求助：有机小分子拓扑文件制作工具

crush · 发表于 Post on 2025-9-4 10:57:18

各位老师好，对于产生Gromacs的小分子拓扑文件，我一直使用的是Multiwfn+Sobtop工具组合。最近在学习膜蛋白的模拟时，发现一篇博客上写的，CHARMM-GUI这个网站可以在线做gromacs的蛋白及小分子的拓扑文件，所以想请问下各位老师，CHARMM-GUI这个工具如何,？在线的会不会更方便一些？值不值得系统的使用一下呢？

student0618 · 发表于 Post on 2025-9-4 12:45:42

它限制非商业用途的。而且solution builder不支持gromacs的十二面体盒子，用它预处理的话想用非方形盒子就要用手动换盒子。

是有它的强项，但要批量处理、更灵活的话用本地的工具更有效率。

KazusaT · 发表于 Post on 2025-9-4 15:50:57

用来构建膜蛋白体系还是很好用的，构建小分子拓扑文件没什么必要，用sobtop效率更高，也更灵活

sobereva · 发表于 Post on 2025-9-4 18:51:23

我个人非常讨厌CH****-GUI，注册限制审核巨**，几个邮箱注册都不给通过，最后就连使用keinsci私有域名的邮箱注册都通不过。

蛋白质拓扑文件直接用pdb2gmx就完了，小分子拓扑文件用sobtop就完了，用CH****-GUI完全多此一举。在线的怎么会更方便，明明离线的才更方便，都不用注册、登录、浏览器访问、上传/下载文件，纯文本环境也能用，而且基于文本的离线工具可以非常方便地写入脚本里自动化。

crush · 发表于 Post on 2025-9-5 08:48:54

sobereva 发表于 2025-9-4 18:51
我个人非常讨厌CH****-GUI，注册限制审核巨**，几个邮箱注册都不给通过，最后就连使用keinsci私有域名的邮 ...

明白了，谢谢老师的解答

crush · 发表于 Post on 2025-9-5 08:49:40

student0618 发表于 2025-9-4 12:45
它限制非商业用途的。而且solution builder不支持gromacs的十二面体盒子，用它预处理的话想用非方形盒子就 ...

好的，谢谢您~

crush · 发表于 Post on 2025-9-5 09:14:30

KazusaT 发表于 2025-9-4 15:50
用来构建膜蛋白体系还是很好用的，构建小分子拓扑文件没什么必要，用sobtop效率更高，也更灵活

哦哦明白了，谢谢您

jackshoulder · 发表于 Post on 2025-9-5 09:46:59

CHARMM-GUI处理膜系统，的确挺好，但现在处理膜系统的工具有更好的替代，见文献“https://doi.org/10.1021/acs.jcim.5c00069”。处理小分子，真不如sobtop，并且CHARMM-GUI有时候在处理小分子的时候，去跑动力学，会报错的，我们组早期就是用这个生成参数文件，跑动力学各种error，用sobtop基本上会解决所用CHARMM-GUI中遇到的error。尽管sobtop没有发表于期刊，但其功能非常强大，比发表的ParaMol工具（https://doi.org/10.1021/acs.jcim.0c01444）都还要好用。

KazusaT · 发表于 Post on 2025-9-5 15:36:59

jackshoulder 发表于 2025-9-5 09:46
CHARMM-GUI处理膜系统，的确挺好，但现在处理膜系统的工具有更好的替代，见文献“https://doi.org/10.1021/ ...

学习了，之前做一些膜蛋白相关的模拟苦于packmol不太方便组装蛋白和磷脂分子所以一种用charmm-gui

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