求助：如何将三斜晶体转化成正交晶体结构？

Lisy · 发表于 Post on 2025-9-4 09:43:28

我想对我这个晶体结构做MD模拟，但他是三斜晶系的，请问各位老师如何将三斜晶体转化成正交晶体结构？

Uus/pMeC6H4-/キ · 发表于 Post on 2025-9-4 11:02:16

为啥这个cif文件第一行说由pymatgen生成，是从什么原始结构修改来的吗，或者是下载自文献报道的补充材料？在COD搜索该化学式能找到单斜的COD-1529608与三方的COD-1529809两个结构，倒是可能容易正交化一点（不过由于分数占据的原子，还得小心处理）。
完全不对称的三斜晶格强行正交化后的超胞庞大无比，后续模拟的计算量想必不小。atomsk的orthogonal-cell选项号称能处理任意晶格矢量，或许可以试试看实际效果如何。

Lisy · 发表于 Post on 2025-9-4 11:13:21

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-9-4 11:02
为啥这个cif文件第一行说由pymatgen生成，是从什么原始结构修改来的吗，或者是下载自文献报道的补充材料？ ...

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