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[综合交流] 酸性条件下如何确定氢离子的位置

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本帖最后由 1773525076 于 2025-7-22 08:01 编辑

各位老师 我想问一下 我做的是个中性的配体   通过计算静电势发现他的配位位点顺序应该是A>B>C  但最后在酸性条件下 得到的晶体结构配位位点基本都是C的  我就在想是不是氢离子的引入 影响了他的配位位点  但又没办法确认氢离子的位置 想问下各位老师是否有解决办法

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发表于 Post on 2025-7-21 19:29:59 | 只看该作者 Only view this author
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html

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发表于 Post on 2025-7-22 05:48:51 | 只看该作者 Only view this author
A、B、C这种描述跟猜谜一样。给出结构图,标注清楚具体静电势数值(而不是大小关系,5.0和3.0、5.0和4.999,有天壤之别)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-22 08:03:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-7-22 05:48
A、B、C这种描述跟猜谜一样。给出结构图,标注清楚具体静电势数值(而不是大小关系,5.0和3.0、5.0和4.999 ...

感谢sob老师指正  自己重点都在如何确定氢离子位置了 就忽略了这些 已经把对应结构和静电势数值更新在帖子中  我想问一下 是因为他们静电势本身差距不大导致的 还是说氢离子先到了静电势较大的位置结合 然后改变了他们的静电势分布?

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发表于 Post on 2025-7-22 10:54:39 | 只看该作者 Only view this author
这个不光和表面静电势有关系,还和构型有关系,构型匹配程度可能比静电势还重要

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发表于 Post on 2025-7-22 11:17:53 | 只看该作者 Only view this author
说到“晶体结构配位位点”的话,意思是从含某个金属离子和该配体的酸性溶液中长出单晶并解了结构么?不考虑晶体结构堆积对配体构象的影响,就算不考察静电势其实也能猜到金属离子的优势配位位点在哪,画一下结构式就能看到双齿配体两个类似吡啶的氮的螯合作用了(下图M为金属离子,A为其他配体)。

最有力的讨论选择性的论据,还得是计算配位反应(注意溶液中的金属离子应该按溶剂与配体交换的反应来考虑)与质子化反应的自由能变,而静电势之类的指标适合算完用来解释结论。
√546=23.36664289109

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-22 15:25:37 | 只看该作者 Only view this author
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-7-22 11:17
说到“晶体结构配位位点”的话,意思是从含某个金属离子和该配体的酸性溶液中长出单晶并解了结构么?不考虑 ...

目前拿到的大多数的晶体结构都是螯合配位的    然后通过改变pH又拿到了非螯合配位的  所以想从计算的研究一下这个内容

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吃猫咪的鱼

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发表于 Post on 2025-7-22 21:44:02 | 只看该作者 Only view this author
可以尝试Crest的Protonation Site Calculation工作流,几秒钟就算完了,定性足够了。

structure    ΔE(kcal/mol)   Etot(Eh)
    1            0.00        -48.186479
    2            5.49        -48.177731
    3            6.64        -48.175898
    4           16.11        -48.160802
    5           18.36        -48.157226
    6           18.40        -48.157150
    7           19.10        -48.156044
    8           19.95        -48.154689

protonated.xyz (13.91 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-23 14:47:08 | 只看该作者 Only view this author
imasen 发表于 2025-7-22 21:44
可以尝试Crest的Protonation Site Calculation工作流,几秒钟就算完了,定性足够了。

structure    ΔE ...

感谢老师提供的方法 我去试试

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