使用机器学习力场UMA优化分子结构与搜寻过渡态初猜

maoxinxina · 发表于 Post on 2025-11-18 09:42:22

LPOwenChan 发表于 2025-11-17 21:49
是的，要用什么别的模型应该就是写入对应模型权重文件的绝对路径应该就可以了。

谢谢。

quanta · 发表于 Post on 2026-1-14 15:57:01

博主好，我重复了一下您文中的结果，但是得到的两个分子的差别很大，RMSD有1.0+Å了，不知道是怎么回事儿

LPOwenChan · 发表于 Post on 2026-1-14 18:31:23

quanta 发表于 2026-1-14 15:57
博主好，我重复了一下您文中的结果，但是得到的两个分子的差别很大，RMSD有1.0+Å了，不知道是怎么回事 ...

可能有很多种原因值得考虑的：
1. 初始的输入结构是否合理(以DFT最终优化结果为参考)？
2. 多构象（我个人认为你的结果可能就是有构象干扰，力场可能陷入了一个局部最小值，这种问题可能是优化器导致的）
3. 数值精度问题（CPU推理和GPU推理数值精度相差很大，但是这种可能性比较小）

quanta · 发表于 Post on 2026-1-15 08:50:39

LPOwenChan 发表于 2026-1-14 18:31
可能有很多种原因值得考虑的：
1. 初始的输入结构是否合理(以DFT最终优化结果为参考)？
2. 多构象（我 ...

博主您好，我用UMA起始优化的结构就是您帖子里的那个结构，您用uma优化的时候，是拿DFT的优化结果开始的嘛？

LPOwenChan · 发表于 Post on 2026-1-15 10:39:07

quanta 发表于 2026-1-15 08:50
博主您好，我用UMA起始优化的结构就是您帖子里的那个结构，您用uma优化的时候，是拿DFT的优化结果开始的 ...

初始结构基于Avogadro中UFF力场粗糙优化的结果，然后分别用UMA和DFT优化

Huschein · 发表于 Post on 2026-1-15 23:46:22

推荐一下MAPLE程序，一款专门为各种MLFF(包含UMA)开发的计算化学平台，功能涵盖大部分Gaussian/ORCA的基础任务，用户可以不需要会任何代码也可以使用MLFF进行各种计算

https://chemrxiv.org/engage/chem ... 9bbafb3b11118e9807e
http://bbs.keinsci.com/thread-57731-1-1.html

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