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[Amber] amber与gaussian连用跑QM/MM MD最小化出错

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发表于 2017-3-31 08:59:11 | 显示全部楼层 |阅读模式
如图所示这是哪里出错了,谢谢!
图1.png

min_qmmm.in

249 Bytes, 下载次数: 6

min_qmmm.log

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发表于 2017-3-31 10:11:58 | 显示全部楼层
咨询一下楼主,你是如何实现这个amber+gaussian做qm/mm的呢?
有梦想,才有实现。奋斗吧,骄傲的少年。

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 楼主| 发表于 2017-3-31 11:03:07 | 显示全部楼层
小范范1989 发表于 2017-3-31 10:11
咨询一下楼主,你是如何实现这个amber+gaussian做qm/mm的呢?

没有实现啊  第一步最小化都没有跑成功的

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发表于 2017-4-4 06:19:57 | 显示全部楼层
输出文件没报错啊,你确定程序已经停止运行?

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 楼主| 发表于 2017-4-4 14:15:14 | 显示全部楼层
agent99 发表于 2017-4-4 06:19
输出文件没报错啊,你确定程序已经停止运行?

确定已经停止运行了

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发表于 2017-4-5 02:14:38 | 显示全部楼层
15whyhq 发表于 2017-4-4 14:15
确定已经停止运行了

有没有生成Gaussian的输入文件和输出文件?如果有的话,里面有没有报错?

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 楼主| 发表于 2017-4-5 08:15:25 | 显示全部楼层
agent99 发表于 2017-4-5 02:14
有没有生成Gaussian的输入文件和输出文件?如果有的话,里面有没有报错?

没有生成输入输出文件
这是我按照amber12说明书写的模板文件,麻烦帮忙看看,有没有什么问题。谢谢

gau_job.tpl

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 楼主| 发表于 2017-5-3 21:15:56 | 显示全部楼层
在提交amber作业脚本里面加上高斯的脚本,为啥还是不能调用高斯呢?能帮忙看下这个脚本哪里还需要改吗?谢谢!

amber-g09.sh

949 Bytes, 下载次数: 0

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 楼主| 发表于 2017-5-3 21:41:20 | 显示全部楼层
这句话是什么意思呢?"executable must be in the path"  g09的什么可执行文件要在什么路径呢?谢谢!
amber-g09.png

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发表于 2017-5-4 11:19:31 | 显示全部楼层
15whyhq 发表于 2017-5-3 21:41
这句话是什么意思呢?"executable must be in the path"  g09的什么可执行文件要在什么路径呢?谢谢!

即直接用g09命令就可以调用g09,换句话说g09可执行文件的目录已经被纳入了PATH环境变量(不需要手动纳入,只要按照正规方式安装高斯,这自然而然就满足了)
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 楼主| 发表于 2017-5-4 16:13:57 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2017-5-4 11:19
即直接用g09命令就可以调用g09,换句话说g09可执行文件的目录已经被纳入了PATH环境变量(不需要手动纳入 ...

老师,g09命令是什么呢?谢谢!

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 楼主| 发表于 2017-5-4 17:20:53 | 显示全部楼层
amber12说明书里面的这句话说的如果不使用周期性边界条件,qmcut的值要大于 system size,在里的 system size指的是盒子的大小还是其他的呢?谢谢!
system size.png

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发表于 6 天前 | 显示全部楼层
就是看一下直接在终端输g09 xx.gjf是否能正常运行;如果不行就去添加gauss相关到环境变量
大于system size就是指的box size, 相当于不设cut,qmmm处理周期性体系比较费劲

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