公社群聊Q&A整理：2016.12.16 06 ~ 2016.12.20 06 Concate（含既往全文）

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2017-3-31 15:05:44

本帖最后由 liyuanhe211 于 2017-3-31 15:12 编辑

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十分欢迎一起校读聊天记录并发布：http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5208
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2016.12.16 05:12:23
Q:
sob老师怎么不做NLMO分析，我输入文件是照老师帖子http://sobereva.com/134写的
#blyp/DEF2SVP empiricaldispersion=gd3bj opt POP=NBOREAD
$NBO plot file=c:\NH2COH $END
A:
优化不要用BJ阻尼
你产生NBO plot文件时，就会自动做NLMO分析，以产生绘制NLMO所需的文件
瞎折腾折腾总能解决问题
----------------------------------------------------
2016.12.16 05:15:21
Q:
老师搜索出的团簇初始构型中，找出了能量最低的，是不是说明此构型是在反应中最有可能出现的，用它作为最终的产物可以吗？
这样的话有时候也不一定对是吗？
A:
考虑团簇具体形成过程，如果形成某个亚稳结构比较容易，之后又不容易自发转变到能量最低结构，那么亚稳状态也会有明显分布
哪种团簇构型自由能最低，只是从热力学上判断哪种最容易形成、最稳定的标准
Q:
老师那要找最后的反应物，该怎么确定就找对了呢
A:
看体系，看理论方法。跟这没直接关系
----------------------------------------------------
2016.12.16 05:16:18
Q:
三态的tdmat.txt中密度都是0，产生出来的图是白板
[图片]
[图片]
A:
有一定道理
Q:
although in principle the transition density matrix should be zero, the outputted matrix is not, because Multiwfn only takes space part of the MOs into account during constructing the matrix.
A:
别急着问
论坛里和群里在一个地方问就完了
还有，既然发了帖子就别论坛还PM了
----------------------------------------------------
2016.12.16 05:30:12
Q:
老师，我想问用multiwfn生成的cub文件得到这个图片[图片]我想把这个图片换成下面这样的[图片]我试了您刚才说的方法，没有成功，再问一下
谢谢
和下面的图片颜色一样的
A:
我说的做法一定行，你没改对而已
Q:
直接改cub文件就行？
A:
就是调个颜色，该什么cub
就是调个颜色，改什么cub
----------------------------------------------------
2016.12.16 05:32:29
Q:
老师，线性分子优化老是出错怎么回事，错误提示Error on Z-matrix card number 3
angle Alpha is outside the valid range of 0 to 180.
Conversion from Z-matrix to cartesian coordinates failed
A:
opt=cartesian
Sobereva(190258442) 21:32:41
opt=cartesian
Q:
因为是用内坐标的
嗯嗯，是的
高斯自动转换
A:
你优化时候用cartesian不就完了，跟你输入文件里坐标写得没半点关系
----------------------------------------------------
2016.12.16 05:32:51
Q:
sob老师，键的Mulliken重叠布居数输出结果里面哪里显示啊
A:
用multiwfn，主功能9，选项4计算Mulliken键级，就是Mulliken重叠布居数
----------------------------------------------------
2016.12.16 05:34:52
Q:
老师，您好。请问计算溶解自由能的时候有必要加上GD3校正么？
A:
用标准方式算溶解自由能，由于气相和溶剂下结构相同，加不加色散校正完全不会影响溶解自由能计算结果
----------------------------------------------------
2016.12.16 05:40:55
Q:
sob老师，在不想改基组的前提下，我直接把高角动量（h）删除了，还是出现一样的错误，要怎么修改，还是说这样做不可行？
A:
赝势基组得去了h，赝势也得去了h
Q:
赝势基组去了h，这句话不能理解
A:
去掉h角动量函数
Q:
·*L*· 2016/12/15 21:47:11
$DATA
GOLD
S 7
1 38.0008000 0.0200090
2 23.9725000 -0.1516790
3 15.2182000 0.3639600
4 5.5399900 -0.8213260
5 1.3855100 0.9366410
6 0.6424610 0.4235270
7 0.1564960 0.0162500
S 7
1 38.0008000 -0.0053040
2 23.9725000 0.0463180
3 15.2182000 -0.1199400
4 5.5399900 0.3040620
5 1.3855100 -0.4945010
6 0.6424610 -0.2555160
7 0.1564960 0.6091630
S 7
1 38.0008000 0.0323400
2 23.9725000 -0.1717620
3 15.2182000 0.3395030
4 5.5399900 -0.7461790
5 1.3855100 1.9174980
6 0.6424610 -1.1299310
7 0.1564960 -1.3662840
S 1
1 0.0549100 1.0000000
S 1
1 0.0193000 1.0000000
P 6
1 10.3092000 0.1282170
2 6.6276500 -0.3537900
3 1.6744700 0.5662110
4 0.8011160 0.4931710
5 0.3468790 0.1137750
6 0.1227010 0.0025340
P 6
1 10.3092000 -0.0358850
2 6.6276500 0.1028900
3 1.6744700 -0.2009880
4 0.8011160 -0.2010450
5 0.3468790 0.1165490
6 0.1227010 0.5949690
P 6
1 10.3092000 -0.0772420
2 6.6276500 0.2226110
3 1.6744700 -0.4953530
4 0.8011160 -0.3607470
5 0.3468790 0.7100000
6 0.1227010 0.5688390
P 1
1 0.0424280 1.0000000
P 1
1 0.0147000 1.0000000
D 5
1 11.0027000 0.0164670
2 6.8916600 -0.0680130
3 1.8080800 0.2994920
4 0.8210510 0.4543030
5 0.3441610 0.3442240
D 5
1 11.0027000 -0.0236280
2 6.8916600 0.0956720
3 1.8080800 -0.5412940
4 0.8210510 -0.3955330
5 0.3441610 0.6191650
D 1
1 0.1297430 1.0000000
D 1
1 0.0489000 1.0000000
F 1
1 0.8919000 1.0000000
F 1
1 0.3789000 1.0000000
$END
$ECP
AU-ECP GEN 60 5
1 ----- h-ul potential -----
0.0000000 2 1.0000000
2 ----- s-ul potential -----
426.6418670 2 13.5232180
36.8006680 2 6.2643840
4 ----- p-ul potential -----
87.0020910 2 11.4138670
174.0043700 2 10.3292150
8.8706100 2 5.7074240
17.9024380 2 4.8281650
4 ----- d-ul potential -----
49.8836550 2 7.4309630
74.6845490 2 8.3219900
6.4862270 2 4.6096420
9.5468210 2 3.5115070
2 ----- f-ul potential -----
8.7916400 2 3.0846390
11.6584560 2 3.0247430
2 ----- g-ul potential -----
-5.2343370 2 3.9784420
-6.7381420 2 4.0114910
$END
sob老师，我的赝势基组是这个
请教怎么改
A:
自旋多重度改成2
Q:
$DATA
GOLD
S 7
1 38.0008000 0.0200090
2 23.9725000 -0.1516790
3 15.2182000 0.3639600
4 5.5399900 -0.8213260
5 1.3855100 0.9366410
6 0.6424610 0.4235270
7 0.1564960 0.0162500
S 7
1 38.0008000 -0.0053040
2 23.9725000 0.0463180
3 15.2182000 -0.1199400
4 5.5399900 0.3040620
5 1.3855100 -0.4945010
6 0.6424610 -0.2555160
7 0.1564960 0.6091630
S 7
1 38.0008000 0.0323400
2 23.9725000 -0.1717620
3 15.2182000 0.3395030
4 5.5399900 -0.7461790
5 1.3855100 1.9174980
6 0.6424610 -1.1299310
7 0.1564960 -1.3662840
S 1
1 0.0549100 1.0000000
S 1
1 0.0193000 1.0000000
P 6
1 10.3092000 0.1282170
2 6.6276500 -0.3537900
3 1.6744700 0.5662110
4 0.8011160 0.4931710
5 0.3468790 0.1137750
6 0.1227010 0.0025340
P 6
1 10.3092000 -0.0358850
2 6.6276500 0.1028900
3 1.6744700 -0.2009880
4 0.8011160 -0.2010450
5 0.3468790 0.1165490
6 0.1227010 0.5949690
P 6
1 10.3092000 -0.0772420
2 6.6276500 0.2226110
3 1.6744700 -0.4953530
4 0.8011160 -0.3607470
5 0.3468790 0.7100000
6 0.1227010 0.5688390
P 1
1 0.0424280 1.0000000
P 1
1 0.0147000 1.0000000
D 5
1 11.0027000 0.0164670
2 6.8916600 -0.0680130
3 1.8080800 0.2994920
4 0.8210510 0.4543030
5 0.3441610 0.3442240
D 5
1 11.0027000 -0.0236280
2 6.8916600 0.0956720
3 1.8080800 -0.5412940
4 0.8210510 -0.3955330
5 0.3441610 0.6191650
D 1
1 0.1297430 1.0000000
D 1
1 0.0489000 1.0000000
F 1
1 0.8919000 1.0000000
F 1
1 0.3789000 1.0000000
$END
$ECP
AU-ECP GEN 60 5
1 ----- h-ul potential -----
0.0000000 2 1.0000000
2 ----- s-ul potential -----
426.6418670 2 13.5232180
36.8006680 2 6.2643840
4 ----- p-ul potential -----
87.0020910 2 11.4138670
174.0043700 2 10.3292150
8.8706100 2 5.7074240
17.9024380 2 4.8281650
4 ----- d-ul potential -----
49.8836550 2 7.4309630
74.6845490 2 8.3219900
6.4862270 2 4.6096420
9.5468210 2 3.5115070
2 ----- f-ul potential -----
8.7916400 2 3.0846390
11.6584560 2 3.0247430
2 ----- g-ul potential -----
-5.2343370 2 3.9784420
-6.7381420 2 4.0114910
$END
A:
不要贴大量信息，刷屏得厉害！
Q:
哦，不好意思
A:
1 ----- h-ul potential -----
0.0000000 2 1.0000000
明明有h
仔细看完博文再问
Q:
我就是改了这里
可是还是出错了
所以来请教怎么改
这个基组是没改之前的，所以有h
A:
就是不看博文！
A:
仔细看此文第5节
赝势的函数形式以及在量子化学程序中定义的方式
http://sobereva.com/188
----------------------------------------------------
2016.12.16 05:42:18
Q:
老师高斯输出A是键角 D是二面角 L是啥
A:
linear bend
----------------------------------------------------
2016.12.16 05:58:55
Q:
多重度=孤电子数+1，对吗？
自旋多重度。
A:
自旋多重度=alpha电子-beta电子+1
你那种定义是错误的
凡是说自旋多重度=单电子数+1的都是菜鸟，殊不知双自由基、反铁磁性耦合的情况
----------------------------------------------------
2016.12.16 16:54:57
Q:
[图片]请问老师，按照手册发现最后什么都没有，（文件是计算稳定结构的sp，pop=full）
A:
一次输一个
Q:
好的谢谢老师
A:
按照提示，返回
----------------------------------------------------
2016.12.16 16:57:11
Q:
请教一个关于消去负频的问题，opt正常结束，频率计算发现一个 -22的负频，把负频坐标乘1/10加到稳定坐标后，负频没有消去。
然后重新计算OPT，加上 tight ultrafine，在Freq，负频居然变成三个，而且都没收敛，崩溃了，诸位高手，该如何办啊，
再问一下，如果opt时，加了ultrafine，Freq时，要不要加
A:
opt加了freq必须加
calcall
如果用了D3BJ，改成零阻尼
Q:
谢谢Sob, 您是说opt加了ultrafine，freq必须加 calcall吗，freq不用再写ultrafine吧
A:
calcall是指对于opt的
跟ultrafine两码事
Q:
格点数量要统一
A:
opt用了ultrafine时freq就必须用，否则势能面不对应
Q:
谢谢了，明白了
opt时，加calcall，我实在用不起，太耗时了，如果opt加calcall能收敛，就不用freq了
谢谢，加calcall我怕一个迭代就要一天多，再在耗不起
----------------------------------------------------
2016.12.16 17:01:44
Q:
老师，输入一个后，发现没有菜单选项了，如何才能查看轨道图
没有提示
[图片]
只有这个就结束了
A:
前头有提示啊
刚一进此界面的时候
Q:
好的谢谢老师
A:
不可能每次输完一个命令还重新都显示一遍操作提示
----------------------------------------------------
2016.12.16 17:21:26
Q:
老师们，请教一个问题，我计算的体系可能在单三重态都能进行，最近找的三重态的过渡态有些怎么跑IRC的时候自己就跑到单重态的反应物和产物的复合结构上去了，这个正常吗？可能是什么原因导致的呢？多谢了
A:
说明单、三重态的复合物结构差不多
Q:
谢谢老师，那这能不能说肯定存在着势能面交叉的情况呢？
A:
无法判断是否在复合物到TS之间存在交叉，对比一下单、三重态的IRC有助于判断
----------------------------------------------------
2016.12.16 17:24:24
Q:
请问老师，对线性分子键长柔性扫描，opt=z-matrix直接报错（转换内坐标错误），改为op=cartesian或modredundant之后能正常结束，但只得到一个稳定点，这是怎么回事啊，谢谢@Sobereva
A:
opt=cartesian根本不可能做柔性扫描，只有内坐标和冗余内坐标下才能做
Q:
那是不是这个线性分子不能柔性扫描了？刚性扫描的话没问题
A:
恰当设定可以扫
Q:
那需要设置啥参数啊，因为它会出现转换内坐标错误，键角超过180
A:
如果一开始结构里有个直线的倒没事
导致报错主要是一开始某些内坐标涉及的原子不在直线上，而中途排成了直线
一开始就是直线的情况，高斯会自动添加linear bend，使之能在内坐标下正常描述
键角哪来的超过180
Q:
是这个错误，而且它初始构型就是线性的Error on Z-matrix card number 3 angle Alpha is outside the valid range of 0 to 180.
Conversion from Z-matrix to cartesian coordinates failed
A:
没具体文件没法说
柔性扫描每一步就是限制性优化，手动做限制性优化，届时处理手段更多
----------------------------------------------------
2016.12.16 17:24:24
Q:
高斯09做NBO分析到这一步任务就退出来了，也没有提示错误，哪位遇到过帮忙指点下啊NATURAL LOCALIZED MOLECULAR ORBITAL (NLMO) ANALYSIS:
NLMO: NTime= 10000 OffTop= 8.68D-03 Done= 1.00D-06
NLMO: NTime= 20000 OffTop= 3.30D-03 Done= 1.00D-06
A:
甭产生NBO plot文件就完了，要么产生.47文件尝试用更新的NBO版本产生NBO plot文件
----------------------------------------------------
2016.12.16 17:32:12
Q:
我们找的过渡态一般是对应一对键的断裂与生成，请问过渡态能否对应多对键的断裂与生成呢？
A:
可以
----------------------------------------------------
2016.12.16 17:34:20
Q:
老师，我的orca计算算一段时间就断了，是怎么回事，没有提示aborting the run。[图片][图片]
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.12.16 17:46:17
Q:
老师，我算的机理中有些吸附过程是吸热的，但审稿人说吸附过程应该是放热的，我应该怎么解释呢，谢谢老师。
A:
先仔细检验计算流程的合理性以及所用计算级别合适
Q:
就是检查所用的泛函和基组是不是合适？
A:
后半句话说的是这个
Q:
计算流程是指？
A:
优化、做振动分析、使用频率校正因子、数据读取等等
避免低级的出现错误
Q:
这些应该是没有问题
能不能从焓变角度解释？
如果反应热大于0，说明是吸热过程
A:
deltaH>0：吸热
----------------------------------------------------
2016.12.16 18:09:31
Q:
老师，我计算溶剂条件下的吉布斯自由能变，是freq时，加Scrf，然后直接读取Sum of electronic and thermal Free Energies。就是溶剂条件下的G吗？
A:
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
----------------------------------------------------
2016.12.16 18:16:26
Q:
请教大家一个问题，我之前一直用的是gaussian03的windows版本，很正常，没出过问题，但是现在安装上[图片]的windows版本后，一直出现下面问题，请教大家这是什么原因呢？谢谢!
[图片]
A:
如果装了山寨安全程序全都关掉
360之流垃圾程序有时会阻碍高斯运行
----------------------------------------------------
2016.12.16 18:18:34
Q:
求助好心的高人：请问分子的摩尔折射率，油水分配系数，分子体积，这三个参数如何从高斯计算中得出？还有，分子轨道中原子的贡献比例是如何从高斯计算中得出？
A:
字号不要超过12
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
谈谈分子体积的计算
http://sobereva.com/102
----------------------------------------------------
2016.12.16 18:20:25
Q:
求问老师们，我在网上看到这句话不知道是否正确
对于能量来说,-10左右的虚频影响很小,能量误差在0.0001数量级(原子单位),
A:
这种说法根本没意义，误人子弟，因为哪可能事先实际振动频率该是多少、有虚频的结果和真实结果差多少？
Q:
就是说即使对于能量来讲，有虚频与没虚频还是可能会相差很多
A:
对
Q:
我现在想比较A-B与A-C两个体系之间的能量差异，A-B优化计算后无虚频，但是A-C这个体系计算后有两个虚频，如果我在A-C体系加了opt=tight与int=ultrafine，而A-B只是在opt关键字下优化计算的能量就没办法对比了吧
感谢sob老师的耐心回答[表情]
A:
A-B再用ultrafine算个单点
----------------------------------------------------
2016.12.16 18:39:30
Q:
老师，柔性扫描写两个变量的时候，是协同进行还是分步进行啊
用gv查看感觉是分步的
A:
分
----------------------------------------------------
2016.12.16 19:57:56
Q:
Geometries were optimized and characterized by frequency analysis calculations to be minima or transition states (TSs) at B3LYP/BSI level in the gas phase, where BSI denotes a basis set combining SDD for palladium and 6-31G(d,p) for nonmetal atoms. 老师，您好，我想请教一下如何根据这一句话写出高斯输入文件中的执行路径哦？
A:
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
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2016.12.16 20:09:59
Q:
请问Sob老师，如何单独设置一个带电荷的离子？例如Na+@Sobereva
A:
没法设
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2016.12.16 20:15:33
Q:
linux 下怎么查intel mkl数学库安装了没有，各位老师
A:
[图片]
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2016.12.16 20:17:46
Q:
有个困惑，用oniom方法时，MM区一个H原子与QM区一个O原子形成了一根氢键，使用机械嵌入时，这根氢键的作用能体现出来吗？
A:
只要原子电荷设定合适就可以体现
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2016.12.16 20:54:29
Q:
各位老师，请问casscf（19，12）计算时，需要去选择这12个轨道还是直接在输入文件中这样cas（12，19）就可以了让程序自己选12个轨道？
A:
程序要能自动选对就爽死了
Q:
老师，请问这种人选择轨道的输入文件的如何写？有贴子吗？
A:
exploring书里有简单例子
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2016.12.16 21:28:13
Q:
各位老师，这个是什么意思呢[图片]
A:
硬盘不够了
这种体系优化算频率时加弥散纯粹瞎糟蹋计算资源
清理scratch目录，去了弥散重算
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2016.12.16 21:46:41
Q:
请教一下老师，orca计算时，产生十几二十个临时文件，读写这些文件是不是耗时，有没有办法不读写临时文件呢，是加direct关键词么
A:
本来就会产生
本来SCF也默认的是direct
是否会大量读写看具体问题
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2016.12.16 21:57:56
Q:
[图片]AICD -p 180000 -pov -b 0 0 1 -m 4
请教一下老师出现上图不清晰状况是什么原因？
A:
povray里分辨率设得太低
Q:
AICD -p 180000 -pov -b 0 0 1 -m 4
A:
启动povray在里头设，没说你命令行错
Q:
请问老师设置在哪个位置？
A:
渲染之前不得先启动povray
界面里仔细看一圈自然就找到了
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2016.12.16 22:32:37
Q:
SOB，请问在做溶剂化计算时高斯怎么调用UAHF半径
A:
scrf=read
末尾空一行写radii=UAHF
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2016.12.16 22:32:37
Q:
老师，gaussview里不能显示电荷量是什么原因呀？[图片]
A:
g09修订版太新，gview认不出来
Q:
我装的是上次培训给的两个，笔记本上就没有这个问题
A:
详见此帖http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1488
Q:
好的，谢谢老师
A:
D.01版改了格式，gview5.0.9读取不了电荷
Q:
好的，我就是用的这两个版本，可能培训的时候没有注意到这个问题
那这种情况是不是只能从输出文件中读取了
A:
y
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2016.12.16 22:35:27
Q:
请问Sob老师 gview 能做到固定原子的序号不变吗我想要把分子切割成片段再组合起来序号不能变如果gview做不到您知道有什么软件能做到吗？
A:
D.01版改了格式，gview5.0.9读取不了电荷
Q:
用ATB 在线生成拓扑文件如果原子数量大于40 需要拆分分子您是怎么做到合并时序号不变的呢？
A:
自己写个程序，建立个映射关系
Q:
噢好的谢谢看来没别的办法了只能自己动手了[表情]
我暂时想了个办法把要拆分掉的部分原子替换成Bq了但是优化的适合总是不收敛不知道是不是有影响
是呀我想把两个片段单独优化后再组合到一起
虚原子优化后就没有了剩下的原子序号还是变了
就用bq 优化后没变序号
A:
你应该用虚原子X而不是Bq
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2016.12.16 22:38:25
Q:
如果用SMD模型算溶解自由能的话，就不用调用什么半径而是直接M062x/6-31G* SCRF=(SMD,Solvent=XX)了吧
A:
M052X
y
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2016.12.16 22:49:14
Q:
sob老师NBO6.O算的小分子Multiwfn能打开，而大分子的打开的时候就会自动退出来
A:
在命令行下启动multiwfn并读取，看最后的提示。如果说内存不足，用linux版multiwfn
Q:
[图片]
sob老师这个是提示错误
http://url.cn/42Z5PHC
A:
8成是.37文件有毛病。文本编辑器打开查看是否有诸如一堆星号的情况
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2016.12.16 23:03:32
Q:
老师们，大神们请问一下，买DVD刻录数据要买哪种的比较好啊
A:
先锋 DVR-221CHV ，125
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2016.12.16 23:20:26
Q:
老师您好！我请教一个问题。我在优化一个过渡金属和一个碳酸酯类分子的相互作用，发现很奇怪的现象。[图片]这是截图，我也把结构也发上来。
A:
要么初始结构不合理，要么用赝势基组的时候没定赝势
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2016.12.16 23:49:36
Q:
前辈，请教一下
[图片]
1.这个分子我想分解氢键1-2...3的能量，所以我把它分成了两个片段，H2单独是一个片段，剩下的结构看成一个片段这样可以么
2.[图片]Mulitifwn手册这一块，是不是两个片段的电荷以及多重度也得改了
A:
这种体系没法严格按照片段计算来分解，只能用BCP的势能密度除以2来估计氢键键能。例如看此文
Struct Chem (2014) 25:1521–1533
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2016.12.17 00:36:06
Q:
对了，gromos力场对分子有分块，分块一般原则是什么？
A:
那叫charge group。一般不超过4个原子，每个charge group内的总电荷为整数。这使得原子电荷便于在不同分子间移植，也降低cutoff方式计算静电作用的误差
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2016.12.17 02:52:24
Q:
各位前辈好！能不能请教一个问题：我想做一个同位素校正，即把47号氢换成D，看能量如何变化，但是出错了， Recover connectivity data from disk.
Failed to get reasonable mass for atom 1 atomic number 22
Known masses for this element are:
Unrecognized atomic mass.
Error termination via Lnk1e in /bin/g09d01/l101.exe at Fri Dec 16 18:18:20 2016.
Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 3.3 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 5 Int= 0 D2E= 0 Chk= 24 Scr= 1
Error: segmentation violation
输入文件为# B3LYP/6-31G** Freq(ReadIso,ReadFC) Geom=Check Test
alkene_3
0 1
298.15 1.0
22
7
6
6
6
6
6
1
1
1
1
1
6
6
6
6
6
6
1
1
1
1
1
17
17
6
7
6
6
1
1
6
1
1
6
6
6
1
1
6
1
1
6
1
1
1
2
1
1
6
6
1
1
1
1
@【传说】卖萌君前辈您好！我想把氢换成D，该怎么办呀？
谢谢【传说】卖萌君前辈
A:
较多信息不要一次贴出来，会刷屏
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2016.12.17 03:10:50
Q:
老师，对称性破缺算法只能应用于单重态吗？
老师，一个可能有三种以上包括三种自旋态的体系，除了最低自旋态单重态其他不用对称破缺计算，那就直接指定整个分子自旋进行优化计算就行了？
比如一个体系有可能有0,1,2三种自旋态
就分别对自旋多重度1,2,3优化计算，其中单重态用对称性破缺态方法，双重态和三重态直接普通方法
A:
不是单重态时波函数必然是对称破缺的，无所谓去计算对称破缺态
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2016.12.17 03:44:25
Q:
老师，怎么计算均裂的键解离自由能（BDFE）呢？@Sobereva
A:
用所有片段的自由能减去分子的自由能
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2016.12.17 04:03:13
Q:
老师，0.05>sign(λ2)ρ>0是否可以认为该区域为斥力作用主导？谢谢老师
A:
不能从0开始算，0附近一小部分区域都算色散作用。明显大于0才算互斥
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2016.12.17 04:08:09
Q:
[图片]老师，我用PSI4算能量分解的时候，还没有算完作业就跳出来了，而且不报错，这是结果文件的最末尾，没有输出最后能量分解的结果。想问一下，这可能是什么原因造成的。我的内存空间是2T，足够存储中间文件了
A:
你先算个小体系比如水二聚体。我没碰见过
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2016.12.17 05:13:30
Q:
[图片] 请问 Total Bot 和Total v=0这两个全配分函数有什么区别呢？看了这个还是没太明白，在用过渡态理论计算反应速率常数时用的是哪个呢？
看了sob老师的帖子，我的问题已经解决啦[表情]
A:
基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格
http://sobereva.com/310
注意看里头的注释
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2016.12.17 06:37:24
Q:
高斯支持用TDA寻找激发态的过渡态吗？支持解析的Hessian吗
A:
支持找过渡态，不支持解析hessian
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2016.12.17 08:49:49
Q:
请问ISC速率常数很大是否必然导致磷光速率常数大？
A:
应该没有必然性
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2016.12.17 08:49:49
Q:
请教一下，opt迭代了90多次，收敛标准都没有一个YES，是不是不太正常，用了tightscf，slowconv
A:
如果从吸收后的FC态结构变化到极小点过程中经历交叉点，而且转换速率较大的话，那就不发光了
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2016.12.17 13:07:41
Q:
请问orca 里辅助基组是不是基于TURBOMOLE basis set library
只要能查到相关元素的jbase就可以用?
A:
不能用
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2016.12.17 14:51:43
Q:
明白，谢谢老师[表情]，用对称性破缺方法拆分片段初猜波函数的时候，算法和基组必须要和计算单点的时候一样吗？还是可以像优化一样降低一点标准？
A:
可以降，但没这个必要
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2016.12.17 16:29:15
Q:
请问老师，我用b3lyp优化再+d3+gcp校正得到o-o键断裂的势垒在15kcal/mol，但我用m06,m062x,wb97xd验证时发现他们计算的势垒增加了10到25kcal/mol，这是不是说明我用b3lyp的结果没有说服力，这种情况我怎么处理呢？实验在室温下反应
我重新优化计算的
A:
以M062x为准
如果怀疑，用其优化的结构再用双杂化算个单点
Q:
谢谢老师，m062x得到的结构o-o键长比其他的长，势垒也是最高的，但这条路径符合实验现象，所以b3lyp的结果符合实验，按照m062x结果就说明还存在其他反应路径，但我基本都排除了，
那我算一下单点确认一下，谢谢您了
A:
用双杂化进一步检验
B3LYP更好也许只是巧合
有机反应一般都是M062X明显好于B3LYP
Q:
不是o2 o(∩_∩)o
cu-ooh里的o-o键
A:
cu是铜？
Q:
那我用双杂化算单点，用哪个结构呢？b3lyp 还是m062x呢？
嗯，是Cu
A:
那肯定不适合M062X，还以为你说有机体系
Q:
我用手机发，打字慢抱歉老师
A:
BP86、B3LYP、M06这三个之间比
Q:
是过渡金属配合物
好的，谢谢老师，我再比一下
A:
如果结构相差不大，用哪个结构算双杂化单点都可以
不过既然体系这么小，干脆直接CCSD(T)/cc-pVTZ单点，优化也可以用双杂化
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2016.12.17 16:33:06
Q:
老师，双杂化算法您比较推荐哪个？
A:
里面提及了
Gaussian中非内置的理论方法和泛函的用法
http://sobereva.com/344
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2016.12.17 16:43:45
Q:
嗯嗯，好的
算过渡态金属的，我就喜欢用BP86了..一直用.
A:
老当益壮
Q:
社长，QMC方法在计算固体和分子体系里会不会很有前景呢.. 你怎么看..
A:
不怎么看好
Q:
为啥呢..
计算量太大吗.。
现在看简介说能处理几价电子的体系.。
几百个
A:
恩
而且发展时间也挺长了，到现在没体现出多少实用性，所以以后估计也没什么发展，也就是停留在灌灌论文上
约化密度矩阵等一些方法也是这样的局面
Q:
明年有个summer school.. 我还想去学习学习呢..
A:
闲暇时候了解了解、玩玩还成，专攻我看就算了
----------------------------------------------------
2016.12.17 17:25:26
Q:
[图片]
麻烦老师能给看一下这个提示是哪里的问题吗？
A:
基组没极化函数
Q:
用的赝势基组
lanl2dz
A:
给S用什么lanl2dz，莫名其妙
结果烂到爆
Q:
因为体系中有金电极就用了赝势基组
A:
给金用就完了，干嘛给S用
Q:
s有什么特别的地方吗？
A:
算S哪有不带极化函数的！
这跟你用6-31G一样，立马被审稿人打回去
而且结果比6-31G还烂
----------------------------------------------------
2016.12.17 17:39:39
Q:
小体系没有问题，都能算过去，这次算的是200个原子的体系
A:
200原子做SAPT估计没戏，即便是SAPT0
Q:
啊，那有什么命令可以让它不产生那么多中间文件而最后能算出来结果的么
A:
哪可能有
----------------------------------------------------
2016.12.17 18:02:20
Q:
老师请问这样[图片]的分析怎么做呢有没有网址或者资料可以看一下[图片]
A:
pop=NBO
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2016.12.17 18:16:47
Q:
老师，请问一下。用高斯关键词Freq计算出的是简谐振动，那么，非简谐振动怎么计算？[表情]非简谐振动可以用高斯算吗？
A:
freq=anharmonic
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2016.12.17 19:08:42
Q:
老师，我在真空条件下opt完成后，以收敛的构型做freq时，加上了scrf，这样做对不对？是不是可能导致出现虚频
A:
不对
Q:
不能加是吧，只能把opt改为freq就可以了，别的改动，都不行，会影响是吧
我想看，溶剂条件下的热力学数据，吉布斯自由能
看了sob的帖子，不是这样做的
OA:
溶质在溶剂环境下标况（298.15K、1M）时的自由能 = 溶质在1atm气相下的自由能 + 直接通过隐式溶剂模型计算的溶解自由能（始末都是1M） + 1.89kcal/mol（标况下1atm->1M自由能变）
而溶解自由能(solvation free energy)就等于在溶剂模型下计算的单点能减去气相下计算的单点能
拷贝sob帖子里的话
现在的理解是，气相条件下做个Freq得到自由能+ （溶剂条件下单点能减去气相计算单点能）+1.89kcal/mol，这样对吧
A:
y
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2016.12.17 19:10:00
Q:
[图片]老师蓝色的图显示了一半调节哪个值能显示全的
A:
multiwfn设定格点数据那一步设大延展距离
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2016.12.17 19:29:11
Q:
Bader电荷分析，是否就是mulliken?
还是hirchfeld?esp?
A:
是指AIM分析
AIM是bader提出的
Q:
不知道MS中可有这个办法
A:
没有
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2016.12.17 21:15:50
Q:
[图片]
请教一下,用ORCA优化,100个原子,1000个basis functions,用了200步收敛,但是里面很多warning,不知道什么意思
A:
不用管，没事
----------------------------------------------------
2016.12.17 21:16:19
Q:
请问公社专用的阿里云邮箱如何绕过手机验证啊？
A:
索引那个文档一开头不就写了
Q:
sob老师，找不到阿里云邮箱客户端，不知道怎么弄
A:
搜
Q:
全是手机版的
A:
就用呗
Q:
手机能登录，电脑还是不行啊
A:
给阿里云客服发邮件呼吁开发电脑版
Q:
手机上字太小了，看不清
A:
自己想办法
----------------------------------------------------
2016.12.17 21:33:24
Q:
老师，能用DMOL3
算电子密度差分图嘛？
A:
用dmol3分别算出来两个情况的电子密度的.grd文件，用Multiwfn的主功能13求差值，然后可以绘制出来
----------------------------------------------------
2016.12.17 21:43:39
Q:
请问，在gaff力场里，羰基C的原子类型是什么？
A:
第一个
[图片]
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2016.12.17 21:59:18
Q:
请问各位大大ACR是什么期刊的缩写啊？
A:
account of chemical research
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2016.12.18 00:05:35
Q:
老师，我有一个问题想请教一下，我想分析一个分子的氧化反应或还原反应趋向，我看它是易于得电子还是失去电子，我计算电离势或电子亲和势可以吗？
A:
可
----------------------------------------------------
2016.12.18 00:52:56
Q:
老师，我想问下以下不能正常输出，这是输入文件和输出文件，关键词里已经加了opt=cartesian,应该怎么改呢？谢谢。[图片][图片]
A:
写EF干嘛
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2016.12.18 02:58:36
Q:
[图片]
老师怎么才能得出那个值是60，能显示出来吗
A:
pop=NBO
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2016.12.18 03:22:37
Q:
# opt td rb3lyp/6-311++g(d,p) int=ultrafine
Inaccurate quadrature in CalDSu.
请问高手们这是什么原因呢？
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.12.18 03:28:30
Q:
[图片]
请问这个错误产生的原因是什么？
A:
没完整的输出文件没法判断
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2016.12.18 04:28:14
Q:
请问群里面有做OLED的领域的吗？我想请问下对于OLED电子传输中What is the role of eh vibrations subsystem in the carrier transport?请问这个是怎么回事？
A:
字号不要超过12
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2016.12.18 04:56:33
Q:
Using NR instead of RFO step for point 1. 什么意思？
A:
不用管。用牛顿法代替RFO法做第一个点
----------------------------------------------------
2016.12.18 05:01:23
Q:
老师，请问我看到文献中有使用formal charge方法做电子密度差图，这种方法是否合理？
A:
根本没这种说法，形式电荷怎么可能用来做密度差图，最基本逻辑都说不通，只能对每个原子求差值而已
----------------------------------------------------
2016.12.18 05:40:43
Q:
各位老师，请教一下过渡态的问题，请问过渡态是否应该考虑激发态的问题？什么时候应该考虑？如果我做的柔性扫描，发现有一段能量曲线非常平缓，虽然算不上能量的极大值点，但是受力值是极小值点，这种情况有可能是过渡态吗？多谢老师@Sobereva
自旋多重度错误了，电子数是奇数，多重度不可能为1的
A:
不用考虑
超过某个点突然柔性扫描的能量降下来才有可能是过渡态初猜结构，看具体结构判断
----------------------------------------------------
2016.12.18 08:33:13
Q:
非常感谢老师的回答 , 目前已经试了几个，
int=ultrafine， Inaccurate quadrature in CalDSu.
SCF=novaracc, Inaccurate quadrature in CalDSu.
guess=INDO， Unable to match L and R vectors in BiOrth.
正在试最后一个，不过不太敢相信结果，呵呵。因为报错不一样，所以不知道是不是同一个原因（积分精度不够）造成的。还请老师指教。
A:
若无特殊必要，去掉弥散
若还不行，具体问题具体分析，对前两种情况都传输出文件
----------------------------------------------------
2016.12.18 08:57:18
Q:
老师，我的分子里有N和S，有孤对电子，您看弥散是否能保留？或者改成# opt td rb3lyp/6-311+g(d,p)，是否可行？@Sobereva
嗯，谢谢老师！那可能是我理解有误，因为这是我在书上看到的
[图片]
可能是因为我的分子带的负电荷不是很强
A:
孤对电子根本不需要弥散函数，很多资料里净乱说。这里才是正确的：
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119
----------------------------------------------------
2016.12.18 16:28:08
Q:
[图片]
各位大神，这个报错是怎么回事啊？
A:
[图片]
Q:
明白了，谢谢卢老师！
老师，
这个是我的输出文件，您看一下，我没有找出出错的原因
A:
提示很清楚，chk原本不存在，没法从里读取数据
[图片]
去掉scf=(maxcyc=500)这么恶心的关键词
----------------------------------------------------
2016.12.18 23:07:24
Q:
为什么我用高斯做频率计算加了p但是输出文件没有笛卡尔坐标的力常数矩阵
加什么啊
A:
参考
基于fch中的Hessian矩阵计算振动频率的简单程序Hess2freq
http://sobereva.com/328
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2016.12.18 23:15:05
Q:
双路主板linux系统运行高斯为什么cpu只占50%不到… 提交两个任务才能cpu占满…[表情]
36核72线程设置的processors=72
没懂意思…
……好尴尬… 早知道就买刀片服务器了…16核每节点
A:
36物理核心72逻辑核心，你用36线程并行显然最多只能占50%（假设所有逻辑核心全部占满对应100%）
----------------------------------------------------
2016.12.18 23:21:47
Q:
[图片]
请问老师，这个错误应该怎么解决，谢谢
请问老师，我对激发态进行扫描看它在不同二面角下的发射结果，这种做法可行吗
嗯嗯，是的，老师，我就是要看它能量的变[表情]
老师，是这样的，我先固定一个二面角激发，然后对激发态的不同二面角进行扫描，想看随着不同二面角的变化能量相应的变化，主要是为了看不用二面角下电荷的转移情况
但是我在tddft时已经使用了gediis了，gdiis会更好吗？
A:
可行
有时更好
----------------------------------------------------
2016.12.18 23:35:56
Q:
请问做SDF时，如何用vmd只显示中心原子周围的那一份部分，而不是像下图一样显示的很乱[图片]
A:
用Multiwfn主功能13的选项13把cube文件距离指定原子较远的区域的数值设成很小的值，这样显示等值面的时候就显示不出那部分了
不是格点精度的事。
----------------------------------------------------
2016.12.19 02:19:08
Q:
[图片]对于这种情况下寻找过渡态不收敛的情况，有什么好的建议吗？我是用tddft寻找S1的过渡态，所以calcall不能用了~
A:
gdiis
减小步长上限
----------------------------------------------------
2016.12.19 02:26:46
Q:
激发态为何还有HOMO LUMO
A:
HOMO、LUMO是对基态而言的，除非SCF方式算的激发态才会对激发态优化轨道
----------------------------------------------------
2016.12.19 02:35:23
Q:
[图片]
我用的是72呀… 也还是50%
不过看了高斯并行效率 36和72应该相差不远…
A:
你用72的效率比36往往不增反降，毫无意义
有多少物理核心最多只适合分配多少nproc
Q:
嗯嗯谢谢sob
A:
仍然50%左右必然是资源竞争之类导致CPU没法充分利用
Q:
我现在改为procshared=18 群里老师说超过18之后效率提高并不多
A:
除非有多个任务要跑，否则一次利用上全部物理核心速度还是会比18提升不少
----------------------------------------------------
2016.12.19 03:45:39
Q:
[图片]老师 Cl-和-COOH之间是形成氢键吗，GV里面Cl-和H之间没有键[图片]，而现在出现了键连接还有深蓝略带红色是什么原因呢？
怎么是个环呢
A:
这里说了
用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/291
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2016.12.19 03:56:47
Q:
老师，如果我先激发以后在扫描这样做对吗，还是按老师的说法扫描时加td?
A:
根本意义不明，说清楚用的什么关键词
什么叫先激发，根本没法这么说
Q:
老师，是这样，我先在基态的结构下做了td，然后用得到的结构做了扫描
A:
扫描时候加td就是对激发态势能面扫描，不加td依然是对基态势能面扫描
----------------------------------------------------
2016.12.19 04:17:59
Q:
好的我试试谢谢@Sobereva
老师，我按您说的选择主功能13选项13 做的这一不总是闪退[图片]，您知道是怎么回事吗
A:
没按要求的格式写atmlist.txt
Q:
您有模板吗能不能给我一个
A:
[图片]
Q:
好的谢谢我试试@Sobereva
不好意思，老师，我想问你一下，根据cube文件，利用multiwfn能做出下面那样的图吗？因为我对multiwfn不是很熟。[图片]@Sobereva
A:
不能。用multiwfn修改格点数据后导出cube，再用VMD显示
例子参考
使用Multiwfn研究分子动力学中的弱相互作用
http://sobereva.com/186
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2016.12.19 05:01:38
Q:
sob老师，我的IRC计算出来的结构是想要的，一个到了产物，一个到了吸附态，可是到了吸附态的优化之后错误结束，l9999错误，不收敛，我应该怎样改进我的输入文件呢
我的优化输入文件是# opt=maxcycle=1000 freq b3lyp/6-31g* geom=connectivity gfinput
A:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
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2016.12.19 06:35:53
Q:
[图片]
[图片]
这个貌似是一个gmx的界面软件
A:
我本科时候写过个简单的gmx界面帮助构建输入文件，不过没发布
[图片]
Q:
用什么语言写的，牛[表情]
写界面感觉很蛋疼。。
A:
MFC
Q:
以前用vb做过小东西
上面关于模拟的视频很多
MFC框架比较蛋痛
vb比较简单
VB做界面感觉比MFC简单
A:
VB高中生都能用
Q:
是的
vb.net功能也很强大
在linux写界面的话，qt不错
A:
是的
Q:
就是有点难
fortran写界面效果不好
MFC现在用的不多了把
C++很不错
A:
简单的界面用fortran+dislin也能应付
Q:
嗯嗯
量化程序感觉不需要界面。。
做界面很麻烦
感觉群主全能[表情]
OA:
+1
A:
MFC基本都忘光了，以后要做跨平台GUI程序打算就用Qt了
Q:
[表情]
MFC貌似入门简单，但是做好也不容易啊
QT，貌似MAPS就是QT注意的
linux下很多著名的软件都是qt做的
QT是一个多平台开发的环境吧
qt界面设计有些类似vb.net，不过一直没仔细研究
WIN下配置有点问题
A:
gview就是Qt做的
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2016.12.19 07:20:34
Q:
想问下大家，计算tddft不收敛时，大家如何处理的
A:
看是scf还是davidson迭代不收敛
Q:
scf不收敛
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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2016.12.19 16:49:16
Q:
如果当前空间下casscf震荡没收敛迹象可以说明当前的空间不合适？
A:
没有必然关系，没准换了其它程序同样的设定就能收敛
只能说是一种可能
----------------------------------------------------
2016.12.19 17:11:16
Q:
对SCF帮助收敛的方法可以用于CASSCF吗？
如果TDDFT是davidson不收敛是不是就得换对角化方法了？
A:
可以试试，也可以把nstates改改看，或者改基组之类
或者可以适当降低收敛限
----------------------------------------------------
2016.12.19 17:26:07
Q:
打扰了，我想做Duschinsky matrix图，我在网上也搜了，不知道这个图该怎么做？因为好像是把数据用等高线转换为矩阵，可是每个点的颜色以及色度带怎么调又像是气泡图，求指点。谢谢了[图片]
A:
参考http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2968
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2016.12.19 18:00:32
Q:
请问sob老师，计算弱相互作用团簇体系的相互作用能，哪种方法更准确一些呢？
sob老师，请问现在gaussian可以计算弱相互作用团簇在激发态（如S1态）的结合能吗，我现在计算老是出错，算的也很慢。
A:
能算
Q:
是使用td-m062x这类方法吗 @Sobereva
A:
这个可以，但不是唯一
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2016.12.19 18:00:41
Q:
求推荐计算过渡金属的半经验方法
A:
PM6可以算部分过渡金属
看里头推荐的级别
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
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2016.12.19 18:01:49
Q:
老师，试过，没有办法计算铑的。还有其他的半经验方法吗
A:
PM7
用MOPAC2016
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2016.12.19 18:03:22
Q:
我用tddft找到S1的过渡态后，是不是仍然需要计算freq，确定只有一个虚频
A:
虽然可以算，但极慢@L
Q:
但是不算怎么能保证是过渡态呢
A:
凭化学直觉
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2016.12.19 18:04:58
Q:
请问老师，体系中各分子之间主要是靠氢键相连，色散校正是必须的吗？
A:
[图片]
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2016.12.19 18:31:12
Q:
[图片]如何判断发射的荧光团在哪个位置呢？比如这个图，发出的蓝绿光主要是HBT的ESIPT是如何判断的？看电子密度的分布吗？谢谢老师
A:
简单情况看相应的轨道分布，复杂情况用Multiwfn做electron-hole分析，或者NTO分析
或者绘制跃迁密度矩阵图
绘制跃迁密度矩阵平面图分析电子跃迁
http://sobereva.com/136
图解电子激发的分类
http://sobereva.com/284
跃迁密度分析方法-自然跃迁轨道(NTO)简介
http://sobereva.com/91
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2016.12.19 18:46:20
Q:
请教老师，我在算NBO电荷的时候，有Cs原子的时候老是报错，报错信息是：[图片]
请教这是什么原因
A:
叫“NPA电荷”
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
用含有f基函数的赝势基组再试，或者用全电子基组
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2016.12.19 19:05:49
Q:
orca手册里有aug-cc-pVTZ/C, cc-pVTZ/JK, cc-pVQZ/JK, 貌似没有 aug-cc-pVTZ/JK,该如何处理呢？可否用 aug-cc-pVTZ/C 代替 aug-cc-pVTZ/JK ? 我用aug-cc-pVTZ/J 跑了下，程序没报错，但觉得其精度可能低了点。
A:
/C比/JK更大
当然支持
Q:
这样输入： !RI-MP2 rijk aug-cc-pVTZ aug-cc-pVTZ/C grid4 tightSCF Pal4
可对？即aug-cc-pVTZ/C 同时起 aug-cc-pVTZ/JK 和 aug-cc-pVTZ/C 的作用？
用mp2主要为了对比，我用的还是pwpb95
我知道，就是用 /C 代替 /j 和 ..
A:
你用rijk的时候，写了/C的辅助基组，就会用/C辅助基组做rijk
大小关系是/C > /JK > /J
大的可以放心代替小的
Q:
哦，因为做 ri-mp2 时，我是 def2-QZVPP def2-QZVPP/JK def2-QZVPP/C 同时写的。
现改用 aug-cc-pVTZ, 就只写一次：
aug-cc-pVTZ aug-cc-pVTZ/C
不需要写两次吧，还是有什么其他输入？
ri-mp2 aug-cc-pVTZ aug-cc-pVTZ/C aug-cc-pVTZ/C
A:
ri-mp2 rijk aug-cc-pVTZ aug-cc-pVTZ/C就够了
此时SCF和MP2都会用/C来加速
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2016.12.19 19:39:23
Q:
PW91计算色散怎么样
A:
很烂
乱谈激发态的计算方法
http://sobereva.com/265
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2016.12.19 21:40:31
Q:
按照您294的帖子计算，打算使用AICD 2.0绘制磁感应电流图，但是高斯计算出现如下错误，[图片][图片]
请问该怎样改呢？谢谢~[表情]
用的是内置基组，所以那一栏，没有写基组
A:
格式不对
基组都不定义算什么，内置基组不写哪能用
Q:
老师：您好！我现在的输入文件是:[图片]，但是出现这样的错误，不管加不加短线，也出错，
[图片]
A:
不是内置基组
Q:
抱歉，看来我又弄错了，我是去https://bse.pnl.gov/bse/portal ，拷贝的这个基组的定义，那请问该怎样改呢？
A:
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
Q:
老师：您好！我现在的输入文件是：[图片][图片]，这个基组的输入已经可以用于opt优化，且正确结束，所以该基组的定义输入应该是对的吗？，但还是出现了
[图片]这样的错误。请问原因可能是？
A:
正确结束有什么意义，默认是STO-3G
你都没写genecp，定义了也白搭
先把博文里苯的例子好好重复一遍再搞你自己的
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2016.12.19 22:38:22
Q:
请教一下各位前辈，我在优化一个有机分子，想要得到HOMO 和LUMO轨道。先使用B3LYP/3-21g进行优化结构是收敛的，但是换成B3LYP/6-31++g，就会出现502错误，请问我应该如何使其收敛？谢谢各位前辈
您好，可以具体点说明这个基组有什么问题么？
A:
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
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2016.12.19 22:38:22
Q:
老师我加了smearing了，也，我设置的循环步数是100，
A:
[图片]
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2016.12.19 22:49:19
Q:
Sob老师，我计算单个钠离子的能量时，结果出现为0[图片]这是我的输入文件，[图片]这是我的输出文件，请问是什么问题
A:
一个电子都没有可不为0
Q:
我明白了，Sob老师。
我之前做的比较大的计算，用的赝势，我现在这么做是确保基组相同。
A:
完全就是瞎算
不报错不代表结果就有任何价值
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2016.12.19 23:21:48
Q:
请教一下各位老师，我最近算的体系一直报错，错误信息是[图片]，这该怎么解决呢？
A:
[图片]
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2016.12.20 01:01:11
Q:
可是我的加上的话相互作用能就是正值了，不合理呀
不太懂文献上的这点，我再看看吧，谢谢你了
A:
没特殊必要用不着考虑ZPE，理论研究相互作用能一律是用单点能
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2016.12.20 02:50:24
Q:
[图片]老师，您好，我想请问一下根据计算出来的NTO结果，怎么才能够做出来这种类型的图？还有那个90.22%是代表什么意思，如何计算出来的？谢谢老师！
A:
跃迁密度分析方法-自然跃迁轨道(NTO)简介
http://sobereva.com/91
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2016.12.20 04:04:28
Q:
老师，我想请问一下在amber的力场文件中，双硫键中的硫的原子类型是什么啊，不同的力场定义的原子类型是不是也不一样啊
A:
显然不同力场里原子类型不一样。原子类型定义看原文。字号不要超过12
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2016.12.20 05:52:33
Q:
[图片]
各位老师，请问gaussianView中如何查看原子半径
[图片]
scf不惧，计算出现这个图，
请问老师，如何解，基组和结构都调整过，还是不行
scf不收敛，计算出现这个图
A:
Lee 没法查看
简谈原子半径
http://sobereva.com/255
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复制代码

suosuosky · 发表于 Post on 2017-5-11 10:14:22

非常感谢

xyyan1207 · 发表于 Post on 2017-5-11 11:04:49

感谢分享，辛苦了

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[群聊Q&A整理] 公社群聊Q&A整理：2016.12.16 06 ~ 2016.12.20 06 Concate（含既往全文）

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