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[GROMACS] gromacs计算md后处理rdf发现g(r)特别大是什么原因

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我的体系里有30个NaPF6和285个DME分子,计算文件如附件所示,rdf计算选择的是产生相的后30ns,选区的是Na-P原子,计算出来的gr特别大,想请问是哪里的问题

DME.itp

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Na.itp

363 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 3

PF6.itp

2.87 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

prod.mdp

531 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 5

rdf.xvg

369.98 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

rdf_cn.xvg

323.82 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

topol.top

959 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 2

eq.mdp

625 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 3

Electrolyte.pdb

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em.mdp

351 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 2

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发表于 Post on 2025-10-23 20:14:08 | 只看该作者 Only view this author
同学我想请教一下,这个rdf后处理是怎么做的

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发表于 Post on 2025-10-24 19:51:56 | 只看该作者 Only view this author
璃陌51129 发表于 2025-10-23 20:14
同学我想请教一下,这个rdf后处理是怎么做的

gmx可算出来

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