关于从MD得到的键长

laifeng20151107 · 发表于 Post on 2017-4-6 09:36:32

MD过程中键长是通过算RDF得到的（最大值处）。在我的研究（CH3COOCu），Cu只与CH3COO-中的一个氧成键，这势必影响到了这个氧与C形成的键的键长（增长）和另一个C-O的键长（缩短），而且还比较明显，这样还好，关键是如果MD过程中原来的Cu-O键断开，Cu与另一个氧成键而且是处于整个模拟过程的中间时间，那么算两个O和C的RDF得到的最大值的间距是长不多一样的，那键长怎么算？

sobereva · 发表于 Post on 2017-4-6 09:42:44

没必要统计RDF，你就直接拿Cu-O键长取个时间平均就完了。每一个Cu-O键也能清楚地分别讨论

laifeng20151107 · 发表于 Post on 2017-4-6 10:03:20

sobereva 发表于 2017-4-6 09:42
没必要统计RDF，你就直接拿Cu-O键长取个时间平均就完了。每一个Cu-O键也能清楚地分别讨论

那就是只在成键的时间内平均，没有成键的那段时间就不要算进去了吧？

sobereva · 发表于 Post on 2017-4-6 10:37:45

laifeng20151107 发表于 2017-4-6 10:03
那就是只在成键的时间内平均，没有成键的那段时间就不要算进去了吧？

对

laifeng20151107 · 发表于 Post on 2017-4-6 10:40:40

sobereva 发表于 2017-4-6 10:37
对

懂了，谢谢sob老师！

lei234 · 发表于 Post on 2020-5-5 01:38:00

请问楼主RDF是什么？怎么算的？我想要知道MD过程过程中键长的变化情况应该要怎么做呢？

sobereva · 发表于 Post on 2020-5-5 08:41:36

lei234 发表于 2020-5-5 01:38
请问楼主RDF是什么？怎么算的？我想要知道MD过程过程中键长的变化情况应该要怎么做呢？

RDF一google就有
gmx rdf或者VMD的rdf插件都能得到

同一个问题别在多个帖子里问，怎么看键长变化我在你的另一个帖子里已经回了
http://bbs.keinsci.com/thread-17284-1-1.html

lei234 · 发表于 Post on 2020-5-5 09:24:22

sobereva 发表于 2020-5-5 08:41
RDF一google就有
gmx rdf或者VMD的rdf插件都能得到

不好意思，知道了。感谢您的回复！

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[综合交流] 关于从MD得到的键长

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