计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 363|回复 Reply: 9
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[CP2K] 求助:NCM811电极界面处小分子脱氢反应的计算问题

[复制链接 Copy URL]

94

帖子

0

威望

1005

eV
积分
1099

Level 4 (黑子)

老师您好,最近参考一篇文献关于电池电极NCM-811晶面上有机小分子脱氢反应前后吉布斯自由能的计算,我自己的课题也想做相关的计算,有以下几个问题问题需要请教老师:(1)在计算能量前,是不是要分别搭建脱氢前(H还接在小分子上)和脱氢后(H转移到界面上)的两种模型,然后分别进行几何优化,再算能量?(2)如果(1)的陈述正确,那么文献中(如下图所示)一个图里面脱了1个氢,另一个图里面脱了2个氢,那么脱几个氢是人为确定的吗?(3)老师,这部分的计算我参考了“第四届北京科音CP2K第一性原理计算培训班”的资料中,在“过渡态搜索和反应路径的产生”这一节的案例“NEB实例5 Au(111)表面H2分子解离”去做几何优化,我感觉H2分子解离和上述的脱氢反应有点类似,是否合适呢?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124668

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2025-9-13 01:44:26 | 只看该作者 Only view this author
1 是

2 如果已知机理就按机理计算。如果不知道就自己尝试计算,脱一个、两个...,且分步脱和协同脱的情况都考虑

3 可以参考那个例子
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

94

帖子

0

威望

1005

eV
积分
1099

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-13 13:54:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-9-13 01:44
1 是

2 如果已知机理就按机理计算。如果不知道就自己尝试计算,脱一个、两个...,且分步脱和协同脱的情 ...

非常感谢卢老师的指导!我参加的CP2K第一性原理培训班,培训资料中的案例非常全非常多,且讲解得非常详细,很受用!

94

帖子

0

威望

1005

eV
积分
1099

Level 4 (黑子)

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-17 02:23:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-9-13 01:44
1 是

2 如果已知机理就按机理计算。如果不知道就自己尝试计算,脱一个、两个...,且分步脱和协同脱的情 ...

老师,我现在已经参考案例“NEB实例5 Au(111)表面H2分子解离”完成了几何优化,然后现在第二步需要分别计算体系的吉布斯自由能,这一步该如何去计算呢?是否需要结合Shermo程序去计算?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124668

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 2025-9-17 03:08:06 | 只看该作者 Only view this author
Dreamer1 发表于 2025-9-17 02:23
老师,我现在已经参考案例“NEB实例5 Au(111)表面H2分子解离”完成了几何优化,然后现在第二步需要分别 ...

看培训里“热力学量与能量相关属性的计算”部分。结合Shermo计算
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

94

帖子

0

威望

1005

eV
积分
1099

Level 4 (黑子)

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-18 10:32:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-9-17 03:08
看培训里“热力学量与能量相关属性的计算”部分。结合Shermo计算

好的,老师,像这种大小的体系用cp2k跑几何优化,我这边在超算平台上跑,用多少核跑比较合适?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124668

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 2025-9-18 23:37:11 | 只看该作者 Only view this author
Dreamer1 发表于 2025-9-18 10:32
好的,老师,像这种大小的体系用cp2k跑几何优化,我这边在超算平台上跑,用多少核跑比较合适?

至少30-40核,有更多核可以免费用的话可以再多给点
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

94

帖子

0

威望

1005

eV
积分
1099

Level 4 (黑子)

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-19 16:45:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-9-18 23:37
至少30-40核,有更多核可以免费用的话可以再多给点

好的老师,我用的64核做的,速率还行,如果再增加核数,比如到128,估计没必要那么多了吧,是不是会浪费资源了

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124668

管理员

公社社长

9#
发表于 Post on 2025-9-20 02:43:10 | 只看该作者 Only view this author
Dreamer1 发表于 2025-9-19 16:45
好的老师,我用的64核做的,速率还行,如果再增加核数,比如到128,估计没必要那么多了吧,是不是会浪费 ...

你那种大小的体系,128核不会比64核速度有可查觉的提升
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

102

帖子

1

威望

1545

eV
积分
1667

Level 5 (御坂)

10#
发表于 Post on 2025-11-25 18:27:21 | 只看该作者 Only view this author
同学,请问你这个例子中,NCM811结构在CP2K中可以正常收敛吗?这些元素的磁性你是如何设置的呢?

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-1-24 01:12 , Processed in 0.273590 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list