高斯对···DADADADA···主客体结构优化建模与输入文件求助

HHAO

老师们好，我最近在尝试利用高斯优化一个主客体结构，客体分子通过相互作用力在主体分子间排列，形成“···DADADADA···”的模型，本人已经尝试建了“DADA”四个分子单元的结构模型，不知道是否合理？想求助各位老师，这种含有非共价相互作用的周期性分子模型该怎么建？在高斯输入文件的中，是否有需要体现周期性的命令？（以下是我目前自己输入的文件信息，加了d3bj色散）

%chk=70-out3.chk
%mem=30GB
%nprocs=32
#p b3lyp/genecp em=gd3bj opt=calcFC

70-out3

6 1

北大-陶豫

你这个体系+6个电荷？D和A各几个电荷？确定合理吗？

HHAO

北大-陶豫 发表于 2025-8-15 15:03
你这个体系+6个电荷？D和A各几个电荷？确定合理吗？

合理的老师，，主体是+3电荷，客体是中性的。。。因为我建了DADA四个分子，所以输入文件暂时标了+6

Uus/pMeC6H4-/キ

这个主客体通过弱相互作用结合而交错排列的体系有没有实验合成、长出单晶并解析结构？
如果有，最好换用CP2K等第一性原理软件对晶体结构做周期性计算。
否则，应当用分子构象搜索与团簇构型搜索的方法建模，视目标是寡聚物结构还是周期性结构而定：
若只关心少数几个分子形成的寡聚物，不在乎端点处与中心的化学环境的差异，可以用molclus、ORCA的GOAT/DOCKER模块、ABCluster等做构型搜索；
而若需要完美的周期性重复的结构，尽可能消除边界效应，可能得上USPEX之类的做晶体结构预测。

另外，实际情况下负电荷（无论是外界的抗衡离子，还是主客体本身应该适当去质子化）总应该考虑周全，全是正电荷的聚集体系会有很严重的库伦排斥而无法存在。

HHAO

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-8-15 15:20
这个主客体通过弱相互作用结合而交错排列的体系有没有实验合成、长出单晶并解析结构？
如果有，最好换用CP ...

非常感谢老师的解答，
首先，我目前合成结果并没有得到理想的晶体结构；
其次，我们本身也不是做聚合物的，所以您讲的聚合物方面的计算手段我们确实没有接触到，很难理解不好意思。我们是做离散型超分子结构的，已经证实了主客体的结合比是1:1，所以想要建模出可能的分子构象。根据主客体分子表面的电子和尺寸效应，猜测是形成了这样排列的模式，才能满足1:1的结合比。
我们不需要研究它堆积的聚合程度，只是想简单优化得到被认可的模型表达出来即可。