计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 450|回复 Reply: 6
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Material Studio] MS2024中没有二价锰离子力场应该怎么办 分子动力学模拟

[复制链接 Copy URL]

11

帖子

0

威望

93

eV
积分
104

Level 2 能力者

我想要对我的电池电解质溶液进行分子动力学模拟计算 电解质为0.5M/L硫酸锰+0.5M/L硫酸钠+0.1M/L甘氨酸 但是在MS2024版本中Forcite模块力场选择里面找不到二价锰离子的力场

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124694

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2025-9-13 01:50:17 | 只看该作者 Only view this author
推荐用免费、用户数是M$的N倍、强大得多,而且速度甩M$几条街的GROMACS干这个事。GROMACS里可以用Merz的离子力场,各种过渡金属离子都几乎定义全了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

11

帖子

0

威望

93

eV
积分
104

Level 2 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-13 09:14:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-9-13 01:50
推荐用免费、用户数是M$的N倍、强大得多,而且速度甩M$几条街的GROMACS干这个事。GROMACS里可以用Merz的离 ...

好的 谢谢老师

2

帖子

0

威望

17

eV
积分
19

Level 1 能力者

4#
发表于 Post on 2025-10-1 16:43:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-9-13 01:50
推荐用免费、用户数是M$的N倍、强大得多,而且速度甩M$几条街的GROMACS干这个事。GROMACS里可以用Merz的离 ...

老师,我也是这种问题,用MS没有过渡金属的离子力场,我想问一下老师您说的这个Merz的离子力场去哪找呢

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124694

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 2025-10-2 06:28:59 | 只看该作者 Only view this author
极乐 发表于 2025-10-1 16:43
老师,我也是这种问题,用MS没有过渡金属的离子力场,我想问一下老师您说的这个Merz的离子力场去哪找呢

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX)幻灯片,直接去原文里拷参数,自己往GROMACS的[atomtypes]和ions.itp里补充

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

1209

帖子

6

威望

2440

eV
积分
3769

Level 5 (御坂)

傻傻的木瓜

6#
发表于 Post on 2025-10-2 11:21:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-10-2 06:28
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX)幻灯片,直接去原文里拷参数,自 ...

社长,此处Merz的离子力场应该不是反应力场、仍然不能像量子化学那样描述过渡金属离子的配位键生成和断裂吧?但是水合过渡金属离子在水溶液里面必然发生第一配位层的配体水分子与溶剂水分子交换的过程,这种解离-配位不也算配位键改变的化学反应么?(我知道有些意见认为这种静电主导的相互作用不算配位键,但我觉得二者之间并无明显界限。)是否应理解为此类经典分子力场用键长键角二面角、LJ势、库伦作用能有限描述少数配体交换过程(对算RDF和MSD等目的精度还算够),实际能不能用还必须看配体性质(配位原子、净电荷、配位键是否为单重键、是否涉及pi-反馈等)具体分析?

这个问题是之前我这帖的问题的延续。
√546=23.36664289109

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124694

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 2025-10-2 11:54:59 | 只看该作者 Only view this author
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-10-2 11:21
社长,此处Merz的离子力场应该不是反应力场、仍然不能像量子化学那样描述过渡金属离子的配位键生成和断裂 ...

轨道相互作用对于研究的问题起到关键作用时,Merz离子力场光靠范德华、静电作用项无法合理描述。Merz离子力场结合其中适合的参数(专门为重现配位数搞的)虽然可以重现好与水的配位数,但是与比如N配位、与水的相互作用曲线、配位的立体结构特征,就没法认为准确或靠谱,也不适合拿来描述反应过程。

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +2 收起 理由
Reason
Uus/pMeC6H4-/キ + 2 正解

查看全部评分 View all ratings

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-1-25 05:36 , Processed in 0.511425 second(s), 26 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list