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[GROMACS] 求助丙基苯酚与溶菌酶复合物模拟中配体脱离复合物的原因

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本帖最后由 Drucula 于 2025-7-16 08:44 编辑

各位老师,我在练习分子动力学与Gromacs培训讲义上丙基苯酚与溶解酶复合物模拟实例中,仿照卢天老师在补充视频里的第一个实例(胰蛋白酶-苄脒阳离子模拟)的操作步骤,不同的是,其中我使用了Sobtop产生了丙基苯酚的拓扑文件,并用Multiwfn算的RESP电荷。之后使用Gromacs产生蛋白质拓扑文件,并将sobtop产生的JZ4.gro文件加入到pdb2gmx产生的protein.gro末尾,并且也修改了原子数,保存为complex.gro后,在VMD上作图发现,配体脱离了复合物,求助这是什么原因呢?我是哪里出了问题?

VMD观察配体与复合物.png (114.22 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

VMD观察配体与复合物.png

JZ4.gro

1.09 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

JZ4.itp

16.79 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

protein.gro

117.53 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

complex.gro

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JZ4.mol2

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JZ4.top

331 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1

topol.zip

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发表于 Post on 2025-7-16 05:13:09 | 只看该作者 Only view this author
先看轨迹,并且显示出盒子,弄清楚是跨盒子了,还是就是真的脱离了,以及如果是后者的情况,具体是怎么脱离的。做蛋白质相关的动力学一定要看轨迹

并且看此文
谈谈分子动力学模拟蛋白-配体复合物过程中配体发生脱离的原因
http://sobereva.com/632http://bbs.keinsci.com/thread-27434-1-1.html

并且输入文件要给完整,top文件都没给


此外,建议用矩形盒子,免得可视化的时候麻烦。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-16 08:45:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-7-16 05:13
先看轨迹,并且显示出盒子,弄清楚是跨盒子了,还是就是真的脱离了,以及如果是后者的情况,具体是怎么脱离 ...

感谢老师的解答,我再研究一下,另外已经在原帖上补上top文件了,烦请您看看有什么问题。

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发表于 Post on 2025-7-16 11:33:24 | 只看该作者 Only view this author
Drucula 发表于 2025-7-16 08:45
感谢老师的解答,我再研究一下,另外已经在原帖上补上top文件了,烦请您看看有什么问题。

我说的是用于实际复合物模拟的top,这只是配体的top并没有用处
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