特别大的pdb文件如何转为xyz文件

菲比的洪均 · 发表于 Post on 2025-9-8 17:04:09

各位老师好，本人在用cp2k计算完动力学后产生了pdb轨迹文件，有75000步，文件大小为1.59GB，目前想把pdb文件转化为xyz文件，查看了论坛里面的方法，不管是通过Multiwfn，还是VMD还是openbabe进行转化，都由于文件太大，转化加载的过程中都会卡住，请问一下各位老师还有没有其他的方法呢。

pal · 发表于 Post on 2025-9-8 17:08:23

感觉是windows版本的内存限制，换linux版本，或者自己写一下小程序，也可以ai代写，反正不难写

乐平 · 发表于 Post on 2025-9-8 17:52:37

先说说你为什么要把 pdb 格式的轨迹文件转换成 xyz 格式吧。

在我看来，完全没必要转换格式呀，而且 pdb 文件还天然带有晶胞参数，而 xyz 格式丢失了晶胞参数。

sobereva · 发表于 Post on 2025-9-8 19:57:03

VMD载入轨迹的界面可以选择载入哪些帧，每次只载入比如10000帧，然后保存成xyz轨迹。反复如此转换轨迹的每一段，最后合并所有xyz轨迹文件。
另外，如果不是非得用xyz格式不可，强烈建议保存成（CP2K最好直接输出成）dcd二进制轨迹格式，尺寸比xyz和pdb都小得多

菲比的洪均 · 发表于 Post on 2025-9-8 20:10:35

乐平发表于 2025-9-8 17:52
先说说你为什么要把 pdb 格式的轨迹文件转换成 xyz 格式吧。

在我看来，完全没必要转换格式呀，而且 pdb ...

是这样的老师，我的脚本分析只能是对xyz文件进行分析，所以想转一下

菲比的洪均 · 发表于 Post on 2025-9-8 20:10:52

sobereva 发表于 2025-9-8 19:57
VMD载入轨迹的界面可以选择载入哪些帧，每次只载入比如10000帧，然后保存成xyz轨迹。反复如此转换轨迹的每 ...

好的，谢谢老师

菲比的洪均 · 发表于 Post on 2025-9-8 20:11:07

pal 发表于 2025-9-8 17:08
感觉是windows版本的内存限制，换linux版本，或者自己写一下小程序，也可以ai代写，反正不难写

谢谢老师，我试一下

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