能量最小化错误

浅原问问 · 发表于 Post on 2017-4-11 18:46:28

各位老师好，我生成了top文件和gro文件之后做能量最小化，发现没有生成em.log, em.tpr,em.gro这些正常的输出,只有一个output文件，里面是这样的错误提示,说是top文件名不存在或者对不上，但我检查top文件没有发现什么问题。重新又生成一遍还是这样，请问各位老师这个该怎么解决？辛苦老师了，非常非常感谢！

wbn · 发表于 Post on 2017-4-12 01:07:55

报错原因是在你的topol.top文件里[ atomtypes ]里面设置的原子质量都是0. “top文件名不存在或者对不上” 这句话的意思是topol.tpr 文件不存在，而grompp这步就出错了所以没法生成topol.tpr

浅原问问 · 发表于 Post on 2017-4-12 09:41:29

wbn 发表于 2017-4-12 01:07
报错原因是在你的topol.top文件里[ atomtypes ]里面设置的原子质量都是0. “top文件名不存在或者对不上” ...

谢谢老师！可是我翻了翻以前做成功的动力学，发现成功的top里面[ atomtypes ]里的原子质量和charge也都是0.我觉得是不是还有别的原因？

sobereva · 发表于 Post on 2017-4-12 10:59:34

[ atomtypes ]里可以不设电荷和质量，但是你在[ atoms ]里得设，你的这部分对B都没定义质量（都是0）
14145 B 577 BF4 B1 14145 0.980064 0.00000 ; qtot 448.979
请注意上传文本类型的大文件前（如你当前的top）一定要压缩，以节约论坛空间和减少下载耗时

浅原问问 · 发表于 Post on 2017-4-12 15:23:08

sobereva 发表于 2017-4-12 10:59
[ atomtypes ]里可以不设电荷和质量，但是你在[ atoms ]里得设，你的这部分对B都没定义质量（都是0）
1414 ...

哦。。。我明白了老师。谢谢您！可是我做的步骤跟以前完全相同啊，怎么会出现这种情况呢？那我需要手动把所有的B的质量添加上去吗？

sobereva · 发表于 Post on 2017-4-12 18:17:12

浅原问问发表于 2017-4-12 15:23
哦。。。我明白了老师。谢谢您！可是我做的步骤跟以前完全相同啊，怎么会出现这种情况呢？那我需要手动把 ...

必须得添，原子哪能没有质量

wbn · 发表于 Post on 2017-4-13 03:50:08

浅原问问发表于 2017-4-12 09:41
谢谢老师！可是我翻了翻以前做成功的动力学，发现成功的top里面[ atomtypes ]里的原子质量和charge也都是 ...

你整个topol.top 文件都乱七八糟的，你的文件里有几百上千个一模一样的离子对，可是你居然将它们的topology一个个全写了出来，你只需要写一个然后在[ molecules ] 里定义你的分子数就行了，这样既方便又不容易出错。我不知道你的参数是哪儿来的，B原子除了没有质量，也没有范德华参数。整个anion部分只有原子，没有键长，键角参数。vdw参数里面有些和amber,opls-aa一样，但有些不一样。这个topology即使通过了grompp,也不可能做出有意义的结果。

我所有的topology文件都是我自己手写的，或者用我手写的代码生成的。对于这种小分子体系，topology里一些微小的变化都可能影响结果。分子的键长，键角要和实验晶体结构以及高精度的量化计算结果比对。所有的力场参数都要从一个力场中来，如果要从别的力场中找的话，要确定两个力场是compatible and transferable的。提交之前要反复检查有没有缺失错漏。

看起来你既弄不清楚top文件里每一项的含义，也不会看grompp的出错提示，所以我建议你先停下来好好读一下manual. 你至少得把gromacs学会了才能用它做出有意义的研究。

xxzj · 发表于 Post on 2021-6-21 18:35:45

本帖最后由 xxzj 于 2021-6-21 18:37 编辑

sobereva 发表于 2017-4-12 18:17
必须得添，原子哪能没有质量

老师，我进行能量最小化时出现了下面的错误，但是从top文件中没有发现问题，所以想让老师帮着看一下，是哪里出现问题了？
Fatal error:
Step 0: The total potential energy is -nan, which is not finite. The LJ and
electrostatic contributions to the energy are 34218.9 and 0, respectively. A
non-finite potential energy can be caused by overlapping interactions in
bonded interactions or very large or Nan coordinate values. Usually this is
caused by a badly- or non-equilibrated initial configuration, incorrect
interactions or parameters in the topology.

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[GROMACS] 能量最小化错误

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