HAP体系MD模拟后水溶液出现真空区

wanwen

卢老师，您好。
我目前模拟的体系是多肽吸附在HAP(羟基磷灰石)表面，以下是md.mdp的内容
title                = MD simulation
define      =
; Run parameters
integrator        = md               
nsteps                = 2500000       
dt                    = 0.001;
; Output control
nstxout                        = 5000               
nstvout                        = 5000               
nstenergy                = 5000               
nstlog                        = 5000               
nstxout-compressed  = 5000      

compressed-x-grps   = System   
; Bond parameters
continuation                = yes               
constraint_algorithm    = lincs            
constraints                    = h-bonds   
lincs_iter                    = 1                  
lincs_order                    = 4                  
; Neighborsearching
cutoff-scheme   = Verlet
ns_type                    = grid               
nstlist                    = 10            
rcoulomb            = 1.2               
rvdw                    = 1.2               
; Electrostatics
coulombtype            = PME               
pme_order            = 4                    
fourierspacing        = 0.16               
; Temperature coupling is on
tcoupl                = V-rescale                   
tc-grps                = Protein PHS PH1 PH2 HYD CA8         water_and_ions
tau_t                = 0.1          0.1 0.1  0.1    0.1  0.1  0.1
ref_t                = 300           300  300  300   300   300  300
; Pressure coupling is on
pcoupl                        = C-rescale          
pcoupltype                = isotropic                   
tau_p                        = 2.0                           
ref_p                        = 1.0                           
compressibility     = 4.5e-5                   

; Periodic boundary conditions
pbc                = xyz               
; Dispersion correction
DispCorr        = EnerPres       
; Velocity generation
gen_vel                = no               

以下是图：

模拟前面几个阶段包括NPT没有出现这种情况，另外，我之前有把HAP中间层进行了固定，上下表面以及其他部分未固定，采用Parrinello-Rahman，Berendsen 来跑MD也是会出现真空区的情况，请老师您多多指教和批评。非常感谢。

sobereva

用semiisotropic方式控压，否则z方向盒子尺寸没法合理调节

控温组别划分得那么细碎，有害无益。slab、蛋白以外应当当一个控温组。

没事甭写多余的fourierspacing        = 0.16

wanwen

sobereva 发表于 2025-9-9 11:45
用semiisotropic方式控压，否则z方向盒子尺寸没法合理调节

控温组别划分得那么细碎，有害无益。slab、蛋 ...

谢谢老师对我的帮助。另外我在用NPT.mdp跑的时候出现：ERROR 1 [file npt.mdp, line 46]:
  Right hand side '2.0 2.0' for parameter 'tau_p' in parameter file is not a real value
.mdp内容为：
pcoupl          = Berendsen
pcoupltype        =        semiisotropic
tau_p           = 2.0 2.0
ref_p           = 1.0 1.0
compressibility = 4.5e-5  4.5e-5
refcoord_scaling    = com
请老师指教。

KazusaT

wanwen 发表于 2025-9-9 20:40
谢谢老师对我的帮助。另外我在用NPT.mdp跑的时候出现：ERROR 1 [file npt.mdp, line 46]:
  Right hand  ...

tau_p是压力耦合的时间常数，可以粗浅的理解为压力的变化速率，这个值对两个方向是一样的，不要像ref_p那样设两次

wanwen

KazusaT 发表于 2025-9-9 22:58
tau_p是压力耦合的时间常数，可以粗浅的理解为压力的变化速率，这个值对两个方向是一样的，不要像ref_p那 ...

好呢，谢谢您