如何批量将小分子PDB转化为PDBQT并进行MMFF94能量最小化

志同道合

之前在做虚拟筛选的时候，我使用openbable批量将小分子pdb转化为pdbqt并进行能量最小化，结果发现生成的pdbqt中小分子有很多都出现了问题（例如五元环不相邻的原子间互相成键），请问有没有什么软件可以正确的批量将小分子pdb转化为pdbqt并进行能量最小化，然后可以用于vina进行分子对接的吗？

student0618

openbabel可以的，但最好用有正确成键关係的格式e.g. sdf 或 mol2 obabel 最小化， 再转换pdb 和 pdbqt。

转pdbqt一步我个人比起openbabel 较习惯用autodocktools自带的 prepare_ligand4.py。

HNUST

openbabel将sdf（2d）转mol2（3d）是不是有缺陷？

Uus/pMeC6H4-/キ

是哪个数据库会提供没有三维立体结构的pdb文件？
听说xtb的GFN-FF有一个把二维sdf文件转三维结构的功能，不知道效果如何。

从之前http://bbs.keinsci.com/thread-53800-1-1.html就类似的SMILES字符串转三维结构的讨论看，完全自动化且高度健壮的解决方案还没出现呢……

志同道合

student0618 发表于 2025-9-5 00:09
openbabel可以的，但最好用有正确成键关係的格式e.g. sdf 或 mol2 obabel 最小化， 再转换pdb 和 pdbqt。
...

请问prepare_ligand4.py可以进行批量的能量最小化并转换为pdbqt吗，应该如何操作呢？我之前使用过prepare_ligand4.py，但是好像只能一个一个转化。

student0618

志同道合 发表于 2025-9-5 09:48
请问prepare_ligand4.py可以进行批量的能量最小化并转换为pdbqt吗，应该如何操作呢？我之前使用过prepare ...

能量最小化用obabel 如果 3有问题换2.4.x版本，指令参考http://sobereva.com/440

prepare ligand4 批量转pdbqt 用bash脚本一个for loop搞定的事

例如 有一个文件 all_smi.txt，只有一栏，一行一个SMILES的

for i in `cat all_smi.txt`; do
    obabel 将 $i 换sdf最小化的指令
    obabel 将最小化sdf换prepare ligand4输入格式的指令
    prepare_ligand4 转pdbqt
done