如何与脂质分子进行共组装动力学模拟

JIAO0525 · 发表于 Post on 18 hour ago

各位老师好，我在使用gromacs进行药物分子与PEG化脂质分子在水中的共组装动力学模拟，模拟采用gaff力场和TIP3P水模型，NPT跑了50ns，最终结果如图1。我如果想模拟出脂质分子将药物分子完全包裹住的状态，该如何进行完善呢？完全包裹的状态是否可能实现呢？目前的结果看起来是PEG化脂质分子只共组装到药物分子的一侧，并未完全包裹。（紫色为药物分子，灰色为PEG化脂质）

tptp · 发表于 Post on 17 hour ago

可是不是具有周期性吗？你把周期性部分也可视化出来，是不是药物分子就被包裹住了

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[GROMACS] 如何与脂质分子进行共组装动力学模拟

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