gmx_mmpbsa结合能计算总能量接近于0

bling莹莹子 · 发表于 Post on 2025-7-14 21:19:45

我使用charmmgui构建了膜蛋白体系，其中蛋白采用amber14SB力场，POPE膜采用lipid力场，有机小分子电荷采用RESP2计算，选用GAFF力场。通过分析RMSD，认为体系达到了稳定状态并选取了90-100ns，裁剪得到了蛋白质和有机配体的轨迹文件，进行结合能计算，但是总能量接近于0。通过观察轨迹，配体在初始分子对接位置没有发生较大的位移，配体的位置在膜内，不知道是不是在计算mmpbsa时需要考虑膜结构呢？第一次使用gmx_mmpbsa，不太清楚自己的in文件是不是设置有问题，计算结果我已经放在了附件，请各位老师指点迷津！