求助：用于生成拓扑文件的gjf文件问题

oillio · 发表于 Post on 2025-8-26 21:20:46

老师，请问利用这个gjf文件在Gaussian中对此有机物进行优化得到的mol2能否用与sobtop生成拓扑文件？这个gjf有无不合理之处？请老师指教，谢谢老师。

Stardust0831 · 发表于 Post on 2025-8-26 22:43:48

建议至少给B3LYP加上DFT-D3(BJ)矫正，原因见《谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的》《DFT-D色散校正的使用》
假定你是g09的D01及以上的版本，那么可以用我给你改好的这个文件：

C4A3.gjf (2.07 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

oillio · 发表于 Post on 2025-8-27 09:22:32

Stardust0831 发表于 2025-8-26 22:43
建议至少给B3LYP加上DFT-D3(BJ)矫正，原因见《谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的 ...

好的谢谢您！

oillio · 发表于 Post on 2025-8-27 09:29:17

Stardust0831 发表于 2025-8-26 22:43
建议至少给B3LYP加上DFT-D3(BJ)矫正，原因见《谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的 ...

还想请教您一下，我需要加上freq进行振动分析吗？（如果只想在sobtop中生成top文件，不做其余量子化学计算）

Stardust0831 · 发表于 Post on 2025-8-27 10:53:36

oillio 发表于 2025-8-27 09:29
还想请教您一下，我需要加上freq进行振动分析吗？（如果只想在sobtop中生成top文件，不做其余量子化学计 ...

我会加上freq来确认结构是否有虚频

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[Sobtop] 求助：用于生成拓扑文件的gjf文件问题