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[综合交流] 求助:关于分子运动轨迹图的疑问

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请问文献上这种分子运动轨迹图的横纵坐标是怎么和轨迹画在一起 的呢?VMD只能画出运动轨迹路线

分子轨迹图.png (335.52 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

分子轨迹图.png

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发表于 Post on 2025-9-4 22:18:29 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 student0618 于 2025-9-4 22:19 编辑

get xy coordinates and timestep into e.g. excel
plot xy coordinates in a scatter graph using any plotting software, colored by timestep
敬仰一针见血的指责,厌倦别有用心的赞美。

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发表于 Post on 2025-9-4 22:24:23 | 只看该作者 Only view this author
使用VMD得到质心的坐标随时间变化之后用很多软件都能画出类似的图吧 origin或者python都可以

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