配置你可以做参考，也是自费配的，打算拿来跑GMX，Gaussian。最后总价14100。
1.CPU：AMD Ryzen ...

谢谢老师的分享。

buxiang · 发表于 Post on 2025-7-10 10:34:11

个人建议单独买块ssd做系统盘。

tonganlhy · 发表于 Post on 2025-7-10 10:52:49

Yiolet 发表于 2025-7-10 09:43
谢谢老师的解答，我再去了解一下，我个人还是想配置好一点的显卡，因为算动力学可以用到GPU加速。

以目前的价钱和你的预算来看，4070 ti super是甜点显卡。再往上一档的甜点显卡5080你的预算就不够了。
高的可以参考ls帖子配，低一点的上7950X，内存也可以降到64G。SSD可以加一块。

Yiolet · 发表于 Post on 2025-7-10 15:04:53

了解了，感谢老师们的解答@buxiang @tonganlhy

David_R · 发表于 Post on 2025-7-11 23:20:20

I agree with all of the good advice in this thread.

wbqdssl gave a very suitable configuration which offers great value-for-money. I also can recommend replacing the 9950X with the 7950X to bring it more within the budget.

I also strongly recommend adding an NVMe drive as an OS/working drive. A good budget option would be a WD SN580 1 TB, which can be found for less than 500 RMB.

Yiolet · 发表于 Post on 2025-7-13 21:22:10

David_R 发表于 2025-7-11 23:20
I agree with all of the good advice in this thread.

wbqdssl gave a very suitable configuration wh ...

Thanks for your advice.

许正东 · 发表于 Post on 2025-7-26 18:52:43

buxiang 发表于 2025-7-10 10:34
个人建议单独买块ssd做系统盘。

老师好，请问老师，上面的这个配置。买多大的固态硬盘做系统盘呢？1T还是2T的呢

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