求助研究一种乳酸和一种季铵盐在不同盐浓度下的吸附情况的力场选择

风神Mukhta · 发表于 Post on 2025-9-4 14:52:15

各位老师好，我正在研究一种乳酸和一种季铵盐在不同盐浓度下的吸附情况，打算选用两种分子的离子态，即乳酸根和季铵阳离子进行分子模拟。首先有个疑问就是，我是否可以将上述两种分子使用sobtop产生基于GAFF力场的拓扑文件（也就是在gromacs模拟中仅使用GAFF力场），体系盐浓度的变化就是改变体系中Na+和Cl-的数量，水分子的话使用SPC/E模型来实现我的模拟目标。其次是模拟结束后，我除了使用分析两分子间的离子作用力来评价吸附情况，还能使用什么参数来描述？（预期盐浓度越高，吸附量越少）

KazusaT · 发表于 Post on 2025-9-4 15:48:21

1. 水模型用OPC或OPC3好一些
2. 没有理解你说的吸附是什么意思，你是想要分析乳酸根和季铵阳离子的相互作用？

风神Mukhta · 发表于 Post on 2025-9-4 16:08:03

KazusaT 发表于 2025-9-4 15:48
1. 水模型用OPC或OPC3好一些
2. 没有理解你说的吸附是什么意思，你是想要分析乳酸根和季铵阳离子的相互作 ...

1.感谢回复
2.可能从宏观实验上说是吸附，我想研究的确实是乳酸根和季铵阳离子的相互作用，目前不太明确该怎么分析模拟结果

sobereva · 发表于 Post on 2025-9-4 18:46:41

用sobtop那么产生拓扑文件没问题。对于描述水环境的目的，SPC/E并不比OPC3和更贵的OPC更差

这不叫吸附，只能叫做分子间结合。先把轨迹跑出来，结合模拟结果考虑能分析什么，比如乳酸附近特定距离内季铵阳离子的平均数目等

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[GROMACS] 求助研究一种乳酸和一种季铵盐在不同盐浓度下的吸附情况的力场选择

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