请教关于二面角类型转换的方法

zwli

各位老师好，我想请教一个关于二面角类型转换的方法。我用AmberTools25和acpype生成了gaff的力场文件，然后获得的二面角都是type9类型的。但是为了将关键二面角拟合的更精准，想将这些type9替换为type3，是否有方法呢？

snljty2

type3并不会比type9更精确呀，type3只有6项，而type9不限制项数，原理上任意Fourier级数收敛的周期函数都可以用Fourier展开得到完全精确的func9形式表达式。如果你非要换算，看手册（Reference manual）Topologies一节中File formats里面Table 14以及Interaction function and force fields一节Bonded interactions里面Proper dihedrals: Ryckaert-Bellemans function一段。
另外，由于你用柔性扫描或者其他方法获得的用来拟合数据点个数有限，并不是项数越多，越和拟合曲线一点儿不差就越好，因为有存在过拟合(overfitting)的可能。