关于AIMD计算完成后如何计算多帧结构的平均吸附能

JiangZiya

我用 VASP 软件对金属表面吸附一个小分子的过程计算了 AIMD，跑了 10ps，大概 3ps 后，吸附构型和体系总能量都稳定了，只是在平衡位置附近振动。
我按照我们课题组以往的计算吸附能的方法，把最后一帧结构拿出来做了结构优化，认为优化的结果是平衡吸附构型。然后分别计算了平衡吸附构型的体系总能量、单独的金属表面的能量、单独的小分子的能量。用 “总能量-金属表面能量-小分子能量” 这个方法计算了平衡吸附构型的相互作用能（记为 E_1）。
审稿人认为我拿一个结构的能量计算相互作用能，无法体现出 AIMD 过程中能量的波动情况，想让我计算 AIMD 过程的平均相互作用能。
问题1：我理解的是，假如我取后面的 5ps 构型计算了平均相互作用能（记为 E_2），因为 5ps 后面的能量和结构一直在平衡位置附近振动，那么这个算出来的平均值 E_2 和前面单独算出来的 E_1 我认为所能说明的问题应该是一样的（实际上这个相互作用能也是放在支撑材料里，并没用对它有什么过多分析，只是说这个分子具有不错的自发吸附能力）。如果确实两个能量说明的问题是一样的，那么我认为拿平衡吸附构型说事足矣，而且也更节省时间。不知道我的理解是否有问题？；
问题2:  假如要计算后面 5ps 的平均吸附能，我如果按照以前的方法手动操作，需要单独提取每一帧结构，然后在分别计算每个结构的总能量、金属表面能量、小分子能量，计算出每一帧的相互作用能，最后求平均值。手动操作的话，这个工作量难以想象，而且我们的计算资源也不允许计算那么多单点能。我想问问各位大佬有没有方法可以自动对模型中单独的小分子在 AIMD 过程中的每一帧结构的能量进行计算，而不是手动操作？

Stardust0831

不需要全算，可以隔一段时间算一次“每个结构的总能量、金属表面能量、小分子能量”。比如每200fs算一次，这样一共只需要算50个结构了，画一个时间-吸附能曲线，并标出平衡以后的平均值即可。
提取出结构的某个部分+算单点是一项高度重复的工作，完全可以通过脚本来完成，论坛上有很多批量处理的脚本如：《VASP结果整理脚本》《求助：大家有没有按顺序提交vasp任务的脚本》
事实上，我对于这种需求个人会直接使用cp2k，一开始跑动力学的时候就要求每隔指定步数就输出一次波函数文件，再重算的时候就可以当初猜，cp2k也有的REFTRAJ可以读取外部轨迹并算能量。

JiangZiya

Stardust0831 发表于 2025-7-31 18:33
不需要全算，可以隔一段时间算一次“每个结构的总能量、金属表面能量、小分子能量”。比如每200fs算一次， ...

感谢建议，只算一部分的话，工作量确实就少多了。
关于解决这个问题的脚本，我在论坛和google都没搜到。主要还是自己不会写脚本，准备求助AI试试，看看能不能帮我写个适合的脚本出来。