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[GROMACS] GROMACS中羟基化石英孔径从5nm改为8nm后NVT过程中分子成团，中途完全不动

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发表于 Post on 2025-7-17 16:19:37 | 只看该作者 Only view this author |只看大图 View big picture 回帖奖励

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各位老师好，我在使用GROMACS进行羟基化二氧化硅-CH₄-CO₂-H₂O体系的NVT模拟时遇到一个奇怪的问题。我建立的体系是羟基化石英壁面，中间夹着甲烷二氧化碳和水，当我将孔隙通道设为5nm和2nm时，模拟都可以正常完整运行并产生相关文件，然而当孔隙换成8nm时，在做NVT时可以产生gro文件但是查看轨迹发现，体系刚开始正常运动，突然大量分子成堆并且几乎不动，我使用的mdp文件都是一样的（对二氧化硅使用冻结，温度300K），我想知道这是为什么出现这种情况，我应该怎么修改。非常感谢
附图为我的体系轨迹在vmd中不同帧下的截图（nvt.xtc）；
附文件为我的模拟相关文件

NVT.png (224.48 KB, 下载次数 Times of downloads: 32)

nvt轨迹

nvt轨迹

NVT第1帧.png (303.25 KB, 下载次数 Times of downloads: 34)

nvt 第一帧

nvt 第一帧

405 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1

em.mdp

656 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 2

nvt.mdp

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