第一次用高斯，优化过渡态的时候出现结构不收敛，求助各位大佬

wal

zyhhh 发表于 2025-9-30 20:04
输出文件太大了，显示无法上传，这是最后一段 I HAVE NOT FAILED, I HAVE ONLY DISCOVERED 10,000 WA ...

1. 那你自行看优化轨迹和收敛情况判断是震荡了，还是优化到反应物/产物了，还是走向正常只是需要更多步
2. 如果想用你可手写关键词 M06-2X对应关键词是M062X 直接手动编辑gjf文件替换掉你当前的泛函 但我一般不推荐用这个泛函做结构优化 因为这个泛函很慢 还加SMD更是虚频印刷机套餐 所以不建议你抄文献做法 后续单点的时候用M062X/SMD(water)算单点能即可
你当前输入是错的 6-31g(d)/def2sv这个地方两个基组 你要删掉一个

zyhhh

wal 发表于 2025-9-30 20:20
1. 那你自行看优化轨迹和收敛情况判断是震荡了，还是优化到反应物/产物了，还是走向正常只是需要更多步
...

好的感谢大佬，观察log文件后确实是出现了比较明显的振荡，而且在二氧化碳脱离时出现了较大的能量波动，这种是正常现象吗

wal

zyhhh 发表于 2025-9-30 22:10
好的感谢大佬，观察log文件后确实是出现了比较明显的振荡，而且在二氧化碳脱离时出现了较大的能量波动， ...

你这个基本上是直接优化到产物了 需要考虑一下无垒的可能性 建议做个柔性扫描 扫氢从羧基上转移到硫酸根自由基的过程

zyhhh

wal 发表于 2025-9-30 22:13
你这个基本上是直接优化到产物了 需要考虑一下无垒的可能性 建议做个柔性扫描 扫氢从羧基上转移到硫酸根 ...

好的感谢大佬，如果SMD的那个还优化不出来我就去试一下柔性扫描

zyhhh

wal 发表于 2025-9-30 22:13
你这个基本上是直接优化到产物了 需要考虑一下无垒的可能性 建议做个柔性扫描 扫氢从羧基上转移到硫酸根 ...

大佬想问一下我这个柔性扫描是哪里有问题呢

wal

zyhhh 发表于 2025-10-9 12:37
大佬想问一下我这个柔性扫描是哪里有问题呢

问题不大 就是扫到后面氢和氧距离太近导致SCF收敛不了 不过你这个已经能看到疑似TS的位置了 你可以保存第12帧按照上面TS的关键词去算 这次理论上应该在能二三十步之内收敛到TS结构

zyhhh

wal 发表于 2025-10-9 12:46
问题不大 就是扫到后面氢和氧距离太近导致SCF收敛不了 不过你这个已经能看到疑似TS的位置了 你可以保存第 ...

感谢解答，我来试一试

zyhhh

wal 发表于 2025-10-9 12:46
问题不大 就是扫到后面氢和氧距离太近导致SCF收敛不了 不过你这个已经能看到疑似TS的位置了 你可以保存第 ...

你好大佬我想请教一下算单点能的几个问题。
1：我的优化文件收敛了但是出现了个fort7文件和最后几行话，不知道对结果是否影响，能否直接用log文件去进行下一步计算
Unable to Open any file for archive entry.
1\1\GINC-CN1\FOpt\UM062X\def2SVP\O4S1(1-,2)\USER01\15-Oct-2025\0\\# op
t M062X/def2svp scrf=(smd,solvent=water) geom=connectivity\\Title Card
  Required\\-1,2\S,-4.1051783624,3.5652378855,0.664606278\O,-4.18122540
75,4.6618127631,-0.3373825097\O,-2.6718997633,3.2733587054,0.934709360
1\O,-4.7524663793,2.3224224042,0.1656770427\O,-4.8154992792,4.00373732
52,1.895748379\\Version=ES64L-G16RevC.02\State=2-A\HF=-698.6124595\S2=
0.76443\S2-1=0.\S2A=0.750151\RMSD=4.291e-09\RMSF=1.341e-04\Dipole=0.00
28725,-0.0022619,-0.0011819\Quadrupole=-0.014272,-0.0434546,0.0577266,
0.005838,0.0546341,0.0098317\PG=C01 [X(O4S1)]\\@
The archive entry for this job was punched.
2：我看网上有的直接用原始结构去算能量，这跟我优化后再去算有区别吗？
3：我想要的是吉布斯自由能是不是应该在输出文件中寻找Sum of electronic and thermal Free Energies

wal

zyhhh 发表于 2025-10-15 16:06
你好大佬我想请教一下算单点能的几个问题。
1：我的优化文件收敛了但是出现了个fort7文件和最后几行话， ...

1 这是g16c的已知行为 不必在意
2 不优化算能量就是算着玩的
3 你没做freq 不会输出自由能的

zyhhh

wal 发表于 2025-10-15 16:26
1 这是g16c的已知行为 不必在意
2 不优化算能量就是算着玩的
3 你没做freq 不会输出自由能的

我这个确实只做了优化没去算频率，这样去算energy会输出自由能吗，还是说必须要加freq

wal

zyhhh 发表于 2025-10-15 17:31
我这个确实只做了优化没去算频率，这样去算energy会输出自由能吗，还是说必须要加freq

自由能热校正依赖频率分析啊。

zyhhh

wal 发表于 2025-10-15 17:42
自由能热校正依赖频率分析啊。

您好，我下面这个计算分开算就能收敛，合在一起就收敛不了该怎么处理呢。算的是参考上图的-4.11那个结构

wal

zyhhh 发表于 2025-11-7 12:03
您好，我下面这个计算分开算就能收敛，合在一起就收敛不了该怎么处理呢。算的是参考上图的-4.11那个结构

震荡了 取最后一帧步长改小 加gdiis再优化试试

zyhhh

wal 发表于 2025-11-7 13:07
震荡了 取最后一帧步长改小 加gdiis再优化试试

您好请教一下就是我算出来的跟上面的文献有一定差距该怎么办，就比如上面他那个-4.11的负值我算出来了1.32的正值。我把算羟基自由基的123步放进去了

KazusaT

zyhhh 发表于 2025-11-11 12:12
您好请教一下就是我算出来的跟上面的文献有一定差距该怎么办，就比如上面他那个-4.11的负值我算出来了1.3 ...

你的结构跟他又不一样