GROMACS轨迹周期性边界可视化处理

lts！

我的体系是两百个有机共轭分子，模拟完后我先用gmx trjconv ... -pbc mol得到了预处理后的xtc文件，用python脚本基于轨迹信息对整个体系进行了ππ堆积网络的分析（标红高亮的分子即满足两两分子间大共轭堆积），在计算中考虑了周期性边界条件，而这导致了在可视化时有些分子在视觉上并不和整个网络连续，我在vmd命令窗口用了pbc wrap -compound res -all -shiftcenterrel {-0.15 -0.5 -0.1}命令对盒子进行移动，虽然将共轭网络视觉上完成了连续，可是得到的盒子方框却和整个体系不在一起。

图1 未在vmd中做处理之前的图片

图2 -all -shiftcenterrel命令后得到的可视化图片
还有个问题就是感觉这里面标红高亮的部分还是不够突出，主要是会被前面的其他着色灰色的分子挡住，有什么办法可以使其更加突出吗

student0618

1. gmx trjconv -pbc cluster
2. 灰色部分换透明材质渲染

lts！

student0618 发表于 2025-8-13 22:29
1. gmx trjconv -pbc cluster
2. 灰色部分换透明材质渲染

谢谢！我试一下！