如何绘制好看的构象叠加图？

Jiang127127 · 发表于 Post on 2025-7-14 19:12:23

本帖最后由 Jiang127127 于 2025-8-8 19:15 编辑

在构象搜索后想要绘制上图所示的构象叠加图，
在公社中学习到VMD可以做构想叠加图：VMD中关于多帧叠加该如何设置？ - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社
我尝试分层后作图：

但是做出来效果不理想如下图所示：

怎么样才可以做出第一张图片的效果呢？VMD可以达到吗？或者其他绘图工具可以达到理想效果吗？

Jiang127127 · 发表于 Post on 4 day ago

本帖最后由 Jiang127127 于 2025-8-8 21:06 编辑

Jiang127127 发表于 2025-7-29 17:27
谢谢帮助和指导！发现曝光是因为VMDrender_noshadow.bat脚本选择了trans_raster3d渲染过渡态，只要改成tr ...

谢谢student0618老师和sob老师的帮助指导！问题已解决，如下设置即可

渲染效果如下：

student0618 · 发表于 Post on 2025-7-14 19:50:47

透明材质represent不要用line,换例如licorice

Display用GLSL显示透明

Jiang127127 · 发表于 Post on 2025-7-14 22:16:39

本帖最后由 Jiang127127 于 2025-7-14 22:22 编辑

student0618 发表于 2025-7-14 19:50
透明材质represent不要用line,换例如licorice

Display用GLSL显示透明

感谢帮助！画出来的图片要好看一些

：

但是经过Tachyon+VMDrender_noshadow脚本渲染后，得到的图像有点发白，不用脚本图片精度又不够，为什么会发白呀？

请问想要和模板图片那样金属构象放在最前面，这种应该如何操作呢？

student0618 · 发表于 Post on 2025-7-14 22:40:45

透明部分颜色不要用白色

Material 试试最透明的ghost或多试几种材质看看

Jiang127127 · 发表于 Post on 2025-7-29 17:27:57

本帖最后由 Jiang127127 于 2025-7-29 17:33 编辑

student0618 发表于 2025-7-14 22:40
透明部分颜色不要用白色

Material 试试最透明的ghost或多试几种材质看看

谢谢帮助和指导！发现曝光是因为VMDrender_noshadow.bat脚本选择了trans_raster3d渲染过渡态，只要改成trans_vmd即可，就可得到不曝光的效果图：

比之前好看多了，渲染脚本：

VMDrender__trans_vmd.bat (125 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 2)

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