如何计算出大于0的结合能，以一篇AM为例

chenzhe · 发表于 Post on 2025-8-27 09:06:31

ABetaCarw 发表于 2025-8-5 19:16
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实话来说，很可能真是编的，可能是主动编的，也可能是不知道的情况下编的（很多都是找代算做的，不少代算就随便糊弄，甚至编个数）。。。反正电池组的实验论文，上面的计算别信就是了。

我之前还看到过一个很经典的，甚至连原子数都和结构对不上，还在那儿一本正经胡说八道（一篇AFM上的）。
之前一个计算的人，可能还比较有原则，给一个搞电池的大佬发了一个邮件，翻译过来，大概意思就说“你们所有论文，我都看了，计算结果没有一个对的。”，然后委婉说了一句“可能你们负责计算的学生没有理解实验的意思，希望你们能改正这些计算结果”

wudiazhu · 发表于 Post on 2025-8-27 11:33:12

没做构象搜索，或单纯没做结构优化吧，再怎么着S62-也应该“缠绕”在COF的外围，和COF的多个H作用

Graphite · 发表于 Post on 2025-8-28 22:59:10

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chenzhe · 发表于 Post on 2025-8-29 08:34:23

Graphite 发表于 2025-8-28 22:59
**** 本内容被作者隐藏 ****

AFM我也看过不少，上面实验论文的里面计算部分，我目前还没见过对的

牧生 · 发表于 Post on 2025-8-29 08:50:59

本帖最后由牧生于 2025-8-29 08:58 编辑

个人愚见，如有不妥，请指正

MD跑出来的结构，比如100℃的水，某些两个水分子间有斥力的时候，直接算这两个水分子间的结合能，算出来就应该是正的啊。
如果把这两个水分子拿出来重新再优化一遍，消除了斥力，得到负值，反而就不对。

置于这篇文章中的结合能为正，我倒是认为有点值得商榷

pal · 发表于 Post on 2025-8-29 08:58:28

牧生发表于 2025-8-29 08:50
个人愚见，如有不妥，请指正

MD跑出来的结构，比如100℃的水，某些两个水分子间有斥力的时候，算出来就 ...

问题是分子动力学这样跑出来的结果不做统计平均拿出某一帧的构型去算相互作用能也没啥意义啊，

玉米猫 · 发表于 Post on 2025-8-29 17:40:25

这个COF孔径不到一个纳米，孔结构另一半不能被忽视啊。再简化也要用一层的六元环来相互作用吧……第一个构象S6离子都去哪了，算相互作用用B3LYP还没加D3校正

Ferrocene · 发表于 Post on 2025-8-30 11:54:06

多年前听过一个计算大佬的报告，所有多硫化锂都是分立的干干净净规规矩矩的zigzag型Li-S-S…S-Li结构，没有显式溶剂，没有多聚，不知道是优化出来就这样还是拍脑袋拍出来的

ABetaCarw · 发表于 Post on 2025-8-30 21:44:37

chenzhe 发表于 2025-8-27 09:06
实话来说，很可能真是编的，可能是主动编的，也可能是不知道的情况下编的（很多都是找代算做的，不少代算 ...

我曾给一篇计算极其离谱的顶刊文章的所有通讯作者发邮件，告知其计算有严重错误，影响学术羽毛那种。然后几个通讯作者屁都不放一个。

Uus/pMeC6H4-/キ · 发表于 Post on 2025-8-30 23:18:02

怎么这帖又被翻出来了……只能说很可惜，真正懂计算的专家的时间精力和机时资源相对有限，难以一个个重复计算揪出非专业计算文章的疏漏讹误，不知像http://bbs.keinsci.com/thread-52582-1-1.html那样公开讨论严谨批判的有多少。另外我也在http://bbs.keinsci.com/thread-55355-1-1.html问了个部分相关的问题。

287192454 · 发表于 Post on 2025-8-31 09:29:06

学习一下

卡开发发 · 发表于 Post on 2025-8-31 13:54:09

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-8-30 23:18
怎么这帖又被翻出来了……只能说很可惜，真正懂计算的专家的时间精力和机时资源相对有限，难以一个个重复计 ...

这个很难说。有时候可能确实会受到表征手段/构象可能性的限制，计算只能进行一些有代表性的模型的研究，同时实验手段的不完善也会造成研究者对对实验现象的解读可能都天差地别，计算更是类似于瞎子摸象；也有一些比如铁表面吸附，我也见过高斯抠团簇B3LYP做的，显然不太妥当。

目前没有如何界定一些问题主观性的规则，而一些科技发展也离不开观点的争论。Emmm...还是说争论吧，很多问题谈不上批判，有些所谓的批判其实只是为批而批，实际上在他人看来存在问题而不自知罢了。这种问题或许我自己也存在，但无妨我就事论事说一点自己的观点。

其实要深究（或许不需要深），论坛上的帖子你就能挖掘到一些问题，有些是真的敢做，甚至还有一个敢教一个敢做的。说多了都是得罪人[doge]。

DavyHou · 发表于 Post on 2025-9-10 13:46:21

chenzhe 发表于 2025-8-27 09:00
电池领域，如果是实验组的论文，上面的计算一个都不用信，我就几乎没见过对的，一次都没有。很多甚至连本 ...

好多实验文章中的计算就是凑数据的。但好多实验文章中的表征和性能也有问题，他们做一批材料，然后AFM一个材料，性能测试一个材料。然后把最好的部分拼在一起成为一篇文章。

JCenter · 发表于 Post on 2025-9-10 17:09:47

本帖最后由 JCenter 于 2025-9-10 17:12 编辑

一般按理说，体系AB中有静电吸引的组成部分，很容易产生结合能小于0的情况。他这个估计也没做构型搜索。像是随便搭了个结构，通过优化到极小值接计算能量了。此外，他计算结合能前不得先计算一下其环境下的结合自由能。如果结合自由能都大于0了，他计算这个结合能都没啥意义了。哪怕结合能小于0，但是如果自由能大于0，都没法自发结合，谈何相互作用能的值呢

fineren · 发表于 Post on 2025-9-17 11:06:15

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-8-5 18:06
这句The initial stable polysulfide molecule was obtained by Molecular mechanics (MM) method and Gaus ...

锂电池不可能有水，所以磺酸未必解离出H

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