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[蛋白质建模] 用什么软件对已有的蛋白质结构进行调整

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请问一下怎么对从UniProt上下载的蛋白质结构上的某些氨基酸进行结构调整,类似接上一个基团或者替换掉一个基团,PyMol可以识别氨基酸但不知道是否可以处理,MS可以处理但是没法识别氨基酸。有哪个软件可以识别氨基酸并调整原子种类、数目和结构吗?

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发表于 Post on 2025-7-28 12:19:21 | 只看该作者 Only view this author
PyMOL可以。wizard mutagenesis换胺基酸,builder可以用来加functional group及换原子。
敬仰一针见血的指责,厌倦别有用心的赞美。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-28 12:40:15 | 只看该作者 Only view this author
student0618 发表于 2025-7-28 12:19
PyMOL可以。wizard mutagenesis换胺基酸,builder可以用来加functional group及换原子。

太感谢您啦,PyMol可以的话就方便很多了,但是我还不太会用PyMol,很多功能都不知道怎么使用,请问PyMol的操作有什么教程可以学习吗。

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发表于 Post on 2025-7-28 14:16:27 | 只看该作者 Only view this author
个人认为自己先摸索一下尝试所有按钮比很多教程都有用,特定功能的用法可以搜PyMOL Wiki (https://pymolwiki.org)

例如Mutagenesis 示例:https://pymolwiki.org/index.php/Mutagenesis

builder示例:https://pymolwiki.org/index.php/Builder
敬仰一针见血的指责,厌倦别有用心的赞美。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-28 15:18:44 | 只看该作者 Only view this author
student0618 发表于 2025-7-28 14:16
个人认为自己先摸索一下尝试所有按钮比很多教程都有用,特定功能的用法可以搜PyMOL Wiki (https://pymolwik ...

好的,太感谢啦!

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