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[GROMACS] em过程GFC4分子其中一个键断裂

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本帖最后由 niuwenjin 于 2025-9-15 19:31 编辑

我构建了一个化合物GFC4(带两个钠离子),然后想看它在溶液中的表面张力,通过Packmol构建了1个GFC4分子 2个Na 1000个水分子的模型,mix.pdb。
现在遇到的问题是em成功后,GFC4分子中 S-C键一直是断裂状态。
其中GFC4.itp是通过构象搜索(没带钠离子,电荷一直是-2)确定后用Sobtop 程序生成,Packmol 所需的pdb文件是Sobtop产生的gro文件通过Multiwfn转化而成。
现在遇到的问题是em成功后,GFC4分子中 S-C键一直是断裂状态。
我看了对应的bond选项,是有定义的。请问各位老师,怎么解决呀?

断键显示.png (236.57 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

断键显示.png

mix.pdb

246.19 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

em.gro

138.01 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

mix.top

1.07 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

GFC4.itp

51.17 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

em.mdp

384 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0

GFC4.pdb

5.51 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

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发表于 Post on 2025-9-16 04:26:06 | 只看该作者 Only view this author
bond项里都没S14-C15项,不断键才怪
要给sobtop用mol2文件,并且确保gview里看到的成键关系正确后再保存成mol2文件。给sobtop pdb文件会根据键长猜,可能猜错
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-16 09:38:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-9-16 04:26
bond项里都没S14-C15项,不断键才怪
要给sobtop用mol2文件,并且确保gview里看到的成键关系正确后再保存成 ...

谢谢老师,我去修改下

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-16 10:12:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-9-16 04:26
bond项里都没S14-C15项,不断键才怪
要给sobtop用mol2文件,并且确保gview里看到的成键关系正确后再保存成 ...

社长,我发现经过构象搜索后产生的文件生成的cluster.xyz在VMD中是S14-C15是成键的,但导出mol2格式放在gview后是不成键的
我通过 gview File - Preferences,修改成键规则,使其成键,这样是否合理呀

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发表于 Post on 2025-9-16 21:07:22 | 只看该作者 Only view this author
niuwenjin 发表于 2025-9-16 10:12
社长,我发现经过构象搜索后产生的文件生成的cluster.xyz在VMD中是S14-C15是成键的,但导出mol2格式放在g ...

极少数目没判断对成键的情况,直接用bond工具连上就完了,没必要为此改全局的判据
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