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[GROMACS] 求助:关于硅团簇跑动力学,表面需要用H原子进行饱和吗?

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请问各位老师构建硅纳米团簇跑分子动力学模拟的话,硅团簇表面需要用H原子进行饱和吗?还是直接裸硅团簇用sobtop产生力场就行呢?我的硅团簇结构长这样。

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傻傻的木瓜

2#
发表于 Post on 2025-9-30 23:13:11 | 只看该作者 Only view this author
裸的硅团簇多半不可能,至于需要用氢原子、羟基还是别的什么基团饱和,得看团簇的制备与应用环境,有没有氧气、水等杂质反应物,以及有没有高能粒子束等专门除杂制备洁净表面的条件。需要什么样的电荷、LJ参数、键长键角二面角项取决于具体模拟目的。
√546=23.36664289109

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