求助，全氟羧酸在能量最小化或NVT 模拟后会出现不合理的键连接

JAM452

请教一下大家，如图分子在模拟过程中会出现不合理的键，且无法进入预期口袋。有什么解决方法么？

重复了几次，也尝试了不同的原子电荷计算方法、修改1-4作用项，但问题没有得到解决。要么在能量最小化时出现，要么是在NVT 模拟出现。

有时在存在不合理键的情况下，能正常结束md模拟且md.gro文件中分子停留在口袋中，

但在后续的轨迹分析中分子会离开口袋

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2025-9-15 23:01 上传 Uploaded

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student0618

检查拓朴文件实际的成键关係。

如果是可视化软件按距离判断成键无需理会。

JAM452

student0618 发表于 2025-9-14 23:48
检查拓朴文件实际的成键关係。

如果是可视化软件按距离判断成键无需理会。

感谢回复！itp文件bonds下不存在F-F项，可视化软件使用的是pymol。我正在做后处理，看一下结果有没有其他不合理的地方。

JAM452

student0618 发表于 2025-9-14 23:48
检查拓朴文件实际的成键关係。

如果是可视化软件按距离判断成键无需理会。

你好，能再帮忙看一下我的问题吗？在后续轨迹分析中发现小分子会远离口袋

student0618

JAM452 发表于 2025-9-15 23:14
你好，能再帮忙看一下我的问题吗？在后续轨迹分析中发现小分子会远离口袋

這種大概率是週期性邊界的事，而不是真的跑出來了。trjconv先處理好pbc再看軌跡。

JAM452

student0618 发表于 2025-9-15 23:59
這種大概率是週期性邊界的事，而不是真的跑出來了。trjconv先處理好pbc再看軌跡。

感谢您的回复！我在轨迹分析前是有进行预处理的，我原本的操作是：
1. gmx trjconv -f ../md.xtc -s ../md.tpr -pbc mol -o fixed.xtc
和2. gmx trjconv -f fixed.xtc -pbc nojump -o nojump.xtc

按照您提供的思路，调整了 trjconv 命令，单独使用“gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc -o md.xtc -pbc mol -ur compact”进行预处理，这样是可以让小分子始终停留在口袋位置，但感觉这样只是视觉效果麻烦您再指点一下，非常感谢！

student0618

JAM452 发表于 2025-9-16 23:52
感谢您的回复！我在轨迹分析前是有进行预处理的，我原本的操作是：
1. gmx trjconv -f ../md. ...

Nojump 很可能会越跑越远。

继续学习的话最好了解一下分子模拟中何谓PBC、它有什么用。

JAM452

student0618 发表于 2025-9-17 00:10
Nojump 很可能会越跑越远。

继续学习的话最好了解一下分子模拟中何谓PBC、它有什么用。

感谢指路！现在能做出MMPBSA能量分析的结果了，但是总结合能只有 -13.15kcal/mol，比预期小很多

student0618

JAM452 发表于 2025-9-17 09:54
感谢指路！现在能做出MMPBSA能量分析的结果了，但是总结合能只有 -13.15kcal/mol，比预期小很多

under neutral pH, carboxylic acid is usually deprotonated (-1), you may need to use the deprotonated form to model the binding.

(This computer does not have Chinese input)

JAM452

student0618 发表于 2025-9-17 10:54
under neutral pH, carboxylic acid is usually deprotonated (-1), you may need to use the deprotonat ...

超感谢！