化学交联蛋白二聚体怎么建模和获取拓扑文件

KazusaT

最近看到一篇文献，对化学交联剂交联的一个蛋白二聚体进行了模拟，用的gromacs，但细节基本没写https://doi.org/10.1038/s41467-024-45703-3

不知道他这里将两个序列用交联剂交联后是怎么获取拓扑文件的。比如说A和B是两个蛋白吧，假设用一个亚甲基连起来（仅供讨论建模），我唯一想到的方法是在gmx2pdb后手动在gro中添加原子，在itp/top中写对应的键、二面角等（参数可以来自sobtop等），这样gromacs能正确读取吗？
或者各位老师有什么好的办法？

student0618

应该是相连部分当非标准残基处理，可参考sobtop/Multiwfn相关章节。

KazusaT

student0618 发表于 2025-9-12 03:19
应该是相连部分当非标准残基处理，可参考sobtop/Multiwfn相关章节。

这样的话处理连接部分应该还是要去坐标文件和top文件里更改一些参数才能连接起来吧？

yuechenghua

类似于工字形的结构吗，如果是可以参考gromacs中specbond.dat用法中的二硫键，只要你建模没问题，残基名对就可以用这个连起来，pdb2gmx生成拓扑。

KazusaT

yuechenghua 发表于 2025-9-12 18:38
类似于工字形的结构吗，如果是可以参考gromacs中specbond.dat用法中的二硫键，只要你建模没问题，残基名对 ...

对的，是工字形结构，我研究一下。