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[新手求助] 求助:隐式溶剂模型计算分子的结合能结果为正

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各位老师好,我在计算探针分子A和水分子B在酸性环境下的结合能时,采取了在旁边加了一个氢离子的方法,但是计算结合能的时候,用共同优化后的反应物结构能量E(AB)减掉探针分子的能量E(A)和水分子的能量E(B)后发现是结合能是正值,其中单独计算水和探针分子的能量E(A)、E(B)时都带上了代表酸性环境的氢离子,请问这种情况怎么解决呢?

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发表于 Post on 2025-9-25 02:56:46 | 只看该作者 Only view this author
水当中没有独立的氢离子存在,“旁边加了一个氢离子”毫无意义。B要么是水分子,要么是水合质子
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-25 15:58:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-9-25 02:56
水当中没有独立的氢离子存在,“旁边加了一个氢离子”毫无意义。B要么是水分子,要么是水合质子

感谢sob老师的热心回复。sob老师,水合氢质子的取向是否对计算结合能造成影响,是不是应该尽量让氢质子不与探针分子形成分子间弱相互作用。

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发表于 Post on 2025-9-26 01:22:39 | 只看该作者 Only view this author
pozumer 发表于 2025-9-25 15:58
感谢sob老师的热心回复。sob老师,水合氢质子的取向是否对计算结合能造成影响,是不是应该尽量让氢质子不 ...

肯定会有影响。存在弱相互作用肯定没法避免,优化完了该在哪在哪。只不过初猜结构的不同会影响收敛的结构
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