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[分子对接] 求助,vina批量对接部分失败

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各位大佬们好,我在用autodock vina进行批量对接时,成功了30个失败了15个,失败的原因都大差不差(如图所示),附上对接脚本的txt,请问有什么解决办法吗

202508281659377827..png (82.72 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

202508281659377827..png

jb.txt

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2#
发表于 Post on 2025-8-28 18:41:15 | 只看该作者 Only view this author
图片中列出的文件最好放出来,不然很难排查。
敬仰一针见血的指责,厌倦别有用心的赞美。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-8-29 11:26:28 | 只看该作者 Only view this author
大佬好,我又试了一下啊,还剩三个对接失败,我这是直接在Pubchem上找的smile,用openbabel转化成pdbqt的小分子配体,报错如图所示。

202508291125594153..png (105.98 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

202508291125594153..png

Amiodarone hydrochloride.pdbqt

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Laccaic acid.pdbqt

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Ebselen.pdbqt

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