求助：取配体周围某个半径内的序列进行模拟是怎么实现的

KazusaT

各位老师好，最近需要复现一篇文献中的模拟，查看文章模拟方法部分的说明后有几点疑问：
1. 文献方法中提到：“From the model of the ApdP-SRC with both A- and P-site tRNAs, we extracted all residues within 35 Å of the ApdP NC and used it as a starting structure for the MD simulations of the wild-type simulation system.”，ApdP-SRC是多肽-核糖体复合物，作者解了冷冻结构，之后提取了ApdP NC这一段周围35 Å的氨基酸做动力学模拟，不太清楚这个怎么实现。我原本以为是作者冻结了35 Å之外的原子，阅读了整个方法部分之后发现应该确实是提取了这部分结构做模拟，如果直接提取的话结构应该是不连续的吧，这样是如何模拟的呢？结构是如何提取的呢？同时想要求教如何在gromacs实现取一段多肽周围某个半径内的残基作为一个组。
2. 后面具体模拟方法提到：“In the second equilibration step (50–70 ns), the position restraints were linearly decreased to zero for all the heavy atoms of the solute positioned within 25 Å from the P-site peptide.”，这个操作我目前想到的是将肽周围25 Å的氨基酸作为一个组做位置限制，想请问一下怎样对一个组做位置限制？另外gromacs可以实现在一段时间内将限制势线性下降吗？还是需要构建一系列控制文件用脚本连续运行实现？
文章DOI是：https://doi.org/10.1038/s41467-024-46761-3
刚刚学习动力学模拟，谢谢各位老师解答。

student0618

1. 主流可视化软件如VMD, Chimera 都可以用来提取部分结构。35A不算小，大概是assume该部分取出来是稳定的，或是加cap后再冻结/限制截断末端，就当是多链结构来模拟。

2. 例如用gmx genrestr 选恰当的组生成position restraint的itp再include 到拓朴的适当位置。