氧化铝/水体系AIMD二次求助，铝基底形变、水向真空层扩散等问题

yutongli2002

各位老师好，之前发过帖子求助 卢天老师为我解答了部分问题（http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 6&fromuid=68191），我做了一些修改与改进包括，现遇到了一些问题：
1、优化后的结构跑AIMD一段时间后，氧化铝基底的铝原子构型异常（底部一层AL O被固定了）（此时温度并不是太高，详见ener文件）；
2、水分子会向真空层逐渐扩散；我目前给定的真空层是16埃左右，请问这个还是偏小吗；
3、我期待看到一些水分子在氧化铝表面的裂解以及羟基化，文献中也有实现过类似内容，但是目前我还没看到出现这个现象 是否是因为我模拟时间还是太短了；
4、为解决问题1 我是否可以把整个氧化铝均固定？

请各位老师赐教，以及如果有做过探究金属氧化物表面水的解离、羟基化、质子转移等过程的老师，想请教你们的计算过程

ljh123

没什么问题，这是因为你原本建立的水层密度太大了。90摄氏度水密度按0.965算的话，你后期的水层厚度是合理的

yutongli2002

ljh123 发表于 2025-8-27 21:09
没什么问题，这是因为你原本建立的水层密度太大了。90摄氏度水密度按0.965算的话，你后期的水层厚度是合理 ...

感谢您指正！我在轨迹中也观测到氧化铝表面一些不正确的构型（在附录文件中），您对这个问题有什么解释嘛

yutongli2002

ljh123 发表于 2025-8-27 21:09
没什么问题，这是因为你原本建立的水层密度太大了。90摄氏度水密度按0.965算的话，你后期的水层厚度是合理 ...

我的账号也发了一个lammpsMD的求助帖子 也是类似体系 ，麻烦您做过MD的话也一并看一下！

Uus/pMeC6H4-/キ

这是什么晶型的氧化铝的哪个晶面？虽然铝和氧的原子数符合计量比，但是接触水的上表面全是氧、暴露于真空的下表面全是铝感觉不太对，而且不连续的冻结原子编号也别扭。

在用OT算法的情况下&MIXING字段并不会生效，不知道为啥要特意往multiwfn生成的输入文件里贴这么一段。

此外，确认你想研究反应在360 K下足够有利、快速，以至于短短25 ps的AIMD模拟就能观察到对应变化么？如果无法确认，可能需要增强采样的手法。

yutongli2002

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-8-28 13:40
这是什么晶型的氧化铝的哪个晶面？虽然铝和氧的原子数符合计量比，但是接触水的上表面全是氧、暴露于真空的 ...

感谢老师您指点！我做的是α氧化铝的C面，截取的O终端，想探究这个面的羟基接枝，但是出现了这个表面很奇怪的形变；mixing感谢您指正，这个是我的问题；第三个问题的话我确实目前计算时间较短（因为氧化铝表面构型很奇怪就停止了），我会再看一下文献；