捐赠本论坛 (Donate this site)

开启辅助访问切换到宽版

计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › 用pmemd计算自由能的问题

返回列表 Return

发新帖

Views: 9675|回复 Reply: 4

打印 Print

上一主题 Last thread

下一主题 Next thread

[Amber] 用pmemd计算自由能的问题

[复制链接 Copy URL]

210 帖子	0 威望	1853 eV

积分: 2063

Level 5 (御坂)

发消息 Send PM

电梯直达 Go to

跳转到指定楼层 Go to specific reply

楼主

发表于 Post on 2017-4-5 16:33:07 | 只看该作者 Only view this author |只看大图 View big picture 回帖奖励

回帖奖励

|倒序浏览 Reverse view |阅读模式 Reading model

我的体系比较大，一直也是用pmemd.cuda进行加速模拟。当我在进行TI计算的时候，手册和例子上都是针对sander.MPI主程序，没有用pmemd进行TI计算的一些方法介绍，只简单说了可以完成，需要较复杂的修改一下。请问一下，谁见过pmemd计算TI的教程方法步骤之类的tutorial或者帖子吗？谢谢。

收藏 Add to favorites0

回复 Reply

3097 帖子	29 威望	1万 eV

积分: 17098

Level 6 (一方通行)

发消息 Send PM

2^#

发表于 Post on 2017-4-5 17:57:45 | 只看该作者 Only view this author

这个？

评分 Rate

参与人数 Participants 1	eV +1	收起理由 Reason
sobereva	+ 1

查看全部评分 View all ratings

回复 Reply

210 帖子	0 威望	1853 eV

积分: 2063

Level 5 (御坂)

发消息 Send PM

3^#

楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-5 19:04:54 | 只看该作者 Only view this author

liyuanhe211 发表于 2017-4-5 17:57
这个？

是这个，但是手册里边说的很有限。

回复 Reply

269 帖子	1 威望	2978 eV

积分: 3267

Level 5 (御坂)

发消息 Send PM

4^#

发表于 Post on 2017-4-6 01:03:13 | 只看该作者 Only view this author

http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial9/

评分 Rate

参与人数 Participants 1	eV +1	收起理由 Reason
sobereva	+ 1

查看全部评分 View all ratings

回复 Reply

210 帖子	0 威望	1853 eV

积分: 2063

Level 5 (御坂)

发消息 Send PM

5^#

楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-6 12:25:09 | 只看该作者 Only view this author

agent99 发表于 2017-4-6 01:03
http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial9/

谢谢，的确是这个教程。只能用pmemd CPU计算，手册里明确写了Pmemd.cuda不支持计算TI。看来也只能慢慢跑了。谢谢！

回复 Reply

返回列表 Return

发新帖

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-15 01:04 , Processed in 0.212492 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list