分享一个较新、较完整的开源免费分子动力学教程及简评

student0618

最近在整理自用的网上公开MD自由能教程列表，刷到9月刚出的LiveCoMS教程 「Molecular Dynamics: From Basics to Application」。目前只粗略看了一下，还没试跑，但发现基本用法方面算是比Justin的www.mdtutorials.com 写得好、也比官方教程https://tutorials.gromacs.org/实用(gmx 官网为了在binder网上免下载跑gmx过多使用python，反而令新手更难上手)。它不是最完整，但在网上公开免费的教程中能够比较全面地涵盖新手会用到的内容及示例；包括linux bash 指令、vim基本用法、MD及gmx基本。蛋白-小分子示例完有整虚拟筛选、分子对接、MM/PB(GB)SA的流程。由于部分示例是完全基于Justin的教程再补充，个人认为它的定位算是是大幅增加内容及解说的上位扩充版mdtutorials。

连结

• LiveCoMS page https://livecomsjournal.org/inde ... icle/view/v6i1e3797
• github repo of tutorial files (注: 文中用应该还没出的 gmx 2026, 我还没自己在现有gmx 版本本测试过) https://github.com/Foly93/MD_FromBasicsToApplication
  

内容简介 (取自pdf版第2-3页exercise overview):

• Exercise 0: Short Introduction to Linux (基本linux、 bash 指令及 vi/vim 用法)
• Exercise 1: Energy Conservation and Integration Algorithms
• Exercise 2: Forcefield Terms and Polymer Statistics
• Exercise 3:Temperature Couplingand Heat Capacity
• Exercise 4: Pressureand Temperature Couplingin MD Simulations
• Exercise 5: The Significance of Accurately Calculated Long-Range Interactions
• Exercise 6: Calculation of the Solvation Free Energy of Methane Using the MBAR Method (溶解自由能计算，用Justin的同一示例)
• Exercise 7: Potential of Mean Force of an Amyloid Layer Separation via Umbrella Sampling (PMF 伞形采样，用Justin的示例)
• Exercise 8: Protein Simulation with Convergence and Principal Component Analysis
• Exercise 9: Virtual Drug Screening and MM/GBSA (分子对接、虚拟筛选、MM/PB(GB)SA)
  

特色及优点：

• 有虚拟筛选工作流 (用Modeller补全缺失残基、FPocket找口袋、Zinc database下载小分子资料库、AutoDockTools + vina + AutoDock-GPU对接及虚拟筛选、自动化脚本ambertools生成拓朴(gaff2+opc+ff19SB)及parmed转换gromacs格式、gromacs跑模拟、基本分析、脚本调用mdanalysis转换轨迹至Amber格式 , 用Ambertools跑MM/GBSA)
• 有限的58页内算是比较全面地涵盖较热门的课题
  

Limitations 缺点：

• 基本MD方面没sob老师的培训有系统及全面、没整理好的各种输入文件及示例、VMD用法及tcl脚本、力场选用相关讨论 (比较论坛培训板块列出的内容，刚购入资料还没学习完，故没法更完整详尽地比较)
• 小分子还是用AM1-BCC，明白是公开教程尽量用开源免费软件所限
• 一开始太多理论可能让新手困惑
• 自由能教程(FEP+umbrella sampling) 很多是搬Justin 的教程只更新补充一些，欠缺一些较实际的应用(如FEP实际怎么处理有电荷的lambda )