求助：用gmx trjconv 进行轨迹后处理报错轨迹文件已损坏

风沙

各位老师好，我是用GROMACS 2025.2做动力学模拟。体系是两个药物分子，五条聚合度为20的聚合物链，4964个水分子，体系一共是15767个分子，盒子的大小为55*55*55埃。

我做动力学模拟的目的主要是想研究药物和聚合物分子之间的相互作用能，所以打算用GROMACS 2025.2先做动力学模拟，而后提取平衡后的轨迹，再用GROMACS 2018.8 rerun计算相互作用能。

步骤：1.先进行能量最小化，设置收敛到500；2.再进行500ns的md模拟，步长为2fs，md模拟的mdp、top文件见附件，md.log文件的结尾如图四所示；3.之后使用gmx trjconv -s ../md.tpr -f ../md.xtc -o fixedmd.xtc -center -pbc mol -dt 50命令修正轨迹，为后续绘制RMSD做准备。前两步都没有问题（记录如图一所示），但是第三步报错Cannot read trajectory, file possibly corrupted，如图二图三所示。

请问老师这种情况一般是什么原因导致的，可以解决吗？

KazusaT

你第一次输出选择的是group 1，第二次又选择group 0

风沙

KazusaT 发表于 2025-8-27 13:21
你第一次输出选择的是group 1，第二次又选择group 0

第一次是居中组选择1（除水以外的体系），第二次输出组选择0（整个体系），这应该是没问题的，我还做了其它药物分子和聚合物的模拟，轨迹后处理没报错，都是一样的操作

pal

看一下log文件有没有正常结束

风沙

pal 发表于 2025-8-27 16:53
看一下log文件有没有正常结束

老师您好，log文件末尾的截图我加到帖子里了，结尾有Finished mdrun应该是正常结束了吧，步数也没问题

student0618

gmx check 轨迹文件能读吗？

风沙

student0618 发表于 2025-8-28 10:32
gmx check 轨迹文件能读吗？

可以的老师，就很奇怪

KazusaT

风沙 发表于 2025-8-27 14:41
第一次是居中组选择1（除水以外的体系），第二次输出组选择0（整个体系），这应该是没问题的，我还做了其 ...

哦 第一次选的是居中组 我看错了
居中组的时候cluster一下试试？

beyond

体系是五条聚合物，居中要求很难达到，建议去掉试试，RMSD的计算，也没有太多的意义。
Gromacs的PBC校正，有些麻烦。。。。rerun的时候，为啥不用同版本的2025.2？

轨迹有没有损坏，最直接有效的，就是VMD打开看看，要是损坏了，一般里面就显示一个点，或者什么都没有。。。

风沙

beyond 发表于 2025-8-28 21:18
体系是五条聚合物，居中要求很难达到，建议去掉试试，RMSD的计算，也没有太多的意义。
Gromacs的PBC校正， ...

谢谢老师的回复。好的，我去掉居中试试。
1.因为想用RMSD的波动来判断体系什么时候平衡，然后截取平衡后的轨迹去计算相互作用能；不过之前跑成功的机组体系的RMSD图波动比较大，数值也大，有些甚至都截不出平衡轨迹
2.rerun时有一些mdp设置高版本gromacs不支持
3.现在能判断轨迹损坏了，但是不知道是什么原因造成的，怎么解决；因为之前相同用相同的操作、处理方式跑的类似体系都没问题，现在不知道该如何解决

student0618

风沙 发表于 2025-8-28 22:07
谢谢老师的回复。好的，我去掉居中试试。
1.因为想用RMSD的波动来判断体系什么时候平衡，然后截取平衡后 ...

机会是disk出现问题，先尽快备份再排查。

风沙

student0618 发表于 2025-8-28 22:58
机会是disk出现问题，先尽快备份再排查。

好的好的，谢谢老师