计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 302|回复 Reply: 11
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[CP2K] 求助CeO2优化过程中Total charge density的数值问题

[复制链接 Copy URL]

34

帖子

0

威望

148

eV
积分
182

Level 3 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
老师我想问一下,我刚才在跑含一个氧空位的CeO2(111)表面时输出了如下内容


Total charge density on r-space grids:        0.0000000879
Total charge density g-space grids:           0.0000000879



我看了这个帖子https://www.cp2k.org/faq:cutoff上说上面两个输出数值应该小于10的-8次方,但我这两个数值都比10的-8次方大,我想问一下老师您这问题应该怎么解决@Uus/pMeC6H4-/キ

202509281357198048..png (79.63 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

202509281357198048..png

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124671

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2025-9-28 14:13:31 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义和含糊性,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “CeO2优化过程中几何优化不收敛的解决方法” 改了,以后务必注意

当前问题和几何优化不收敛根本没有丝毫关系,标题不要乱写
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124671

管理员

公社社长

3#
发表于 Post on 2025-9-28 14:14:43 | 只看该作者 Only view this author
根本不需要解决,没什么可解决的,至少不给出输入文件的情况下没法进行更多评论
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

34

帖子

0

威望

148

eV
积分
182

Level 3 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-28 14:59:11 | 只看该作者 Only view this author
抱歉社长,我以后会注意的。我现在把car文件和cp2k输入文件发出来,麻烦你看一下问题出在哪

CeO2_111-Ov.car

24.12 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

CeO2_111-Ov.mdf

30.82 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

CeO2_111-Ov-opt_1.inp

22.39 KB, 下载次数 Times of downloads: 4

1208

帖子

6

威望

2432

eV
积分
3760

Level 5 (御坂)

傻傻的木瓜

5#
发表于 Post on 2025-9-28 16:05:14 | 只看该作者 Only view this author
用multiwfn加载CP2K输入文件可见盒子尺寸完全不对,三个方向都有大量真空区使得体系成了孤立团簇。不知道这建模怎么弄的,反正生成CP2K输入时给multiwfn读取结构的文件必须记录合理的晶格矢量,比如用cif之类。另外原子冻结的意义也不太清楚,在有氧空位的情况下净电荷、自旋多重度及是否需要启用smearing还得小心考虑。
√546=23.36664289109

34

帖子

0

威望

148

eV
积分
182

Level 3 能力者

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-28 18:23:55 | 只看该作者 Only view this author
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-9-28 16:05
用multiwfn加载CP2K输入文件可见盒子尺寸完全不对,三个方向都有大量真空区使得体系成了孤立团簇。不知道这 ...

好的老师,我知道问题出在哪了,我这就去修改

34

帖子

0

威望

148

eV
积分
182

Level 3 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-29 18:20:51 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 shibanfish 于 2025-10-14 11:44 编辑
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-9-28 16:05
用multiwfn加载CP2K输入文件可见盒子尺寸完全不对,三个方向都有大量真空区使得体系成了孤立团簇。不知道这 ...

谢谢老师,重新建模以后体系很快就收敛了,但我想麻烦您看一下,这个结构算不算周期性体系,另外再帮忙看一下,这几个体系的inp输入文件有没有问题,计算了很长时间结构优化都没有收敛,带两个氧空位的CeO2体系跑了484步,每步平均时间984s,Pt13/CeO2体系跑了246步,每步平均时间6262s,带一个氧空位的Pt13/CeO2体系跑了238步,每步平均时间6348s

202509291820438552..png (374.95 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

202509291820438552..png

202509291820037915..png (288.06 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

202509291820037915..png

CeO2_111_OvwithPt13 (2).inp

23.23 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

CeO2_111withPt13-new.inp

22.53 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

CeO2-2Ov_111-opt.inp

5.46 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +1 收起 理由
Reason
Uus/pMeC6H4-/キ + 1 看跨盒子边界的原子距离/成键或超胞判断

查看全部评分 View all ratings

34

帖子

0

威望

148

eV
积分
182

Level 3 能力者

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-10-15 16:33:05 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 shibanfish 于 2025-10-15 17:03 编辑
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-9-28 16:05
用multiwfn加载CP2K输入文件可见盒子尺寸完全不对,三个方向都有大量真空区使得体系成了孤立团簇。不知道这 ...

好的老师,我想问一下,我这种情况可以将&OT里的ALGORITHM从默认的STRICT改为IRAC吗,这样会收敛的快一些吗,另外,怎么判断CPU和内存是否与体系原子数相称呢?

CeO2_111_OvwithPt13 (2).inp

23.23 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

CeO2_111withPt13-new.inp

22.53 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

CeO2-2Ov_111-opt.inp

5.46 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

1208

帖子

6

威望

2432

eV
积分
3760

Level 5 (御坂)

傻傻的木瓜

9#
发表于 Post on 2025-10-15 17:29:12 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ 于 2025-10-15 17:37 编辑
shibanfish 发表于 2025-10-15 16:33
好的老师,我想问一下,我这种情况可以将&OT里的ALGORITHM从默认的STRICT改为IRAC吗,这样会收敛的快一些 ...

缺陷体系带隙可能比较小,我认为不适合用OT算法,哪怕看起来OT比对角化收敛性好也不应该用。

我说的“CPU和内存能与体系原子数相称”是指在排除其他收敛困难导致计算缓慢的因素之后为了减少耗时而给原子数多的体系用更多CPU和内存,影响的更多是(1)每步SCF迭代的耗时,至于(2)单步几何优化里SCF收敛所需迭代圈数或者(3)几何优化收敛所需迭代圈数那就不好说。还是对照http://sobereva.com/665看看任务总时长太长是上述(1)(2)(3)哪点因素为主吧。有条件用不同计算节点算不同任务,同一计算节点内没有其他任务要跑的话调节mpirun的选项让当前计算任务尽量占满核心数和内存。
√546=23.36664289109

34

帖子

0

威望

148

eV
积分
182

Level 3 能力者

10#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-10-21 09:27:09 | 只看该作者 Only view this author
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-10-15 17:29
缺陷体系带隙可能比较小,我认为不适合用OT算法,哪怕看起来OT比对角化收敛性好也不应该用。

我说的“ ...

好的老师,我想问一下,如果遇到结构优化比较难收敛的情况,是否可以先用CG优化器优化,然后切换到BFGS或LBFGS优化器?@sobereva

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124671

管理员

公社社长

11#
发表于 Post on 2025-10-21 21:44:04 | 只看该作者 Only view this author
shibanfish 发表于 2025-10-21 09:27
好的老师,我想问一下,如果遇到结构优化比较难收敛的情况,是否可以先用CG优化器优化,然后切换到BFGS或 ...

原理上可以。但没必要CG收敛后再切换
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

34

帖子

0

威望

148

eV
积分
182

Level 3 能力者

12#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-10-22 12:02:17 | 只看该作者 Only view this author
好的老师,我想问一下,我的这些初始结构是不是有问题,我刚才在优化的时候最大力一直不收敛,是不是CeO2的氧空位构建有问题,以及Pt团簇不应该放在氧空位上?@Uus/pMeC6H4-/キ

CeO2_111_OvwithPt13.cif

63.34 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

CeO2_111-2Ov.cif

46.26 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

CeO2_111-3OvwithPt13.cif

66.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-1-24 05:42 , Processed in 0.213289 second(s), 26 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list