求助：超分子主客体化学中主体与客体的构象位置如何通过计算验证

HHAO

各位老师好，本人做主客体化学方向，已经通过多个实验验证主体与客体之间存在相互作用，但是一直没有拿到精确单晶结构。所以想通过理论计算判断最可能性的构象，因为客体有可能进入主体里面，也有可能在外围作用结合，两种方式均已经通过建模优化收敛结束。最可能的构象应该比较两者整体结构的单点能哪个更低？还是比较主客体结合能哪个更低？

GoldenBaby

应该是看单点能更低的那个吧（理论上自由能更低的那个更好）。不过我建议你可以做一下构象搜索，确认一下能量最低的构象。另外我觉得你还是得跟核磁对一下吧，大部分主客体结合方式应该都能通过核磁确认。

sobereva

你这种问题最好做分子动力学模拟（可以再同时结合量子化学算的结合自由能讨论）。分子动力学可以最严格、全面、充分体现主导的结合的方式以及稳定性。
北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）详细讲了怎么做这种模拟，并且里面还专门给了环糊精包夹小分子这种复合物的研究例子。

如果只想从量子化学角度研究，需要用molclus做复合物的构型搜索，根据不同构型的自由能（而非单点能）高低判断哪种结合方式最优。参考以下内容
Molclus主页
http://www.keinsci.com/research/molclus.html
Molclus FAQ
http://sobereva.com/730（http://bbs.keinsci.com/thread-50349-1-1.html）
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

另建议看
谈谈分子间结合能的构成以及分解分析思想
http://sobereva.com/733（http://bbs.keinsci.com/thread-50890-1-1.html）
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252

HHAO

sobereva 发表于 2025-8-25 07:53
你这种问题最好做分子动力学模拟（可以再同时结合量子化学算的结合自由能讨论）。分子动力学可以最严格、全 ...

非常感谢sob老师的耐心解答