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[GROMACS] 计算磷化物上面负载PTFE有机分子和水溶液时,能量最小化报错

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各位老师,我在计算一个磷化物上面负载PTFE有机分子和水溶液的MD的时候,用sobtop来生成磷化物上面负载PTFE有机分子的itp,并进行能量最小化的时候,显示 In moleculetype 'CoNiP-PTFE' 272 atoms are not bound by a potential or constraint to any other atom in the same moleculetype. 不知道该怎么改,是用sobtop生成的itp不对吗?我附上了我的itp文件

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发表于 Post on 2025-9-1 23:04:43 | 只看该作者 Only view this author
你的附件没有传上来
你是不是把CoNiP和PTFE一起传给sobtop了?如果你的负载是非共价的,应该单独构建两者的itp;如果负载是共价的就检查一下itp文件中哪些原子没有成键项

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发表于 Post on 2025-9-2 00:34:33 | 只看该作者 Only view this author
GROMACS你应该发到“分子模拟”的板块

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-2 09:01:25 | 只看该作者 Only view this author
这是我的itp和pdb文件通过网盘分享的文件:CoNiP-PTFE.itp 链接: [url]https://pan.baidu.com/s/1A5-Ptew8sep_nfti9kwV2w?pwd=jqqz 提取码: jqqz  --来自百度网盘超级会员v1的分享[/url]

CoNiP-PTFE.pdb

220.96 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-2 09:01:46 | 只看该作者 Only view this author
54687 发表于 2025-9-2 00:34
GROMACS你应该发到“分子模拟”的板块

在哪修改啊?我不太会修改

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-2 09:03:17 | 只看该作者 Only view this author
KazusaT 发表于 2025-9-1 23:04
你的附件没有传上来
你是不是把CoNiP和PTFE一起传给sobtop了?如果你的负载是非共价的,应该单独构建两者 ...

我把他两是放在一个体系里的,一起生成的itp文件

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发表于 Post on 2025-9-2 10:28:20 | 只看该作者 Only view this author
dnzjw 发表于 2025-9-2 09:01
在哪修改啊?我不太会修改

发帖的时候看清楚板块再发贴,避免扰乱论坛秩序。这次给你移动了,以后注意!

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义和含糊性,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “gromacs求助帖›” 改了,以后务必注意!

好好把置顶的社员必读贴认真看一遍再发帖。下次再这样严重违规直接删帖扣分处理
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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发表于 Post on 2025-9-2 10:32:04 | 只看该作者 Only view this author
dnzjw 发表于 2025-9-2 09:03
我把他两是放在一个体系里的,一起生成的itp文件

认真看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ4
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-2 11:01:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-9-2 10:28
发帖的时候看清楚板块再发贴,避免扰乱论坛秩序。这次给你移动了,以后注意!

如置顶的新社员必读贴、 ...

好的,谢谢sob老师,我下次一定注意

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-2 11:04:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-9-2 10:32
认真看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ4

老师,我不太明白,我的体系是CoNiP-PTFE,那我要分别算Co,Ni,P,PTFE的itp吗?

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发表于 Post on 2025-9-2 11:09:19 | 只看该作者 Only view this author
dnzjw 发表于 2025-9-2 11:04
老师,我不太明白,我的体系是CoNiP-PTFE,那我要分别算Co,Ni,P,PTFE的itp吗?

单个PTFE分子单独产生拓扑文件,整个slab单独产生拓扑文件。这就是所有需要的了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-2 11:12:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-9-2 11:09
单个PTFE分子单独产生拓扑文件,整个slab单独产生拓扑文件。这就是所有需要的了

老师,但是我的PTFE在CoNiP表面负载的,而且是在一个pdb文件里,这样能分开生成itp吗?

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发表于 Post on 2025-9-2 11:28:15 | 只看该作者 Only view this author
dnzjw 发表于 2025-9-2 11:12
老师,但是我的PTFE在CoNiP表面负载的,而且是在一个pdb文件里,这样能分开生成itp吗?

把结构文件分开,分别产生拓扑文件
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-2 14:43:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-9-2 11:28
把结构文件分开,分别产生拓扑文件

The largest distance between excluded atoms is 3.923 nm between atom 369
  and 429, which is larger than the cut-off distance. This will lead to
  missing long-range corrections in the forces and energies. If you expect
  that minimization will bring such distances within the cut-off, you can
  ignore this warning.老师,我分开后报这个错了,我是生成的时候用的是总的CoNiP-PTFE.pdb,itp分别用的是CoNiP和PTFE

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发表于 Post on 2025-9-2 15:32:32 | 只看该作者 Only view this author
dnzjw 发表于 2025-9-2 14:43
The largest distance between excluded atoms is 3.923 nm between atom 369
  and 429, which is larg ...

大概率是拓扑文件有问题,在top文件里仔细看看这两个原子有关的项并且仔细检查结构

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