求助：隐式溶剂模型计算分子的结合能结果为正

pozumer

各位老师好，我在计算探针分子A和水分子B在酸性环境下的结合能时，采取了在旁边加了一个氢离子的方法，但是计算结合能的时候，用共同优化后的反应物结构能量E（AB）减掉探针分子的能量E（A）和水分子的能量E（B）后发现是结合能是正值，其中单独计算水和探针分子的能量E（A）、E（B）时都带上了代表酸性环境的氢离子，请问这种情况怎么解决呢？

sobereva

水当中没有独立的氢离子存在，“旁边加了一个氢离子”毫无意义。B要么是水分子，要么是水合质子

pozumer

sobereva 发表于 2025-9-25 02:56
水当中没有独立的氢离子存在，“旁边加了一个氢离子”毫无意义。B要么是水分子，要么是水合质子

感谢sob老师的热心回复。sob老师，水合氢质子的取向是否对计算结合能造成影响，是不是应该尽量让氢质子不与探针分子形成分子间弱相互作用。

sobereva

pozumer 发表于 2025-9-25 15:58
感谢sob老师的热心回复。sob老师，水合氢质子的取向是否对计算结合能造成影响，是不是应该尽量让氢质子不 ...

肯定会有影响。存在弱相互作用肯定没法避免，优化完了该在哪在哪。只不过初猜结构的不同会影响收敛的结构

sxp

sobereva 发表于 2025-9-26 01:22
肯定会有影响。存在弱相互作用肯定没法避免，优化完了该在哪在哪。只不过初猜结构的不同会影响收敛的结构

老师您好，有两个问题想请请教一下老师，
1.要算反应物不同反应位点和进攻试剂的结合能，旁边还有个水分子（接收反应产生的质子），做完opt+freq后的结构，有三个反应位点，其中两个反应位点和进攻试剂优化完直接结合上了，但有一个反应位点和进攻试剂没有结合上，要看位点反应的倾向性，能用现在的结构直接计算结合能吗老师。
2.隐式溶剂模型下算结合能，读取的能量是最后一轮的电子能量SCF Done，还是电子能量加上吉布斯校正能 Sum of electronic and thermal Free Energies后面的能量值呢。

sobereva

sxp 发表于 2026-6-4 12:35
老师您好，有两个问题想请请教一下老师，
1.要算反应物不同反应位点和进攻试剂的结合能，旁边还有个水分 ...

1 如果是指对反应复合物优化完就直接成键了，要么当前是无势垒反应，要么是初猜结构下两个反应物放得太近所致。先弄清楚是什么情况
2 仔细把下文看了便知
谈谈分子间结合能的构成以及分解分析思想
http://sobereva.com/733（http://bbs.keinsci.com/thread-50890-1-1.html）